Greenough, L. et al. Anpassning av kapillärgelelektrofores som en känslig metod med hög genomströmning för att påskynda karakteriseringen av nukleinsyrametaboliska enzymer. Nukleinsyror Res. 44, e15 (2016).
Farag, N. et al. Vikbara DNA-nanoswitchar för att övervaka aktiviteten hos DNA-reparationsenzymer. Ångest. Chem. 133, 7359-7365 (2021).
Luo, X. & Hsing, I.-M. Immobiliseringsfri elektrokemisk DNA-polymerasanalys. Elektroanalys 23, 923-926 (2011).
Boehr, DD, Nussinov, R. & Wright, PE Rollen av dynamiska konformationella ensembler i biomolekylärt erkännande. Nat. Chem. Biol. 5, 789-796 (2009).
Henzler-Wildman, K. & Kern, D. Dynamiska personligheter av proteiner. Natur 450, 964-972 (2007).
Leveson-Gower, RB, Mayer, C. & Roelfes, G. Vikten av katalytisk promiskuitet för enzymdesign och evolution. Nat. Pastor Chem. 3, 687-705 (2019).
Rotman, B. Mätning av aktiviteten hos enstaka molekyler av β-d-galaktosidas. Proc. Natl Acad. Sci. usa 47, 1981-1991 (1961).
Vogelstein, B. & Kinzler, KW Digital PCR. Proc. Natl Acad. Sci. usa 96, 9236-9241 (1999).
Rondelez, Y. et al. Mikrotillverkade arrayer av femtoliterkammare tillåter enkelmolekylär enzymologi. Nat. Bioteknik. 23, 361-365 (2005).
Ono, T., Ichiki, T. & Noji, H. Digital enzymanalys med användning av attoliterdropparray. Analytiker 143, 4923-4929 (2018).
Guan, Z. et al. En mycket parallell mikrofluidisk droppmetod som möjliggör räkning av en enda molekyl för digital enzymdetektion. Biomikrofluidik 8, 014110 (2014).
Rojek, MJ & Walt, DR Observation av enstaka enzymmolekyler interkonverterar mellan aktivitetstillstånd vid uppvärmning. PLoS One 9, e86224 (2014).
Rissin, DM & Walt, DR Digital koncentrationsavläsning av enstaka enzymmolekyler med femtolitermatriser och Poisson-statistik. Nano Lett. 6, 520-523 (2006).
Liebherr, RB et al. Tre-i-ett-enzymanalys baserad på enstaka molekyldetektion i femtolitermatriser. Anal. Bioanal. Chem. 407, 7443-7452 (2015).
Obayashi, Y., Iino, R. & Noji, H. En digital enzymanalys med en molekyl som använder alkaliskt fosfatas med ett kumarinbaserat fluorogent substrat. Analytiker 140, 5065-5073 (2015).
Gorris, HH, Rissin, DM & Walt, DR Frisättning och bindning av stokastisk inhibitor från en-enzymmolekyler. Proc. Natl Acad. Sci. usa 104, 17680-17685 (2007).
English, BP et al. Ständigt fluktuerande enskilda enzymmolekyler: Michaelis–Mentens ekvation återupptas. Nat. Chem. Biol. 2, 87-94 (2006).
Hsin, T.-M. & Yeung, ES Enkelmolekylreaktioner i liposomer. Ångest. Chem. Int. Ed. 46, 8032-8035 (2007).
Ueno, H., Kato, M., Minagawa, Y., Hirose, Y. & Noji, H. Belysning och kontroll av låg- och högaktiva populationer av alkaliska fosfatasmolekyler för kvantitativ digital bioanalys. Protein Sci. 30, 1628-1639 (2021).
Jiang, Y., Li, X. & Walt, DR Enkelmolekylanalys bestämmer isozymer av humant alkaliskt fosfatas i serum. Ångest. Chem. Int. Ed. 59, 18010-18015 (2020).
Craig, DB, Arriaga, EA, Wong, JCY, Lu, H. & Dovichi, NJ Studier av enstaka alkaliska fosfatasmolekyler: reaktionshastighet och aktiveringsenergi för en reaktion som katalyseras av en enda molekyl och effekten av termisk denaturering – döden av ett enzym. J. Am. Chem. Soc. 118, 5245-5253 (1996).
Sakuma, M. et al. Genetisk störning förändrar funktionella subtillstånd i alkaliskt fosfatas. J. Am. Chem. Soc. 145, 2806-2814 (2023).
Gorris, HH & Walt, DR Mekanistiska aspekter av pepparrotsperoxidas belysas genom studier med en enda molekyl. J. Am. Chem. Soc. 131, 6277-6282 (2009).
Ehrl, BN, Liebherr, RB & Gorris, HH Singelmolekylkinetik av pepparrotsperoxidas exponerad i stora arrayer av femtoliterstora sammansmälta kiseldioxidkammare. Analytiker 138, 4260-4265 (2013).
Comellas-Aragonès, M. et al. En virusbaserad enkelenzym nanoreaktor. Nat. Nanoteknik. 2, 635-639 (2007).
Liebherr, RB, Renner, M. & Gorris, HH Ett enda molekylperspektiv på den funktionella mångfalden av in vitro utvecklat β-glukuronidas. J. Am. Chem. Soc. 136, 5949-5955 (2014).
Jiang, Y. et al. En-molekyl mekanistisk studie av enzymhysteres. ACS Cent. Sci. 5, 1691-1698 (2019).
Watanabe, R., Sakuragi, T., Noji, H. & Nagata, S. Enkelmolekylanalys av fosfolipidförvrängning av TMEM16F. Biophys. J. 114558a (2018).
Tan, W. & Yeung, ES Övervakning av reaktionerna av enstaka enzymmolekyler och enstaka metalljoner. Anal. Chem. 69, 4242-4248 (1997).
Sakakihara, S., Araki, S., Iino, R. & Noji, H. En enkelmolekylär enzymatisk analys i en direkt tillgänglig femtoliterdropparray. Lab Chip 10, 3355-3362 (2010).
Watanabe, R. et al. Arrayed lipiddubbelskiktskammare tillåter enkelmolekylanalys av membrantransportöraktivitet. Nat. Commun. 5, 4519 (2014).
Ueno, H., Sano, M., Hara, M. & Noji, H. Digitala kaskadanalyser för ADP- eller ATP-producerande enzymer med användning av en femtoliterreaktoranordning. ACS Sens. 8, 3400-3407 (2023).
Noji, H., Minagawa, Y. & Ueno, H. Enzymbaserad digital bioanalysteknik – nyckelstrategier och framtidsperspektiv. Lab Chip 22, 3092-3109 (2022).
Cox, KJ, Subramanian, HKK, Samaniego, CC, Franco, E. & Choudhary, A. En universell metod för känslig och cellfri detektion av CRISPR-associerade nukleaser. Chem. Sci. 10, 2653-2662 (2019).
Sternberg, SH, Redding, S., Jinek, M., Greene, EC & Doudna, JA DNA-förhör av det CRISPR RNA-ledda endonukleaset Cas9. Natur 507, 62-67 (2014).
Montagne, K., Gines, G., Fujii, T. & Rondelez, Y. Öka funktionaliteten hos syntetiska DNA-kretsar med skräddarsydd deaktivering. Nat. Commun. 7, 13474 (2016).
Gines, G. et al. Isotermisk digital detektion av mikroRNA med hjälp av bakgrundsfri molekylär krets. Sci. Adv. 6, eaay5952 (2020).
Shenshin, VA, Lescanne, C., Gines, G. & Rondelez, Y. Ett kemiskt gränssnitt för små molekyler för molekylära program. Nukleinsyror Res. 49, 7765-7774 (2021).
Okumura, S. et al. Icke-linjärt beslutsfattande med enzymatiska neurala nätverk. Natur 610, 496-501 (2022).
Li, Y. et al. Ultrakänslig isotermisk detektion av SARS-CoV-2 baserad på självprimande hårnålsutnyttjad amplifiering av den G-rika sekvensen. Anal. Chem. 94, 17448-17455 (2022).
Richardson, CD, Ray, GJ, DeWitt, MA, Curie, GL & Corn, JE Förbättra homologiriktad genomredigering genom katalytiskt aktiva och inaktiva CRISPR-Cas9 med användning av asymmetrisk donator-DNA. Nat. Bioteknik. 34, 339-344 (2016).
Raper, AT, Stephenson, AA & Suo, Z. Funktionella insikter avslöjade av den kinetiska mekanismen av CRISPR/Cas9. J. Am. Chem. Soc. 140, 2971-2984 (2018).
Phaneuf, CR et al. Ultrakänslig detektering av flera arter av CRISPR-Cas9 med en bärbar centrifugalmikrofluidisk plattform. Anal. Metoder 11, 559-565 (2019).
Zhang, X.-P. & Heyer, W.-D. i DNA-rekombination: Metoder och protokoll (red. Tsubouchi, H.) 329–343 (Humana Press, 2011); https://doi.org/10.1007/978-1-61779-129-1_19
Tanford, C. in Framsteg inom proteinkemi vol. 23 (red. Anfinsen, CB et al.) 121–282 (Academic Press, 1968).
Berlett, BS & Stadtman, ER Proteinoxidation vid åldrande, sjukdomar och oxidativ stress. J. Biol. Chem. 272, 20313-20316 (1997).
Liu, G., Lin, Q., Jin, S. & Gao, C. CRISPR-Cas verktygslådan och genredigeringsteknologier. Mol. Cell 82, 333-347 (2022).
Phan, QA, Truong, LB, Medina-Cruz, D., Dincer, C. & Mostafavi, E. CRISPR/Cas-drivna nanobiosensorer för diagnostik. Biosens. Bioelektron. 197, 113732 (2022).
Abate, AR, Hung, T., Mary, P., Agresti, JJ & Weitz, DA Injektion med hög genomströmning med mikrofluidik med hjälp av picoinjektorer. Proc. Natl Acad. Sci. usa 107, 19163-19166 (2010).
Mazutis, L. & Griffiths, AD Selektiv droppkoalescens med hjälp av mikrofluidiska system. Lab Chip 12, 1800-1806 (2012).
Mattox, AK et al. Tillämpningar av flytande biopsier för cancer. Sci. Översätt. Med. 11, eaay1984 (2019).
Heitzer, E., Haque, IS, Roberts, CES & Speicher, MR Nuvarande och framtida perspektiv på flytande biopsier i genomikdriven onkologi. Nat. Pastor Genet. 20, 71-88 (2019).
Abbotts, R. & Madhusudan, S. Humant AP-endonukleas 1 (APE1): från mekanistiska insikter till läkemedelsbart mål i cancer. Cancerbehandling. Varv. 36, 425-435 (2010).
Collins, AR & Gaivão, I. Reparation av DNA-basexcision som en biomarkör i molekylära epidemiologiska studier. Mol. Asp. Med. 28, 307-322 (2007).
Zaher, DM et al. Nya framsteg med alkaliska fosfatasisoenzymer och deras inhibitorer. Båge. Pharm. 353, e2000011 (2020).
Sachsenhauser, V. & Bardwell, JC Riktad evolution för att förbättra proteinveckning in vivo. Curr. Opin. Struktur. Biol. 48, 117-123 (2018).
Dramé-Maigné, A. et al. In vitro självval av enzymer med hjälp av molekylära program. ACS Synth. Biol. https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00385 (2024).
Xue, Q. & Yeung, ES Skillnader i den kemiska reaktiviteten hos enskilda molekyler av ett enzym. Natur 373, 681-683 (1995).
Craig, DB et al. Skillnader i den genomsnittliga enstaka molekylaktiviteten för E.coli β-galaktosidas: effekt av källa, enzymmolekylens ålder och induktionstemperatur. J. Protein Chem. 22, 555-561 (2003).
Tawfik, DS Stökig biologi och ursprunget till evolutionära innovationer. Nat. Chem. Biol. 6, 692-696 (2010).
Willensdorfer, M., Bürger, R. & Nowak, MA Fenotypiska mutationshastigheter och överflöd av onormala proteiner i jäst. PLoS Comput. Biol. 3, e203 (2007).
Yamagata, A., Masui, R., Kakuta, Y., Kuramitsu, S. & Fukuyama, K. Överuttryck, rening och karakterisering av RecJ-protein från Thermus thermophilus HB8 och dess kärndomän. Nukleinsyror Res. 29, 4617-4624 (2001).
Menezes, R., Dramé-Maigné, A., Taly, V., Rondelez, Y. & Gines, G. Strömlinjeformade digitala bioanalyser med en 3D-tryckt provväxlare. Analytiker 145, 572-581 (2019).
Lobato-Dauzier, N. et al. Kiselkammare för förbättrad inkubation och avbildning av mikrofluidiska droppar. Lab Chip 23, 2854-2865 (2023).
Pekin, D. et al. Kvantitativ och känslig detektion av sällsynta mutationer med hjälp av droppbaserad mikrofluidik. Lab Chip 11, 2156-2166 (2011).
- SEO-drivet innehåll och PR-distribution. Bli förstärkt idag.
- PlatoData.Network Vertical Generative Ai. Styrka dig själv. Tillgång här.
- PlatoAiStream. Web3 Intelligence. Kunskap förstärkt. Tillgång här.
- Platoesg. Kol, CleanTech, Energi, Miljö, Sol, Avfallshantering. Tillgång här.
- PlatoHealth. Biotech och kliniska prövningar Intelligence. Tillgång här.
- Källa: https://www.nature.com/articles/s41565-024-01617-1
