Jasinski、D.、Haque、F.、Binzel、DW & Guo、P. RNA ナノテクノロジーの新興分野の進歩。 ACS ナノ 11、1142 –1164(2017)
Ohno, H., Akamine, S. & Saito, H. バイオテクノロジーアプリケーションのための RNA ナノ構造と足場。 Curr。 意見。 バイオテクノロジー。 58、53 –61(2019)
Kim, J. & Franco, E. 合成生物学における RNA ナノテクノロジー。 Curr。 意見。 バイオテクノロジー。 63、135 –141(2020)
Geary, C., Rothemund, PW & Andersen, ES RNA ナノ構造の共転写フォールディングのための一本鎖構造。 科学 345、799 –804(2014)
Høiberg, HC, Sparvath, SM, Andersen, VL, Kjems, J. & Andersen, ES 強力な遺伝子ノックダウンのための固有の siRNA を持つ RNA 折り紙八面体。 バイオテクノロジー。 NS。 14、1700634(2018)
Krissanaprasit、A.ら。 遺伝的にコード化された機能的な一本鎖 RNA オリガミ: 抗凝固剤。 前売 母校。 31、eXNUMX(XNUMX)。
Li、M.ら。 一本鎖 RNA のプログラムされた折り畳みによる RNA ナノ構造の in vivo 生産。 Nat。 コミュニ 9、2196(2018)
ジェプセン、MDE等。 蛍光RNAアプタマーを用いた遺伝的にコード可能なFRETシステムの開発。 Nat。 コミュニ 9、18(2018)
Liu、D.ら。 多様な RNA ホモオリゴマー ナノ構造の構築のための分岐したキス ループ。 Nat。 Chem。 12、249 –259(2020)
Nguyen, MTA, Pothoulakis, G. & Andersen, ES タンパク質結合 RNA 折り紙足場による合成翻訳調節。 ACS Synth。 バイオル。 11、1710 –1718(2022)
Pothoulakis, G., Nguyen, MTA & Andersen, ES での RNA 折り紙足場の利用 サッカロマイセス·セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae) dCas9 を介した転写制御用。 核酸リサーチ 50、7176 –7187(2022)
Geary, C.、Grossi, G.、McRae、EKS、Rothemund、PWK & Andersen、ES RNA 折り紙デザイン ツールは、キロベース サイズのナノ足場の共転写フォールディングを可能にします。 Nat。 Chem。 13、549 –558(2021)
Severcan、I.ら。 tRNAでできた多面体。 Nat。 Chem。 2、772 –772(2010)
アフォニン、KA等。 インシリコで設計された立方体 RNA ベースの足場の in vitro アセンブリ。 Nat。 ナノテク。 5、676 –682(2010)
コ、SHら。 RNA 分子と DNA 分子の相乗的な自己組織化。 Nat。 Chem。 2、1050 –1055(2010)
ハオ、C.ら。 Phi29 バクテリオファージのパッケージング RNA の再設計による RNA ナノケージの構築。 Nat。 コミュニ 5、3890(2014)
アフォニン、KA等。 多機能 RNA ナノ粒子。 ナノレット。 14、5662 –5671(2014)
Yu, J., Liu, Z., Jiang, W., Wang, G. & Mao, C. ホモ八量体ナノプリズムに自己集合する RNA タイルの de novo デザイン。 Nat。 コミュニ 6、5724(2015)
Geary、C.、Chworos、A.、Verzemnieks、E.、Voss、NR & Jaeger、L. RNA 構造モジュールの構文からの RNA ナノ構造の構成。 ナノレット。 17、7095 –7101(2017)
ザクレフスキー、P.ら。 切断された四面体 RNA ナノ構造は、RNAi 基質の送達のための強化された機能を示します。 ナノスケール 12、2555 –2568(2020)
Xu、C.ら。 in vivo生体内分布を改善するための疎水性生体分子のカプセル化と遮蔽のための3D RNAナノケージ。 ナノ解像度。 13、3241 –3247(2020)
カッペル、K.ら。 大きなリボ核タンパク質複合体のクライオ EM マップへの de novo 計算 RNA モデリング。 Nat。 方法 15、947 –954(2018)
Zhang、K.ら。 解像度 40 Å の 3.7 kDa SAM-IV リボスイッチ RNA の Cryo-EM 構造。 Nat。 コミュニ 10、5511(2019)
カッペル、K.ら。 三次元 RNA のみの構造のクライオ EM 誘導決定の加速。 Nat。 方法 17、699 –707(2020)
Zhang、K.ら。 SARS-CoV-28 RNA ゲノムからの 2 kDa フレームシフト刺激要素の Cryo-EM およびアンチセンス ターゲティング。 ナット構造体。 モル。 Biol。 28、747 –754(2021)
Su、Z.ら。 全長の Cryo-EM 構造 テトラヒメナ 解像度 3.1 Å のリボザイム。 自然 596、603 –607(2021)
Liu, D., Thelot, FA, Piccirilli, JA, Liao, M. & Yin, P. 操作されたホモメリック自己組織化によって可能になった RNA の Sub-3-Å クライオ EM 構造。 Nat。 方法 19、576 –585(2022)
Bonilla, SL, Vicens, Q. & Kieft, JS Cryo-EM により、触媒 RNA の折り畳みにおける絡み合った動力学的トラップが明らかになりました。 サイエンス。 前売 8、 eabq4144 (2022)。
Li、S.ら。 ミスフォールドの位相交差 テトラヒメナ クライオEMによって解決されたリボザイム。 手順 Natl Acad サイ。 米国 119、eXNUMX(XNUMX)。
アンデルセン、ES等。 制御可能な蓋を備えたナノスケール DNA ボックスの自己組織化。 自然 459、73 –76(2009)
Bai、XC、Martin、TG、Scheres、SH & Dietz、H. 3D DNA 折り紙オブジェクトの Cryo-EM 構造。 手順 Natl Acad サイ。 米国 109、20012 –20017(2012)
マーティン、TG等。 クライオ EM 構造決定のための分子サポートの設計。 手順 Natl Acad サイ。 米国 113、E7456–E7463(2016)。
Laing, C. & Schlick, T. RNA 構造における四方向接合部の分析。 J. Mol。 バイオル。 390、547 –559(2009)
Ennifar、E.ら。 ゲノム HIV-1 RNA の二量体化開始部位の結晶構造は、XNUMX つのアデニン バルジを持つ拡張二重鎖を明らかにします。 Structure 7、1439 –1449(1999)
Ennifar, E.、Walter, P.、Ehresmann, B.、Ehresmann, C. & Dumas, P. HIV-1 RNA 二量体化開始部位の同軸上に積み重ねられたキッシング複合体の結晶構造。 ナット構造。 生物。 8、1064 –1064(2001)
Ennifar, E. & Dumas, P. HIV-1 RNA DIS キッシング複合体の膨らんだ残基の多型と溶液研究との構造比較。 J. Mol。 バイオル。 356、771 –782(2006)
Kieken, F.、Paquet, F.、Brule, F.、Paoletti, J. & Lancelot, G. SL1 HIV-1Lai ループループ二量体の新しい NMR 溶液構造。 核酸リサーチ 34、343 –352(2006)
馬場、S.ら。 キスループおよび拡張二本鎖二量体における HIV-1 二量体化開始部位の解 RNA 構造。 J.Biochem。 138、583 –592(2005)
高橋、K.ら。 HIV-1 ゲノムの二量体化開始部位における分子内および分子間ステムの NMR 分析。 J.Biochem。 127、681 –686(2000)
Liu, D.、Shao, Y.、Piccirilli, JA & Weizmann, Y. 人工的に設計された離散 RNA ナノアーキテクチャーの原子レベルの解像度での構造。 サイエンス。 前売 7、eabf4459 (2021)。
リチャードソン、JS等。 RNA バックボーン: コンセンサス全角配座異性体とモジュラー文字列命名法 (RNA オントロジー コンソーシアムの貢献)。 RNAを 14、465 –481(2008)
Rupert, PB, Massey, AP, Sigurdsson, ST & Ferre-D'Amare, AR 触媒 RNA による遷移状態の安定化。 科学 298、1421 –1424(2002)
Isambert, H. RNA のぎくしゃくした節のあるダイナミクス。 メソッド 49、189 –196(2009)
Clatterbuck Soper, SF, Dator, RP, Limbach, PA & Woodson, SA プレ 30S リボソームの in vivo X 線フットプリントは、後期アセンブリ中間体のシャペロン依存リモデリングを明らかにします。 モル。 細胞 52、506 –516(2013)
Punjani, A., Rubinstein, JL, Fleet, DJ & Brubaker, MA cryoSPARC: 教師なしクライオ EM 構造を迅速に決定するためのアルゴリズム。 Nat。 方法 14、290 –296(2017)
Kremer, JR, Mastronarde, DN & McIntosh, JR IMOD を使用した XNUMX 次元画像データのコンピューターによる視覚化。 J.ストラクト。 バイオル。 116、71 –76(1996)
Zhai、X.ら。 LoTToR: 単一分子構造の低傾斜トモグラフィー 3D 再構成のミッシングウェッジ補正のためのアルゴリズム。 サイ。 担当者 10、10489(2020)
ベンソン、E.ら。 ナノスケールでの多面体メッシュの DNA レンダリング。 自然 523、441 –444(2015)
シルベスター、E.ら。 電子クリオトモグラフィーによって細胞膜上のタンパク質を同定するための DNA 折り紙の道しるべ。 セル 184、1110–1121.e16(2021)。
レイ、D.ら。 個々の粒子の電子トモグラフィーを使用した DNA 折り紙ベネット結合の XNUMX 次元構造ダイナミクス。 Nat。 コミュニ 9、592(2018)
王、ST等。 設計された生物学的に活性なタンパク質格子。 Nat。 コミュニ 12、3702(2021)
Watters、KE、Strobel、EJ、Yu、AM、Lis、JT & Lucks、JB ヌクレオチド解像度でのリボスイッチの共転写フォールディング。 ナット構造体。 モル。 Biol。 23、1124 –1131(2016)
Liu, D.、Wang, M.、Deng, Z.、Walulu, R. & Mao, C. Tensegrity: 柔軟な XNUMX アーム DNA ジャンクションを備えた剛体 DNA 三角形の構築。 J. Am。 Chem。 Soc。 126、2324 –2325(2004)
Zhou, H. & Zhang, S. 蛍光発光 RNA アプタマーの最近の開発。 クリティカル。 Rev.Anal. 化学。 52、1644 –1661(2021)
柴田徹 他in vitro で機能し、哺乳動物細胞の運命を制御するタンパク質駆動型 RNA ナノ構造デバイス。 Nat。 コミュニ 8、540(2017)
Liu、H.ら。 RNA および RNA:DNA ハイブリッド鎖置換の動力学。 ACS Synth。 バイオル。 10、3066 –3073(2021)
Guo、S.ら。 RNA ナノ粒子のサイズ、形状、および構造を調整して、がんの標的化と免疫刺激に有利に働きます。 ワイリー学際。 ナノメッド牧師。 ナノバイオテクノロジー。 12、eXNUMX(XNUMX)。
Chandler, M., Panigaj, M., Rolband, LA & Afonin, KA 大規模生産および制御された治療特性のための RNA ナノ構造の最適化への挑戦。 ナノ医療 15、1331 –1340(2020)
ローレンツ、R.ら。 ViennaRNA パッケージ 2.0。 アルゴリズム生物。 6、26(2011)
Zadeh、JN等。 NUPACK: 核酸システムの分析と設計。 J.計算。 化学。 32、170 –173(2011)
Punjani, A. & Fleet, DJ 3D 変動分析: 単一粒子クライオ EM からの連続的な柔軟性と個別の不均一性の解決。 J.ストラクト。 バイオル。 213、107702(2021)
Tegunov, D. & Cramer, P. Warp を使用したリアルタイムのクライオ電子顕微鏡データの前処理。 Nat。 方法 16、1146 –1152(2019)
Punjani、A.、Zhang、H. & Fleet、DJ 不均一な改良: 適応正則化は、単一粒子クライオ EM 再構成を改善します。 Nat。 方法 17、1214 –1221(2020)
ペッターセン、EF等。 UCSF Chimera — 探索的研究と分析のための可視化システム。 J.計算。 化学。 25、1605 –1612(2004)
ゴダード、TD等。 UCSF ChimeraX: 可視化と分析における現代の課題に対応。 タンパク質科学。 27、14 –25(2018)
ペッターセン、EF等。 UCSF ChimeraX: 研究者、教育者、開発者向けの構造可視化。 タンパク質科学。 30、70 –82(2021)
Croll, TI ISOLDE: モデルを低解像度の電子密度マップに構築するための物理的に現実的な環境。 アクタ・クリスト。 D 74、519 –530(2018)
Rodrigues, J.、Teixeira, JMC、Trellet, M. & Bonvin, A. pdb-tools: 分子構造用のスイス アーミー ナイフ。 F1000Res。 7、1961(2018)
Liebschner、D.ら。 X 線、中性子、電子を使用した高分子構造決定: Phenix の最近の開発。 アクタ・クリスト。 D 75、861 –877(2019)
Terwilliger、TC等。 分子置換後のモデルモーフィングと配列割り当て。 アクタ・クリスト。 D 69、2244 –2250(2013)
アフォニン、PVら。 クライオ EM マップと原子モデルの分析と検証のための新しいツール。 アクタ・クリスト。 D 74、814 –840(2018)
ウィリアムズ、CJ等。 MolProbity: 全原子構造の検証を改善するためのより多くのより良い参照データ。 タンパク質科学。 27、293 –315(2018)
Richardson, JS, Williams, CJ, Videau, LL, Chen, VB & Richardson, DC 詳細なコンフォメーションの評価は、cryoEM モデルを改善するための戦略を示唆しています: 低解像度でのヘリックス、アンサンブル、プレリファインメントのフィックスアップ、および複数残基長スケールでの検証. J.ストラクト。 バイオル。 204、301 –312(2018)
Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, JH, Petkeviciute, D. & Zakrzewska, K. 再訪された核酸のコンフォメーション分析: Curves+. 核酸リサーチ 37、5917 –5929(2009)
Blanchet, C.、Pasi, M.、Zakrzewska, K. & Lavery, R. CURVES+ Web サーバーは、核酸構造のらせん、主鎖、および溝のパラメーターを分析および視覚化します。 核酸リサーチ 39、W68–W73(2011)。
Lyngso, J. & Pedersen, JS 溶液散乱用に最適化された高フラックス自動実験室用小角 X 線散乱装置。 J. Appl。 Crystallogr。 54、295 –305(2021)
Li, Y., Beck, R., Huang, T., Choi, MC & Divinagracia, M. 小角 X 線散乱および高解像度 X 線回折用の無散乱ハイブリッド金属単結晶スリット。 J. Appl。 Crystallogr。 41、1134 –1139(2008)
Oliveira, CLP, Vorup-Jensen, T., Andersen, CBF, Andersen, GR & Pedersen, JS in 材料および生命科学における散乱および回折へのシンクロトロン光の応用 (eds Gomez, M.; Nogales, A.; Cruz Garcia-Gutierrez, M. & Ezquerra, TA) 231–244 (Springer, 2009).
シュタイナー、EM等。 の構造 N細胞壁加水分解酵素RipAの末端モジュールと触媒活性の調節におけるその役割。 タンパク質 86、912 –923(2018)
キャラガー、B.ら。 Leginon: ガラス質の氷標本から画像を取得するための自動システム。 J.ストラクト。 バイオル。 132、33 –45(2000)
Tang、G.ら。 EMAN2: 電子顕微鏡用の拡張可能な画像処理スイート。 J.ストラクト。 バイオル。 157、38 –46(2007)
Sun、M. et al。 高解像度および高スループットの単一粒子クライオ EM 用の CDS モードで K3 カメラを使用するための実際的な考慮事項。 J.ストラクト。 バイオル。 213、107745(2021)
Mastronarde, DN 標本の動きのロバストな予測を使用した自動電子顕微鏡トモグラフィー。 J.ストラクト。 バイオル。 152、36 –51(2005)
鄭、SQら。 MotionCor2: クライオ電子顕微鏡法を改善するためのビーム誘起運動の異方性補正。 Nat。 方法 14、331 –332(2017)
Zhang, K. Gctf: リアルタイムの CTF の決定と修正。 J.ストラクト。 バイオル。 193、1 –12(2016)
Fernandez, JJ, Li, S. & Crowther, RA 電子クリオトモグラフィーにおける CTF の決定と補正。 超顕微鏡 106、587 –596(2006)
Weigert、M.ら。 コンテンツ認識型画像復元: 蛍光顕微鏡の限界を押し広げます。 Nat。 方法 15、1090 –1097(2018)
Zhang、L. & Ren、G. IPET および FETR: 単一分子構造のクライオ電子トモグラフィーによる分子構造のダイナミクスを研究するための実験的アプローチ。 PLoSのONE 7、eXNUMX(XNUMX)。
Ludtke、SJ、Baldwin、PR & Chiu、W. EMAN: 高解像度の単一粒子再構成用の半自動ソフトウェア。 J.ストラクト。 バイオル。 128、82 –97(1999)
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- 情報源: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01321-6