Aebersold, R. et al. Hoeveel menselijke proteovormen zijn er? Nat. Chem. Biol. 14, 206â € "214 (2018).
Kim, HK, Pham, MHC, Ko, KS, Rhee, BD & Han, J. Alternatieve splicing-isovormen bij gezondheid en ziekte. Pflügers Arch. 470, 995â € "1016 (2018).
Paronetto, MP, Passacantilli, I. & Sette, C. Alternatieve splitsing en celoverleving: van weefselhomeostase tot ziekte. Celdood verschilt. 23, 1919â € "1929 (2016).
Lin, H. & Caroll, KS Inleiding: posttranslationele eiwitmodificatie. Chem. ds. 118, 887â € "888 (2018).
Carbonara, K., Andonovski, M. & Coorssen, JR Proteomen zijn van proteovormen: ze omarmen de complexiteit. Proteomen 9, 38 (2021).
Benson, MD, Ngo, D., Ganz, P. & Gerszten, RE Opkomende affiniteitsreagentia voor proteomics met hoge doorvoer: vertrouwen, maar verifiëren. Circulatie 140, 1610â € "1612 (2019).
Yang, Y. et al. Hybride massaspectrometriebenaderingen bij glycoproteïneanalyse en hun gebruik bij het scoren van biosimilariteit. Nat. Commun. 7, 13397 (2016).
Čaval, T., Tian, W., Yang, Z., Clausen, H. & Heck, AJR Directe kwaliteitscontrole van glyco-engineered erytropoëtinevarianten. Nat. Commun. 9, 3342 (2018).
Siuti, N. & Kelleher, NL Decoderen van eiwitmodificaties met behulp van top-down massaspectrometrie. Nat. methoden 410, 817â € "821 (2007).
Wang, Y., Zhao, Y., Bollas, A., Wang, Y. & Au, KF Nanopore-sequencingtechnologie, bio-informatica en toepassingen. Nat. Biotechnologie. 39, 1348â € "1365 (2021).
Ardui, S., Ameur, A., Vermeesch, JR & Hestand, MS Single molecule real-time (SMRT) sequencing wordt volwassen: toepassingen en hulpprogramma's voor medische diagnostiek. Nucleic Acids Res. 46, 2159â € "2168 (2018).
Restrepo-Pérez, L., Joo, C. & Dekker, C. De weg vrijmaken voor eiwitsequencing met één molecuul. nat. Nanotechnologie. 13, 786â € "796 (2018).
Alfaro, JA et al. Het opkomende landschap van technologieën voor sequencing van eiwitten met één molecuul. Nat. methoden 18, 604â € "617 (2021).
Floyd, BM & Marcotte, EM Eiwitsequencing, één molecuul tegelijk. Ann. Rev. Biophys. 51, 181â € "200 (2022).
Timp, W. & Timp, G. Voorbij massaspectrometrie, de volgende stap in proteomics. Wetenschap. Adv. 6, eaax8978 (2020).
Swaminathan, J., Boulgakov, AA & Marcotte, EM Een theoretische rechtvaardiging voor peptidesequentiebepaling met één molecuul. PLoS-computer. Biol. 11, e1004080 (2015).
Rodriques, SG, Marblestone, AH & Boyden, ES Een theoretische analyse van eiwitsequentiebepaling van één molecuul via zwakke bindingsspectra. PLoS ONE 14, e0212868 (2019).
Yao, Y., Docter, M., Van Ginkel, J., De Ridder, D. & Joo, C. Sequencing van eiwitten met één molecuul door middel van vingerafdrukken: computationele beoordeling. Fys. Biol. 12, 10â € "16 (2015).
de Lannoy, CV et al. Evaluatie van FRET X voor vingerafdrukken van eiwitten met één molecuul. iWetenschap 24, 103239 (2021).
Yu, L. et al. Unidirectioneel transport in één bestand van eiwitten van volledige lengte door een nanoporie. nat. Biotechnologie. 41, 1130â € "1139 (2023).
van Ginkel, J. et al. Vingerafdruk van peptiden met één molecuul. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 115, 3338â € "3343 (2018).
Swaminathan, J. et al. Zeer parallelle identificatie van eiwitten met één molecuul in mengsels op zeptomolschaal. Nat. Biotechnologie. 36, 1076â € "1082 (2018).
Shrestha, P. et al. Mechanische vingerafdrukken van één molecuul met DNA-nanoschakelaar-remklauwen. nat. Nanotechnologie. 16, 1362â € "1370 (2021).
Filius, M., Kim, SH, Severins, I. & Joo, C. FRET met één molecuul met hoge resolutie via DNA-uitwisseling (FRET X). Nano Let. 21, 3295â € "3301 (2021).
Filius, M., van Wee, R. & Joo, C. in Analyse van één molecuul: methoden en protocollen (red. Heller, I. et al.) 203–213 (Springer, 2024).
Van Wee, R., Filius, M. & Joo, C. Het canvas voltooien: vooruitgang en uitdagingen voor DNA-PAINT-beeldvorming met superresolutie. TrendsBiochem. Wetenschap. 11, 918â € "930 (2021).
Schnitzbauer, J., Strauss, MT, Schlichthaerle, T., Schueder, F. & Jungmann, R. Superresolutiemicroscopie met DNA-PAINT. Nat. Protoc. 12, 1198â € "1228 (2017).
Shi, X. et al. Kwantitatieve fluorescentie-labeling van met aldehyde gemerkte eiwitten voor beeldvorming met één molecuul. Nat. methoden 9, 499â € "503 (2012).
Schuler, B. & Hofmann, H. Single-molecule spectroscopie van de dynamiek van eiwitvouwing - uitbreiding van reikwijdte en tijdschalen. Curr. Opin. structuur Biol. 23, 36â € "47 (2013).
Yang, X. & Qian, K. Eiwit O-GlcNAcylering: opkomende mechanismen en functies. nat. ds. Mol. Cel Biol. 18, 452â € "465 (2017).
Vellosillo, P. & Minguez, P. Een mondiale kaart van associaties tussen soorten eiwitposttranslationele modificaties en menselijke genetische ziekten. iWetenschap 24, 102917 (2021).
Mauri, T. et al. O-GlcNAcyleringsvoorspelling: een onbereikbaar doel. Gev. Appl. Bio-inform. Chem. 14, 87â € "102 (2021).
Shi, J., Ruijtenbeek, R. & Pieters, RJ Demystificerend O-GlcNAcylering: hints van peptidesubstraten. Glycobiologie 28, 814â € "824 (2018).
Shen, DL et al. Katalytische promiscuïteit van O-GlcNAc-transferase maakt onverwachte metabolische manipulatie van cytoplasmatische eiwitten met 2-azido-2-deoxyglucose mogelijk. ACS Chem. Biol. 12, 206â € "213 (2017).
Mayer, A., Gloster, TM, Chou, WK, Vocadlo, DJ & Tanner, ME 6′-Azido-6′-deoxy-UDP-N-acetylglucosamine als glycosyltransferasesubstraat. Bioorg. Med. Chem. Let. 21, 1199â € "1201 (2011).
Macdonald, JI, Munch, HK, Moore, T. & Francis, MB Plaatsspecifieke modificatie in één stap van natieve eiwitten met 2-pyridinecarboxyaldehyden. Nat. Chem. Biol. 11, 326â € "331 (2015).
Wang, S. et al. S100A8/A9 bij ontstekingen. Voorkant. Immunol. 9, 1298 (2018).
Vijayan, AL et al. Procalcitonine: een veelbelovende diagnostische marker voor sepsis en antibioticatherapie. J. Intensieve zorg 5, 51 (2017).
Senior, AW et al. Verbeterde voorspelling van de eiwitstructuur met behulp van mogelijkheden uit deep learning. NATUUR 577, 706â € "710 (2020).
Jumper, J. et al. Zeer nauwkeurige voorspelling van de eiwitstructuur met AlphaFold. NATUUR 596, 583â € "589 (2021).
Jungmann, R. et al. Gemultiplexte 3D-cellulaire superresolutiebeeldvorming met DNA-PAINT en Exchange-PAINT. Nat. methoden 11, 313â € "318 (2014).
Erickson, HP Grootte en vorm van eiwitmoleculen op nanometerniveau bepaald door sedimentatie, gelfiltratie en elektronenmicroscopie. Biol. Vervolgd. Online 11, 32â € "51 (2009).
Ree, R., Varland, S. & Arnesen, T. Spotlight op N-terminale acetylering van eiwitten. Exp. mol. Med. 50, 1â € "13 (2018).
Bloom, S. et al. Decarboxylatieve alkylering voor plaatsselectieve bioconjugatie van natieve eiwitten via oxidatiepotentialen. nat. Chem. 10, 205â € "211 (2018).
Ramirez, DH et al. Engineering op nabijheid gericht O-GlcNAc-transferase voor selectief eiwit O-GlcNAcylering in cellen. ACS Chem. Biol. 15, 1059â € "1066 (2020).
Yang, Y.-Y., Ascano, JM & Hang, HC Bioorthogonale chemische reporters voor het monitoren van eiwitacetylatie. J. Am. Chem. Soc. 132, 3640â € "3641 (2010).
Westcott, NP, Fernandez, JP, Molina, H. & Hang, HC Chemische proteomics onthullen ADP-ribosylatie van kleine GTPasen tijdens oxidatieve stress. Nat. Chem. Biol. 13, 302â € "308 (2017).
Rabuka, D., Hubbard, SC, Laughlin, ST, Argade, SP & Bertozzi, CR Een chemische reporterstrategie om glycoproteïne-fucosylatie te onderzoeken. J. Am. Chem. Soc. 128, 12078â € "12079 (2006).
Boeggeman, E. et al. Directe identificatie van niet-reducerende GlcNAc-residuen op N-glycanen van glycoproteïnen met behulp van een nieuwe chemo-enzymatische methode. Bioconjugaat Chem. 18, 806â € "814 (2007).
van Geel, R. et al. Chemo-enzymatische conjugatie van giftige ladingen met de wereldwijd geconserveerde stoffen N-glycan van natieve mAbs levert homogene en zeer effectieve antilichaam-geneesmiddelconjugaten op. Bioconjugaat Chem. 26, 2233â € "2242 (2015).
Tate, EW, Kalesh, KA, Lanyon-Hogg, T., Storck, EM & Thinon, E. Mondiale profilering van eiwitlipidatie met behulp van chemische proteomische technologieën. Huidige. Opin. Chem. Biol. 24, 48â € "57 (2015).
Anderson, NL & Anderson, NG Het menselijke plasma-proteoom: geschiedenis, karakter en diagnostische vooruitzichten. Mol. Cel. Proteom. 1, 845â € "867 (2002).
Han, X., Aslanian, A. & Yates, JR Massaspectrometrie voor proteomics. Huidige. Opin. Chem. Biol. 12, 483â € "490 (2008).
Filius, M. et al. Hogesnelheidsbeeldvorming met superresolutie met behulp van eiwitondersteunde DNA-PAINT. Nano Let. 20, 2264â € "2270 (2020).
Kim, SH, Kim, H., Jeong, H. & Yoon, TY Het coderen van meerdere virtuele signalen in DNA-barcodes met FRET met één molecuul. Nano Let. 21, 1694â € "1701 (2021).
McCann, JJ, Choi, UB, Zheng, L., Weninger, K. & Bowen, ME Optimalisatie van methoden om de absolute FRET-efficiëntie te herstellen van geïmmobiliseerde afzonderlijke moleculen. Biophys. J. 99, 961â € "970 (2010).
Cristianini, N. & Shawe-Taylor, J. Een inleiding ter ondersteuning van vectormachines en andere op kernel gebaseerde leermethoden (Cambridge Universitaire Pers, 2000).
Pedregosa, F. et al. Scikit-learn: machinaal leren in Python. J Mach. Leren. Res. 12, 2825â € "2830 (2011).
Pabst, M. et al. Een algemene benadering om prokaryotische eiwitglycosylatie te onderzoeken onthult de unieke modulatie van de oppervlaktelaag van een anammoxbacterie. ISME J. 16, 346â € "357 (2022).
Chuh, KN, Zaro, BW, Piller, F., Piller, V. & Pratt, MR Veranderingen in metabolische chemische reporterstructuur leveren een selectieve sonde op van O-GlcNAc-modificatie. J. Am. Chem. Soc. 136, 12283â € "12295 (2014).
- Door SEO aangedreven content en PR-distributie. Word vandaag nog versterkt.
- PlatoData.Network Verticale generatieve AI. Versterk jezelf. Toegang hier.
- PlatoAiStream. Web3-intelligentie. Kennis versterkt. Toegang hier.
- PlatoESG. carbon, CleanTech, Energie, Milieu, Zonne, Afvalbeheer. Toegang hier.
- Plato Gezondheid. Intelligentie op het gebied van biotech en klinische proeven. Toegang hier.
- Bron: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01598-7
