Levental, I. & Lyman, E. Điều chỉnh cấu trúc và chức năng của protein màng bằng môi trường nano lipid của chúng. Nat. Linh mục Mol. Biol tế bào. 24, 107 tầm 122 (2023).
Sezgin, E., Levental, I., Mayor, S. & Eggeling, C. Bí ẩn về tổ chức màng: thành phần, quy định và vai trò của bè lipid. Nat. Linh mục Mol. Biol tế bào. 18, 361 tầm 374 (2017).
Liu, S., Hoess, P. & Ries, J. Kính hiển vi siêu phân giải cho sinh học cấu trúc tế bào. hàng năm. Linh mục Biophys. 51, 301 tầm 326 (2022).
Baddeley, D. & Bewersdorf, J. Cái nhìn sâu sắc về sinh học từ kính hiển vi siêu phân giải: những gì chúng ta có thể học được từ các hình ảnh dựa trên bản địa hóa. Annu. Mục sư sinh hóa. 87, 965 tầm 989 (2018).
Jain, A. và cộng sự. Thăm dò các phức hợp protein của tế bào bằng cách sử dụng phương pháp kéo xuống đơn phân tử. Thiên nhiên 473, 484 tầm 488 (2011).
Chung, JK và cộng sự. K-Ras4B vẫn là dạng đơn phân trên màng với nhiều mật độ bề mặt và thành phần lipid khác nhau. Sinh lý. J. 114, 137 tầm 145 (2018).
Kaliszewski, MJ và cộng sự. Định lượng quá trình oligome hóa protein màng bằng phương pháp quang phổ tương quan chéo huỳnh quang. Phương pháp 140-141, 40 tầm 51 (2018).
Hoàng, Y. và cộng sự. Cơ sở phân tử cho quá trình đa phân hóa trong việc kích hoạt thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì. eLife 5, e14107 (2016).
Ulbrich, MH & Isacoff, Tiểu đơn vị EY đếm trong các protein gắn màng. Nat. Phương pháp 4, 319 tầm 321 (2007).
Low-Nam, ST và cộng sự. Quá trình thu nhỏ ErbB1 được thúc đẩy bằng cách đồng giam miền và được ổn định bằng liên kết phối tử. Nat. Kết cấu. Mol. Biol. 18, 1244 tầm 1249 (2011).
Kusumi, A., Tsunoyama, TA, Hirosawa, KM, Kasai, RS & Fujiwara, TK Theo dõi hoạt động của các phân tử đơn lẻ trong tế bào sống. Nat. Hóa. Biol. 10, 524 tầm 532 (2014).
Lelek, M. và cộng sự. Kính hiển vi định vị đơn phân tử. tự nhiên Phương pháp Rev. 1, 39 (2021).
Huang, B., Bates, M. & Zhuang, X. Kính hiển vi huỳnh quang siêu phân giải. Annu. Mục sư sinh hóa. 78, 993 tầm 1016 (2009).
Balzarotti, F. và cộng sự. Hình ảnh có độ phân giải nanomet và theo dõi các phân tử huỳnh quang với thông lượng photon tối thiểu. Khoa học 355, 606 tầm 612 (2017).
Deguchi, T. và cộng sự. Quan sát trực tiếp bước protein vận động trong tế bào sống bằng MINFLUX. Khoa học 379, 1010 tầm 1015 (2023).
Gấu trúc, A. và cộng sự. Xác định trực tiếp tổ chức oligomeric của protein màng và lipid nguyên vẹn từ lớp kép có thể tùy chỉnh nguyên vẹn. Nat. Phương pháp 20, 891 tầm 897 (2023).
Sydor, AM, Czymmek, KJ, Puchner, EM & Mennella, V. Kính hiển vi siêu phân giải: từ các phân tử đơn lẻ đến tổ hợp siêu phân tử. Xu hướng Biol di động. 25, 730 tầm 748 (2015).
Duncan, AL và cộng sự. Sự đông tụ của protein và độ phức tạp của lipid ảnh hưởng đến tổ chức động lực ở cấp độ nano của các kênh ion trong màng tế bào. Khoa học Dân biểu 7, 16647 (2017).
Kiessling, V., Yang, S.-T. & Tamm, LK Hỗ trợ lớp lipid kép làm mô hình nghiên cứu các lĩnh vực màng. Curr. Đứng đầu. Thành viên. 75, 1 tầm 23 (2015).
Sako, Y., Minoghchi, S. & Yanagida, T. Hình ảnh đơn phân tử của tín hiệu EGFR trên bề mặt tế bào sống. Nat. Biol tế bào. 2, 168 tầm 172 (2000).
Coffman, VC & Wu, J.-Q. Đếm các phân tử protein bằng kính hiển vi huỳnh quang định lượng. Xu hướng Hóa sinh. Khoa học. 37, 499 tầm 506 (2012).
Các thụ thể Huang, EJ & Reichardt, LF Trk: vai trò trong việc truyền tín hiệu thần kinh. Annu. Mục sư sinh hóa. 72, 609 tầm 642 (2003).
Lemmon, MA & Schlessinger, J. Tín hiệu tế bào bằng tyrosine kinase thụ thể. Pin 141, 1117 tầm 1134 (2010).
Waters, AM & Der, CJ KRAS: động lực quan trọng và mục tiêu điều trị cho bệnh ung thư tuyến tụy. Lạnh mùa xuân Harb. Sự tôn trọng. Med. 8, a031435 (2018).
Sơ lược về các dạng đồng phân của Hobbs, GA, Der, CJ & Rossman, KL RAS và các đột biến trong bệnh ung thư. J. Tế bào khoa học. 129, 1287 tầm 1292 (2016).
Các protein Simanshu, DK, Nissley, DV & McCormick, F. RAS và các chất điều hòa chúng trong bệnh ở người. Pin 170, 17 tầm 33 (2017).
Wang, JY & Doudna, JA Công nghệ CRISPR: một thập kỷ chỉnh sửa bộ gen mới chỉ là khởi đầu. Khoa học 379, ead8643 (2023).
Cho, NH và cộng sự. OpenCell: gắn thẻ nội sinh để lập bản đồ tổ chức tế bào của con người. Khoa học 375, eabi6983 (2022).
Smith, AAA và cộng sự. Đĩa nano lipid thông qua copolyme được đặt hàng. Chem 6, 2782 tầm 2795 (2020).
Sinh học Esmaili, M. & Overduin, M. Màng được hình dung trong các đĩa có kích thước nanomet được hình thành bởi các polyme axit styren maleic. Biochim. Lý sinh. Acta Biomembr. 1860, 257 tầm 263 (2018).
Kiến thức, TJ và cộng sự. Protein màng hòa tan nguyên vẹn trong các hạt nano chứa lipid được bao bọc bởi chất đồng trùng hợp axit styren maleic. Mứt. Chem. Soc. 131, 7484 tầm 7485 (2009).
Zacharias, DA, Violin, JD, Newton, AC & Tsien, RY Phân chia các GFP đơn phân được biến đổi lipid thành các miền vi mô màng của tế bào sống. Khoa học 296, 913 tầm 916 (2002).
Swiecicki, J.-M., Santana, JT & Imperiali, B. Một cách tiếp cận chiến lược để chụp ảnh huỳnh quang các protein màng trong môi trường giống như bản địa. Chem tế bào. Biol. 27, 245–251.e3 (năm 2020).
Goehring, A. và cộng sự. Sàng lọc và biểu hiện quy mô lớn các protein màng trong tế bào động vật có vú để nghiên cứu cấu trúc. Nat. Protoc. 9, 2574 tầm 2585 (2014).
Sniegowski, JA, Phail, ME & Wachter, RM Hiệu suất trưởng thành, độ nhạy trypsin và tính chất quang học của các biến thể Arg96, Glam222 và Gly67 của protein huỳnh quang màu xanh lá cây. Biochem. Biophys. Res. Commun. 332, 657 tầm 663 (2005).
Xu, Y. và cộng sự. Cấu trúc tương đồng vi khuẩn của chất vận chuyển SWEET ở hai dạng khác biệt. Thiên nhiên 515, 448 tầm 452 (2014).
Khademi, S. và cộng sự. Cơ chế vận chuyển amoniac bằng Amt/MEP/Rh: cấu trúc của AmtB ở mức 1.35 A. Khoa học 305, 1587 tầm 1594 (2004).
Kim, DM & Nimigean, CM Các kênh kali kiểm soát điện áp: kiểm tra cấu trúc về tính chọn lọc và kiểm soát cổng. Mùa xuân lạnh Harb. Quan điểm. Biol. 8, a029231 (2016).
Gupta, K. và cộng sự. Vai trò của lipid bề mặt trong việc ổn định các oligome protein màng. Thiên nhiên 541, 421 tầm 424 (2017).
Nemoto, Y. & De Camilli, P. Tuyển dụng một dạng synaptojanin 2 được ghép xen kẽ với ty thể bằng cách tương tác với miền PDZ của protein màng ngoài ty thể. EMBO J. 18, 2991 tầm 3006 (1999).
Chen, WW, Freinkman, E., Wang, T., Birsoy, K. & Sabatini, DM Định lượng tuyệt đối các chất chuyển hóa ma trận cho thấy động lực của quá trình chuyển hóa ty thể. Pin 166, 1324–1337.e11 (năm 2016).
Yamashita, A., Singh, SK, Kawate, T., Jin, Y. & Gouaux, E. Cấu trúc tinh thể của chất tương đồng vi khuẩn của các chất vận chuyển dẫn truyền thần kinh phụ thuộc Na +/Cl. Thiên nhiên 437, 215 tầm 223 (2005).
Zhang, F. và cộng sự. Định lượng mức độ biểu hiện thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì và động học liên kết trên bề mặt tế bào bằng hình ảnh cộng hưởng plasmon bề mặt. Hậu môn. Chèm. 87, 9960 tầm 9965 (2015).
Sự phong phú protein của Hood, FE, Sahraoui, YM, Jenkins, RE & Prior, IA Ras tương quan với các kiểu đột biến Ras isoform trong bệnh ung thư. Oncogene 42, 1224 tầm 1232 (2023).
Byrne, PO, Hristova, K. & Leahy, DJ EGFR hình thành các oligome độc lập với phối tử, khác biệt với trạng thái hoạt động. J. Biol. Chem. 295, 13353 tầm 13362 (2020).
Shen, J. & Maruyama, IN Thụ thể của yếu tố tăng trưởng thần kinh TrkA tồn tại dưới dạng chất mờ được tạo hình sẵn nhưng không hoạt động trong các tế bào sống. FEBS Lett. 585, 295 tầm 299 (2011).
Ahmed, F. & Hristova, K. Giảm thiểu thụ thể Trk trong màng sinh chất: ảnh hưởng của các phối tử nhận thức của chúng. Hóa sinh. J. 475, 3669 tầm 3685 (2018).
Franco, ML và cộng sự. Sự tương tác giữa các miền xuyên màng của thụ thể thần kinh p75 và TrkA làm trung gian cho sự kích hoạt qua lại của chúng. J. Biol. Chem. 297, 100926 (2021).
Vân, QN và cộng sự. Cụm nano RAS: nền tảng tín hiệu động có thể tuân theo can thiệp trị liệu. phân tử sinh học 11, 377 (2021).
Cụm nano Abankwa, D., Gorfe, AA & Hancock, JF Ras: cấu trúc phân tử và lắp ráp. Semin. Nhà phát triển tế bào. Biol. 18, 599 tầm 607 (2007).
Nan, X. và cộng sự. Các bộ điều chỉnh độ sáng Ras-GTP kích hoạt con đường protein kinase được kích hoạt bằng mitogen (MAPK). Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 112, 7996 tầm 8001 (2015).
Ambrogio, C. và cộng sự. Việc giảm thiểu KRAS ảnh hưởng đến độ nhạy của chất ức chế MEK và hoạt động gây ung thư của KRAS đột biến. Pin 172, 857–868.e15 (năm 2018).
Kessler, D. và cộng sự. Đánh thuốc mê vào túi không thể thiếu trên KRAS. Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 116, 15823 tầm 15829 (2019).
Trần, TH và cộng sự. Phân tử nhỏ BI-2852 tạo ra chất làm mờ KRAS không hoạt động. Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 117, 3363 tầm 3364 (2020).
Sarkar-Banerjee, S. và cộng sự. Phân tích không gian theo thời gian của tương tác màng huyết tương K-Ras cho thấy nhiều phức hợp đồng phân bậc cao. Mứt. Chem. Soc. 139, 13466 tầm 13475 (2017).
Buscail, L., Bournet, B. & Cordelier, P. Vai trò của KRAS gây ung thư trong chẩn đoán, tiên lượng và điều trị ung thư tuyến tụy. tự nhiên Mục sư Gastroenterol. gan. 17, 153 tầm 168 (2020).
Muzumdar, MD và cộng sự. Sự sống sót của các tế bào ung thư tuyến tụy thiếu chức năng KRAS. Nat. Cộng đồng. 8, 1090 (2017).
Sligar, SG & Denisov, IG Nanodiscs: bộ công cụ dành cho khoa học protein màng. Protein khoa học. 30, 297 tầm 315 (2021).
Boldog, T., Grimme, S., Li, M., Sligar, SG & Hazelbauer, GL Nanodiscs tách biệt các trạng thái oligomeric của thụ thể hóa học và tiết lộ các đặc tính báo hiệu của chúng. Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 103, 11509 tầm 11514 (2006).
Du, Z. & Lovly, CM Cơ chế kích hoạt thụ thể tyrosine kinase trong bệnh ung thư. mol. Sự xấu xa 17, 58 (2018).
Lindhoud, S., Carvalho, V., Pronk, JW & Aubin-Tam, M.-E. SMA-SH: chất đồng trùng hợp axit styrene-maleic đã được biến đổi để chức năng hóa các đĩa nano lipid. Phân tử sinh học 17, 1516 tầm 1522 (2016).
Gỗ, ER và cộng sự. Khám phá và đánh giá in vitro các chất ức chế TrkA kinase mạnh: oxindole và aza-oxindoles. Bioorg. Med. Hóa. Lett. 14, 953 tầm 957 (2004).
Tinevez, J.-Y. et al. TrackMate: một nền tảng mở và có thể mở rộng để theo dõi từng hạt. Phương pháp 115, 80 tầm 90 (2017).
Jaqaman, K. và cộng sự. Theo dõi hạt đơn mạnh mẽ trong chuỗi thời gian trôi đi của tế bào sống. Nat. Phương pháp 5, 695 tầm 702 (2008).
Schindelin, J. et al. Fiji: một nền tảng nguồn mở để phân tích hình ảnh sinh học. Nat. Phương pháp 9, 676 tầm 682 (2012).
Karandur, D. và cộng sự. Sự phá vỡ trung tâm CaMKII oligomeric bởi đoạn điều hòa của kinase. eLife 9, e57784 (2020).
Mi, L.-Z. et al. Hình dung đồng thời các lĩnh vực ngoại bào và tế bào chất của thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì. Nat. Kết cấu. Mol. Biol. 18, 984 tầm 989 (2011).
Bhattacharyya, M. và cộng sự. Mã MATLAB cho Native-nanoBleach (1.0.1) (Zenodo, 2023); https://doi.org/10.5281/zenodo.8429321
- Phân phối nội dung và PR được hỗ trợ bởi SEO. Được khuếch đại ngay hôm nay.
- PlatoData.Network Vertical Generative Ai. Trao quyền cho chính mình. Truy cập Tại đây.
- PlatoAiStream. Thông minh Web3. Kiến thức khuếch đại. Truy cập Tại đây.
- Trung tâmESG. Than đá, công nghệ sạch, Năng lượng, Môi trường Hệ mặt trời, Quản lý chất thải. Truy cập Tại đây.
- PlatoSức khỏe. Tình báo thử nghiệm lâm sàng và công nghệ sinh học. Truy cập Tại đây.
- nguồn: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01547-4
