Kammerer, C. và cộng sự. Máy phân tử đơn mô phỏng sinh học và công nghệ. hóa. Hãy để. 48, 299 tầm 308 (2019).
Feringa, BL Nghệ thuật xây dựng nhỏ: từ công tắc phân tử đến động cơ phân tử. Tổ chức J. hóa học. 72, 6635 tầm 6652 (2007).
Máy nano DNA của Bath, J. & Turberfield, AJ. Nat. Công nghệ nano. 2, 275 tầm 284 (2007).
Erbas-Cakmak, S., Leigh, DA, McTernan, CT & Nussbaumer, AL Máy phân tử nhân tạo. Hóa. Rev 115, 10081 tầm 10206 (2015).
Phong, Y. và cộng sự. Máy bơm và động cơ phân tử. Mứt. Chem. Soc. 143, 5569 tầm 5591 (2021).
von Delius, M. & Leigh, DA Phân tử đi bộ. Hóa. Sóc. Rev 40, 3656 tầm 3676 (2011).
Chakraborty, K., Veetil, AT, Jaffrey, SR & Krishnan, Y. Các thiết bị nano dựa trên axit nucleic trong hình ảnh sinh học. Annu. Mục sư sinh hóa. 85, 349 tầm 373 (2016).
Cui, C. và cộng sự. Thiết bị nano DNA nhắm mục tiêu lysosome nhắm mục tiêu có chọn lọc vào các đại thực bào để làm suy yếu các khối u. Nat. Công nghệ nano. 16, 1394 tầm 1402 (2021).
Stommer, P. và cộng sự. Một hệ thống vận chuyển phân tử dạng ống tổng hợp. Nat. Cộng đồng. 12, 4393 (2021).
Li, Y. và cộng sự. Vận chuyển từ đầu đến cuối không bị rò rỉ các phân tử nhỏ thông qua các kênh nano DNA có chiều dài micron. Khoa học. Tư vấn. 8, eabq4834 (2022).
Kamiya, Y. & Asanuma, H. Máy nano DNA điều khiển bằng ánh sáng với động cơ phân tử phản ứng quang. Acc. Hóa. Độ phân giải 47, 1663 tầm 1672 (2014).
Marras, AE, Chu, L., Su, HJ & Castro, CE Chuyển động có thể lập trình của cơ chế DNA origami. Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 112, 713 tầm 718 (2015).
Kudernac, T. và cộng sự. Chuyển động có hướng được điều khiển bằng điện của một phân tử bốn bánh trên bề mặt kim loại. Thiên nhiên 479, 208 tầm 211 (2011).
Ragazzon, G., Baroncini, M., Silvi, S., Venturi, M. & Credi, A. Chuyển động phân tử định hướng và tự trị bằng năng lượng ánh sáng của một hệ thống tự lắp ráp tiêu tán. Nat. Công nghệ nano. 10, 70 tầm 75 (2015).
Erbas-Cakmak, S. và cộng sự. Động cơ phân tử quay và tuyến tính được điều khiển bởi các xung nhiên liệu hóa học. Khoa học 358, 340 tầm 343 (2017).
Amano, S., Fielden, SDP & Leigh, DA Một máy bơm phân tử nhân tạo điều khiển bằng chất xúc tác. Thiên nhiên 594, 529 tầm 534 (2021).
Pumm, AK và cộng sự. Một động cơ bánh cóc quay origami DNA. Thiên nhiên 607, 492 tầm 498 (2022).
Shi, X. và cộng sự. Vòng quay một chiều được duy trì của rôto DNA tự tổ chức trên nanopore. Nat. Vật lý. 18, 1105 (2022).
Wilson, MR và cộng sự. Một động cơ phân tử nhỏ chạy bằng nhiên liệu hóa học tự động. Thiên nhiên 534, 235 tầm 240 (2016).
Baroncini, M. và cộng sự. Chế tạo và vận hành máy phân tử: một thách thức đa ngành. Hóa họcMở 7, 169 tầm 179 (2018).
Valero, J., Pal, N., Dhakal, S., Walter, NG & Famulok, M. Một động cơ nano rôto-stator DNA lai sinh học di chuyển dọc theo các rãnh được xác định trước. Nat. Công nghệ nano. 13, 496 tầm 503 (2018).
Poppleton, E., Mallya, A., Dey, S., Joseph, J. & Sulc, P. Nanobase.org: kho lưu trữ cấu trúc nano DNA và RNA. Axit nucleic Res. 50, D246 – D252 (2022).
Cấu trúc nano tuân thủ origami của Chu, L., Marras, AE, Su, HJ & Castro, CE DNA với các đặc tính cơ học có thể điều chỉnh được. ACS Nano 8, 27 tầm 34 (2014).
Shi, Z., Castro, CE & Arya, G. Động lực học về hình dạng của cấu trúc nano DNA tuân thủ cơ học từ mô phỏng động lực học phân tử hạt thô. ACS Nano 11, 4617 tầm 4630 (2017).
Los, GV và cộng sự. HaloTag: một công nghệ ghi nhãn protein mới để chụp ảnh tế bào và phân tích protein. ACS Hóa học. sinh học. 3, 373 tầm 382 (2008).
Valero, J. & Famulok, M. Tái tạo những cây cầu bị cháy trên khung tập đi catenane DNA. Angew. Chèm. NS. Ed. Tiếng Anh. 59, 16366 tầm 16370 (2020).
Yu, Z. và cộng sự. Thiết bị truyền động tuyến tính rotaxane DNA tự điều chỉnh được điều khiển bằng năng lượng hóa học. Mứt. Chem. Soc. 143, 13292 tầm 13298 (2021).
Scheres, SH RELION: triển khai phương pháp Bayesian để xác định cấu trúc cryo-EM. J. Kết cấu. Biol. 180, 519 tầm 530 (2012).
Pereira, MJ và cộng sự. Các phân tử ribozyme VS đơn lẻ bộc lộ sự gấp nếp động và có thứ bậc theo hướng xúc tác. J. Mol. sinh học. 382, 496 tầm 509 (2008).
Sabanayagam, CR, Eid, JS & Meller, A. Sử dụng sự truyền năng lượng cộng hưởng huỳnh quang để đo khoảng cách dọc theo các phân tử DNA riêng lẻ: hiệu chỉnh do sự truyền không lý tưởng. J. Hóa. Vật lý. 122, 061103 (2005).
Hiệu ứng nồng độ của Guajardo, R., Lopez, P., Dreyfus, M. & Sousa, R. NTP đối với quá trình phiên mã ban đầu của T7 RNAP chỉ ra rằng sự chuyển vị xảy ra thông qua trượt thụ động và tiết lộ rằng các chất xúc tiến khác nhau có các yêu cầu về nồng độ NTP riêng biệt để bắt đầu sản xuất. J. Mol. sinh học. 281, 777 tầm 792 (1998).
Koh, nhân sự và cộng sự. Tương quan bắt đầu phiên mã và thay đổi về hình dạng bằng RNA Polymerase tiểu đơn vị đơn với độ phân giải gần cặp bazơ. Mol Ô 70, 695–706 e695 (2018).
Tang, GQ, Roy, R., Bandwar, RP, Ha, T. & Patel, SS Quan sát thời gian thực về quá trình chuyển đổi từ bắt đầu phiên mã sang kéo dài RNA polymerase. Proc. Học viện Natl. Khoa học Hoa Kỳ 106, 22175 tầm 22180 (2009).
Kim, JH & Larson, RG Phân tích đơn phân tử về khuếch tán 1D và kéo dài phiên mã của T7 RNA polymerase dọc theo các phân tử DNA được kéo dài riêng lẻ. Axit nucleic Res. 35, 3848 tầm 3858 (2007).
Martin, CT, Muller, DK & Coleman, JE Quá trình trong giai đoạn đầu phiên mã của T7 RNA polymerase. Sinh vật hóa học 27, 3966 tầm 3974 (1988).
Lee, S., Nguyen, HM & Kang, C. Các bản sao bắt đầu phá thai cực nhỏ gây ra hoạt động chống tiêu diệt trên chất kết thúc nội tại phụ thuộc vào kẹp tóc RNA. Axit nucleic Res. 38, 6045 tầm 6053 (2010).
Henderson, KL và cộng sự. RNA polymerase: động học từng bước và cơ chế bắt đầu phiên mã. Sinh vật hóa học 58, 2339 tầm 2352 (2019).
Revyakin, A., Liu, C., Ebright, RH & Strick, TR Việc bắt đầu phá thai và bắt đầu sản xuất bằng RNA polymerase liên quan đến quá trình lọc DNA. Khoa học 314, 1139 tầm 1143 (2006).
Shen, H. & Kang, C. Hai vị trí tiếp xúc của các bản phiên mã kéo dài với phage T7 RNA polymerase ở vùng đầu C. J. Biol. Chem. 276, 4080 tầm 4084 (2001).
Ouldridge, TE, Louis, AA & Doye, JPK Các đặc tính cấu trúc, cơ học và nhiệt động của mô hình DNA hạt thô. J. Hóa. Vật lý. 134, 085101 (2011).
Rovigatti, L., Sulc, P., Reguly, IZ & Romano, F. So sánh giữa các phương pháp song song hóa trong mô phỏng động lực phân tử trên GPU. J. Tính toán. Chèm. 36, 1 tầm 8 (2015).
Snodin, BE và cộng sự. Đưa các đặc tính cấu trúc được cải thiện và sự phụ thuộc vào muối vào mô hình DNA hạt thô. J. Hóa. Vật lý. 142, 234901 (2015).
Sulc, P. và cộng sự. Nhiệt động lực học phụ thuộc vào trình tự của mô hình DNA hạt thô. J. Hóa. Vật lý. https://doi.org/10.1063/1.4754132 (2012).
Thomen, P. và cộng sự. T7 RNA polymerase được nghiên cứu bằng cách đo lực thay đổi nồng độ đồng yếu tố. Sinh lý. J. 95, 2423 tầm 2433 (2008).
Durniak, KJ, Bailey, S. & Steitz, TA Cấu trúc của T7 RNA polymerase phiên mã trong quá trình chuyển từ bắt đầu sang kéo dài. Khoa học 322, 553 (2008).
Ramezani, H. & Dietz, H. Chế tạo máy móc bằng các phân tử DNA. Nat. Mục sư. 21, 5 tầm 26 (2020).
Yoon, J., Eyster, TW, Misra, AC & Lahann, J. Hoạt động điều khiển tế bào cơ tim trong các vi trụ sinh học. Tư vấn. Vật chất. 27, 4509 tầm 4515 (2015).
Sagara, Y. và cộng sự. Rotaxan làm bộ chuyển đổi lực huỳnh quang cơ điện tử trong polyme. Mứt. Chem. Soc. 140, 1584 tầm 1587 (2018).
Chen, S. và cộng sự. Một tàu con thoi phân tử nhân tạo hoạt động trong lớp lipid kép để vận chuyển ion. Mứt. Chem. Soc. 140, 17992 tầm 17998 (2018).
DeLuca, M., Shi, Z., Castro, CE & Arya, G. Công nghệ nano DNA động: hướng tới các thiết bị chức năng có kích thước nano. Chân trời nano. 5, 182 tầm 201 (2020).
Gerling, T., Wagenbauer, KF, Neuner, AM & Dietz, H. Các thiết bị và cụm DNA động được hình thành bởi các thành phần 3D ghép nối không có cơ sở, bổ sung hình dạng. Khoa học 347, 1446 tầm 1452 (2015).
Skugor, M. và cộng sự. Máy đi bộ DNA không tự trị được điều khiển bằng quang học trực giao. Angew. Chèm. NS. Ed. Tiếng Anh. 58, 6948 tầm 6951 (2019).
Wang, S. và cộng sự. Cấu hình lại có thể đảo ngược do ánh sáng gây ra của các mạng động hiến pháp dựa trên DNA: ứng dụng vào xúc tác có thể chuyển đổi. Angew. Chèm. NS. Ed. Tiếng Anh. 57, 8105 tầm 8109 (2018).
Asanuma, H., Ito, T., Yoshida, T., Liang, X. & Komiyama, M. Điều hòa quang hóa của sự hình thành và phân ly của song công DNA bằng cách sử dụng cis–trans đồng phân hóa azobenzen. Angew. Chèm. NS. Ed. Tiếng Anh. 38, 2393 tầm 2395 (1999).
Chất kích thích T7 gắn với Liu, M., Asanuma, H. & Komiyama, M. Azobenzen để điều hòa quá trình sao chép quang hiệu quả. Mứt. Chem. Soc. 128, 1009 tầm 1015 (2006).
Roy, R., Hohng, S. & Ha, T. Hướng dẫn thực tế về FRET phân tử đơn. Nat. Phương pháp 5, 507 tầm 516 (2008).
Chandradoss, SD và cộng sự. Thụ động bề mặt cho các nghiên cứu protein đơn phân tử. J. Vis. Hết hạn. https://doi.org/10.3791/50549 (2014).
Ouldridge, TE, Sulc, P., Romano, F., Doye, JPK & Louis, Động lực học lai DNA AA: dây kéo, dịch chuyển bên trong và sự phụ thuộc trình tự. Axit nucleic Res. 41, 8886 tầm 8895 (2013).
Snodin, BEK và cộng sự. Mô phỏng trực tiếp quá trình tự lắp ráp của một origami DNA nhỏ. Acs Nano 10, 1724 tầm 1737 (2016).
Douglas, SM và cộng sự. Tạo mẫu nhanh các hình dạng DNA-origami 3D bằng caDNAno. Axit nucleic Res. 37, 5001 tầm 5006 (2009).
Suma, A. và cộng sự. TacoxDNA: một máy chủ web thân thiện với người dùng để mô phỏng các cấu trúc DNA phức tạp, từ các chuỗi đơn lẻ đến origami. J. Tính toán. Chèm. 40, 2586 tầm 2595 (2019).
Bohlin, J. và cộng sự. Thiết kế và mô phỏng cấu trúc nano DNA, RNA và protein lai axit nucleic với oxView. Nat. Protoc. 17, 1762 tầm 1788 (2022).
Poppleton, E. và cộng sự. Thiết kế, tối ưu hóa và phân tích các cấu trúc nano DNA và RNA lớn thông qua trực quan hóa, chỉnh sửa và mô phỏng phân tử tương tác. hạt nhân. Axit Res. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa417 (2020)
Doye, JPK và cộng sự. Mô hình hạt thô oxDNA như một công cụ để mô phỏng DNA origami. Phương pháp Mol. Biol. 2639, 93 tầm 112 (2023).
Skinner, GM, Kalafut, BS & Visscher, K. Độ căng DNA xuôi dòng điều chỉnh sự ổn định của phức hợp khởi tạo T7 RNA polymerase. Sinh lý. J. 100, 1034 tầm 1041 (2011).
Kimanius, D., Dong, L., Sharov, G., Nakane, T. & Scheres, SHW Các công cụ mới để phân tích hạt đơn cryo-EM tự động trong RELION-4.0. Hóa sinh. J. 478, 4169 tầm 4185 (2021).
Kremer, JR, Mastronarde, DN & McIntosh, JR Trực quan hóa dữ liệu hình ảnh ba chiều trên máy tính bằng IMOD. J. Kết cấu. Biol. 116, 71 tầm 76 (1996).
Mindell, JA & Grigorieff, N. Xác định chính xác độ lệch tiêu điểm cục bộ và độ nghiêng của mẫu vật trong kính hiển vi điện tử. J. Kết cấu. Biol. 142, 334 tầm 347 (2003).
Rohou, A. & Grigorieff, N. CTFFIND4: ước tính độ lệch nét nhanh và chính xác từ vi ảnh điện tử. J. Kết cấu. Biol. 192, 216 tầm 221 (2015).
Schindelin, J. et al. Fiji: một nền tảng nguồn mở để phân tích hình ảnh sinh học. Nat. Phương pháp 9, 676 tầm 682 (2012).
Vester, B. & Wengel, J. LNA (axit nucleic bị khóa): nhắm mục tiêu có ái lực cao đối với RNA và DNA bổ sung. Sinh vật hóa học 43, 13233 tầm 13241 (2004).
- Phân phối nội dung và PR được hỗ trợ bởi SEO. Được khuếch đại ngay hôm nay.
- PlatoData.Network Vertical Generative Ai. Trao quyền cho chính mình. Truy cập Tại đây.
- PlatoAiStream. Thông minh Web3. Kiến thức khuếch đại. Truy cập Tại đây.
- Trung tâmESG. Than đá, công nghệ sạch, Năng lượng, Môi trường Hệ mặt trời, Quản lý chất thải. Truy cập Tại đây.
- PlatoSức khỏe. Tình báo thử nghiệm lâm sàng và công nghệ sinh học. Truy cập Tại đây.
- nguồn: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01516-x
