Levental, I. & Lyman, E. Regulering van de membraaneiwitstructuur en -functie door hun lipidenano-omgeving. nat. ds. Mol. Cel Biol. 24, 107â € "122 (2023).
Sezgin, E., Levental, I., Burgemeester, S. & Eggeling, C. Het mysterie van membraanorganisatie: samenstelling, regulatie en rol van lipidenvlotten. nat. ds. Mol. Cel Biol. 18, 361â € "374 (2017).
Liu, S., Hoess, P. & Ries, J. Superresolutiemicroscopie voor structurele celbiologie. Ann. Rev. Biophys. 51, 301â € "326 (2022).
Baddeley, D. & Bewersdorf, J. Biologisch inzicht door superresolutiemicroscopie: wat we kunnen leren van op lokalisatie gebaseerde beelden. Annu. Rev. Biochem. 87, 965â € "989 (2018).
Jain, A. et al. Onderzoek naar cellulaire eiwitcomplexen met behulp van pull-down met één molecuul. NATUUR 473, 484â € "488 (2011).
Chung, JK et al. K-Ras4B blijft monomeer op membranen over een breed scala aan oppervlaktedichtheden en lipidesamenstellingen. Biophys. J. 114, 137â € "145 (2018).
Kaliszewski, MJ et al. Kwantificering van oligomerisatie van membraaneiwitten met fluorescentie-kruiscorrelatiespectroscopie. Methoden 140-141, 40â € "51 (2018).
Huang, Y. et al. Moleculaire basis voor multimerisatie bij de activering van de epidermale groeifactorreceptor. eLife 5, e14107 (2016).
Ulbrich, MH & Isacoff, EY Subeenheid tellen in membraangebonden eiwitten. Nat. methoden 4, 319â € "321 (2007).
Low-Nam, ST et al. ErbB1-dimerisatie wordt bevorderd door co-opsluiting van het domein en gestabiliseerd door ligandbinding. nat. structuur. Mol. Biol. 18, 1244â € "1249 (2011).
Kusumi, A., Tsunoyama, TA, Hirosawa, KM, Kasai, RS & Fujiwara, TK Het volgen van afzonderlijke moleculen aan het werk in levende cellen. Nat. Chem. Biol. 10, 524â € "532 (2014).
Lelek, M. et al. Lokalisatiemicroscopie met één molecuul. Nat. Rev Methods Primers 1, 39 (2021).
Huang, B., Bates, M. & Zhuang, X. Fluorescentiemicroscopie met superresolutie. Annu. Rev. Biochem. 78, 993â € "1016 (2009).
Balzarotti, F. et al. Beeldvorming en tracking met nanometerresolutie van fluorescerende moleculen met minimale fotonfluxen. Wetenschap 355, 606â € "612 (2017).
Deguchi, T. et al. Directe observatie van de stappen van motoreiwitten in levende cellen met behulp van MINFLUX. Wetenschap 379, 1010â € "1015 (2023).
Panda, A. et al. Directe bepaling van de oligomere organisatie van integrale membraaneiwitten en lipiden uit een intacte, aanpasbare dubbellaag. Nat. methoden 20, 891â € "897 (2023).
Sydor, AM, Czymmek, KJ, Puchner, EM & Mennella, V. Microscopie met superresolutie: van enkele moleculen tot supramoleculaire assemblages. Trends Celbiol. 25, 730â € "748 (2015).
Duncan, AL et al. Eiwitverdringing en lipidencomplexiteit beïnvloeden de dynamische organisatie op nanoschaal van ionkanalen in celmembranen. Sci. Rep. 7, 16647 (2017).
Kiessling, V., Yang, S.-T. & Tamm, LK Ondersteunde lipidedubbellagen als modellen voor het bestuderen van membraandomeinen. Huidig Bovenkant. Lid 75, 1â € "23 (2015).
Sako, Y., Minoghchi, S. & Yanagida, T. Beeldvorming met één molecuul van EGFR-signalering op het oppervlak van levende cellen. nat. Cel Biol. 2, 168â € "172 (2000).
Coffman, VC & Wu, J.-Q. Eiwitmoleculen tellen met behulp van kwantitatieve fluorescentiemicroscopie. TrendsBiochem. Wetenschap. 37, 499â € "506 (2012).
Huang, EJ & Reichardt, LF Trk-receptoren: rollen in neuronale signaaltransductie. Annu. Rev. Biochem. 72, 609â € "642 (2003).
Lemmon, MA & Schlessinger, J. Celsignalering door receptortyrosinekinasen. Cel 141, 1117â € "1134 (2010).
Waters, AM & Der, CJ KRAS: de kritische driver en therapeutisch doelwit voor alvleesklierkanker. Koude Lente Harb. Perspectief. Med. 8, a031435 (2018).
Hobbs, GA, Der, CJ & Rossman, KL RAS isovormen en mutaties bij kanker in één oogopslag. J. Cell Sci. 129, 1287â € "1292 (2016).
Simanshu, DK, Nissley, DV & McCormick, F. RAS-eiwitten en hun toezichthouders bij ziekten bij de mens. Cel 170, 17â € "33 (2017).
Wang, JY & Doudna, JA CRISPR-technologie: een decennium van genoombewerking is nog maar het begin. Wetenschap 379, eadd8643 (2023).
Cho, NH et al. OpenCell: endogene tagging voor de cartografie van menselijke cellulaire organisatie. Wetenschap 375, eabi6983 (2022).
Smith, AAA et al. Lipide nanoschijven via geordende copolymeren. Chem 6, 2782â € "2795 (2020).
Esmaili, M. & Overduin, M. Membraanbiologie gevisualiseerd in schijven van nanometerformaat gevormd door styreen-maleïnezuurpolymeren. Biochim. Biofysica. Acta Biomembr. 1860, 257â € "263 (2018).
Knowles, TJ et al. Membraaneiwitten zijn intact opgelost in lipidebevattende nanodeeltjes begrensd door styreen-maleïnezuurcopolymeer. J. Am. Chem. Soc. 131, 7484â € "7485 (2009).
Zacharias, DA, Violin, JD, Newton, AC & Tsien, RY Verdeling van lipide-gemodificeerde monomere GFP's in membraanmicrodomeinen van levende cellen. Wetenschap 296, 913â € "916 (2002).
Swiecicki, J.-M., Santana, JT & Imperiali, B. Een strategische aanpak voor fluorescentiebeeldvorming van membraaneiwitten in een natieve omgeving. Cel Chem. Biol. 27, 245-251.e3 (2020).
Goehring, A. et al. Screening en grootschalige expressie van membraaneiwitten in zoogdiercellen voor structurele studies. Nat. Protoc. 9, 2574â € "2585 (2014).
Sniegowski, JA, Phail, ME & Wachter, RM Rijpingsefficiëntie, trypsinegevoeligheid en optische eigenschappen van Arg96-, Glu222- en Gly67-varianten van groen fluorescerend eiwit. Biochem. Biophys. Res. Commun. 332, 657â € "663 (2005).
Xu, Y. et al. Structuren van bacteriële homologen van SWEET-transporters in twee verschillende conformaties. NATUUR 515, 448â € "452 (2014).
Khademi, S. et al. Mechanisme van ammoniaktransport door Amt/MEP/Rh: structuur van AmtB bij 1.35 A. Wetenschap 305, 1587â € "1594 (2004).
Kim, DM & Nimigean, CM Spanningsafhankelijke kaliumkanalen: een structureel onderzoek van selectiviteit en poorten. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 8, a029231 (2016).
Gupta, K. et al. De rol van grensvlaklipiden bij het stabiliseren van membraaneiwitoligomeren. NATUUR 541, 421â € "424 (2017).
Nemoto, Y. & De Camilli, P. Rekrutering van een alternatief gesplitste vorm van synaptojanine 2 aan mitochondriën door de interactie met het PDZ-domein van een mitochondriaal buitenmembraaneiwit. EMBO J. 18, 2991â € "3006 (1999).
Chen, WW, Freinkman, E., Wang, T., Birsoy, K. & Sabatini, DM Absolute kwantificering van matrixmetabolieten onthult de dynamiek van het mitochondriale metabolisme. Cel 166, 1324-1337.e11 (2016).
Yamashita, A., Singh, SK, Kawate, T., Jin, Y. & Gouaux, E. Kristalstructuur van een bacteriële homoloog van Na + / Cl-afhankelijke neurotransmittertransporters. NATUUR 437, 215â € "223 (2005).
Zhang, F. et al. Kwantificering van het expressieniveau van de epidermale groeifactorreceptor en bindingskinetiek op celoppervlakken door beeldvorming met oppervlakteplasmonresonantie. Anaal. Chem. 87, 9960â € "9965 (2015).
Hood, FE, Sahraoui, YM, Jenkins, RE & Prior, IA De overvloed aan Ras-eiwitten correleert met Ras-isovorm-mutatiepatronen bij kanker. Oncogene 42, 1224â € "1232 (2023).
Byrne, PO, Hristova, K. & Leahy, DJ EGFR vormt ligand-onafhankelijke oligomeren die verschillen van de actieve toestand. J. Biol. Chem. 295, 13353â € "13362 (2020).
Shen, J. & Maruyama, IN Zenuwgroeifactorreceptor TrkA bestaat als een voorgevormde, maar inactieve dimeer in levende cellen. FEBS Lett. 585, 295â € "299 (2011).
Ahmed, F. & Hristova, K. Dimerisatie van de Trk-receptoren in het plasmamembraan: effecten van hun verwante liganden. Biochem. J. 475, 3669â € "3685 (2018).
Franco, ML et al. Interactie tussen de transmembraandomeinen van neurotrofinereceptoren p75 en TrkA bemiddelt hun wederzijdse activering. J. Biol. Chem. 297, 100926 (2021).
Van, QN et al. RAS-nanoclusters: dynamische signaalplatforms die vatbaar zijn voor therapeutische interventie. biomoleculen 11, 377 (2021).
Abankwa, D., Gorfe, AA & Hancock, JF Ras nanoclusters: moleculaire structuur en assemblage. Semin. Cel ontwikkelaar Biol. 18, 599â € "607 (2007).
Nan, X. et al. Ras-GTP-dimeren activeren de door mitogeen geactiveerde proteïnekinase (MAPK)-route. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 112, 7996â € "8001 (2015).
Ambrogio, C. et al. KRAS-dimerisatie beïnvloedt de gevoeligheid van MEK-remmers en de oncogene activiteit van mutant KRAS. Cel 172, 857-868.e15 (2018).
Kessler, D. et al. Een onbruikbare zak drogeren op KRAS. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 116, 15823â € "15829 (2019).
Tran, TH et al. Het kleine molecuul BI-2852 induceert een niet-functioneel dimeer van KRAS. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 117, 3363â € "3364 (2020).
Sarkar-Banerjee, S. et al. Spatiotemporele analyse van K-Ras-plasmamembraaninteracties onthult meerdere homo-oligomere complexen van hoge orde. J. Am. Chem. Soc. 139, 13466â € "13475 (2017).
Buscail, L., Bournet, B. & Cordelier, P. Rol van oncogene KRAS bij de diagnose, prognose en behandeling van alvleesklierkanker. Nat. Rev Gastroenterol. Hepatol. 17, 153â € "168 (2020).
Muzumdar, MD et al. Overleving van pancreaskankercellen zonder KRAS-functie. Nat. Commun. 8, 1090 (2017).
Sligar, SG & Denisov, IG Nanodiscs: een toolkit voor membraaneiwitwetenschap. Eiwit Sc. 30, 297â € "315 (2021).
Boldog, T., Grimme, S., Li, M., Sligar, SG & Hazelbauer, GL Nanodiscs scheiden chemoreceptor-oligomere toestanden en onthullen hun signaaleigenschappen. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 103, 11509â € "11514 (2006).
Du, Z. & Lovly, CM Mechanismen van receptortyrosinekinase-activering bij kanker. mol. Kanker 17, 58 (2018).
Lindhoud, S., Carvalho, V., Pronk, JW & Aubin-Tam, M.-E. SMA-SH: gemodificeerd styreen-maleïnezuurcopolymeer voor functionaliteit van lipide-nanoschijven. Biomacromoleculen 17, 1516â € "1522 (2016).
Hout, ER et al. Ontdekking en in vitro evaluatie van krachtige TrkA-kinaseremmers: oxindol en aza-oxindolen. Bioorg. Med. Chem. Let. 14, 953â € "957 (2004).
Tinevez, J.-Y. et al. TrackMate: een open en uitbreidbaar platform voor het volgen van afzonderlijke deeltjes. Methoden 115, 80â € "90 (2017).
Jaqaman, K. et al. Robuuste tracking van afzonderlijke deeltjes in time-lapse-sequenties van live-cellen. Nat. methoden 5, 695â € "702 (2008).
Schindelin, J. et al. Fiji: een open-source platform voor biologische beeldanalyse. Nat. methoden 9, 676â € "682 (2012).
Karandur, D. et al. Breuk van de oligomere CaMKII-hub door het regulerende segment van de kinase. eLife 9, e57784 (2020).
Mi, L.-Z. et al. Gelijktijdige visualisatie van de extracellulaire en cytoplasmatische domeinen van de epidermale groeifactorreceptor. nat. structuur. Mol. Biol. 18, 984â € "989 (2011).
Bhattacharyya, M. et al. MATLAB-codes voor Native-nanoBleach (1.0.1) (Zenodo, 2023); https://doi.org/10.5281/zenodo.8429321
- Door SEO aangedreven content en PR-distributie. Word vandaag nog versterkt.
- PlatoData.Network Verticale generatieve AI. Versterk jezelf. Toegang hier.
- PlatoAiStream. Web3-intelligentie. Kennis versterkt. Toegang hier.
- PlatoESG. carbon, CleanTech, Energie, Milieu, Zonne, Afvalbeheer. Toegang hier.
- Plato Gezondheid. Intelligentie op het gebied van biotech en klinische proeven. Toegang hier.
- Bron: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01547-4
