Nielsen, J., Larsson, C., van Maris, A. & Pronk, J. Metabolic engineering van gist voor de productie van brandstoffen en chemicaliën. Huidige. Opin. Biotechnol. 24, 398â € "404 (2013).
DiCarlo, JE et al. Genoommanipulatie in Saccharomyces cerevisiae met behulp van CRISPR-Cas-systemen. Nucleic Acids Res. 41, 4336â € "4343 (2013).
Schwartz, CM, Hussain, MS, Blenner, M. & Wheeldon, I. Synthetische RNA-polymerase III-promoters vergemakkelijken zeer efficiënte CRISPR-Cas9-gemedieerde genoombewerking in Yarrowia lipolytica. ACS-synth. Biol. 5, 356â € "359 (2016).
Raschmanová, H., Weninger, A., Glieder, A., Kovar, K. & Vogl, T. Implementatie van CRISPR-Cas-technologieën in conventionele en niet-conventionele gisten: huidige toestand en toekomstperspectieven. Biotechnologie. Adv. 36, 641â € "665 (2018).
Tsai, CS et al. Snelle en merkervrije refactoring van xylose-fermenterende giststammen met Cas9/CRISPR. Biotechnologie. Bioeng. 112, 2406â € "2411 (2015).
Jessop-Fabre, MM et al. EasyClone-MarkerFree: een vectortoolkit voor markerloze integratie van genen in Saccharomyces cerevisiae via CRISPR-Cas9. Biotechnologie. J. 11, 1110â € "1117 (2016).
Wang, L. et al. Efficiënte CRISPR-Cas9-gemedieerde multiplex-genoombewerking in gisten. Biotechnol. Biobrandstoffen 11, 277 (2018).
Liu, Q. et al. CRISPR-Cas9-gemedieerde genomische multiloci-integratie in Pichia pastoris. Micro. Cel feit. 18, 44 (2019).
Holkenbrink, C. et al. EasyCloneYALI: CRISPR/Cas9-gebaseerde synthetische toolbox voor engineering van de gist Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. J. 13, e1700543 (2018).
Lachen, MF et al. Nieuwe vectoren voor eenvoudige en gestroomlijnde CRISPR-Cas9-genoombewerking in Saccharomyces cerevisiae. Gist 32, 711â € "720 (2015).
Cai, P., Gao, J. & Zhou, Y. CRISPR-gemedieerde genoombewerking in niet-conventionele gisten voor biotechnologische toepassingen. Micro. Cel feit. 18, 63 (2019).
Kretzschmar, A. et al. Verhoogde homologe integratiefrequentie in Yarrowia lipolytica stammen die defect zijn in niet-homologe eindverbindingen. Huidig Genet 59, 63â € "72 (2013).
Babaei, M. et al. Technische oliegist als gastheer voor fermentatieve barnsteenzuurproductie uit glucose. Voor Bioeng. Biotechnologie. 27, 361 (2019).
Gao, C. et al. Robuuste barnsteenzuurproductie uit ruwe glycerol met behulp van gemanipuleerde Yarrowia lipolytica. Biotechnol. Biobrandstoffen 9, 179 (2016).
Milne, N. et al. Metabolische engineering van Saccharomyces cerevisiae voor de de novo productie van psilocybine en verwante tryptaminederivaten. Metab. Ing. 60, 25â € "36 (2020).
Makanae, K., Kintaka, R., Makino, T., Kitano, H. & Moriya, H. Identificatie van dosisgevoelige genen in Saccharomyces cerevisiae met behulp van de genetische touwtrekmethode. Genoom Res 23, 300â € "311 (2013).
Giaever, G. et al. Functionele profilering van de Saccharomyces cerevisiae genoom. NATUUR 418, 387â € "391 (2002).
Adames, NR, Gallegos, JE & Peccoud, J. Genetische interactiescreens van gist in het tijdperk van CRISPR/Cas. Huidig Genet 65, 307â € "327 (2019).
Babaei, M. et al. Uitbreiding van EasyClone-MarkerFree toolkit voor Saccharomyces cerevisiae genoom met nieuwe integratieplaatsen. FEMS Gist Res. 21, foab027 (2021).
Yu, W., Gao, J., Zhai, X. & Zhou, YJ Screening van neutrale locaties voor metabole engineering van methylotrofe gist Ogataea polymorpha. synth. Syst. Biotechnologie. 6, 63â € "68 (2021).
Li, M. et al. CRISPR-gemedieerde multigen-integratie maakt refactoring van Shikimate-paden mogelijk voor verbeterde biosynthese van 2-fenylethanol in Kluyveromyces marxianus. Biotechnol. Biobrandstoffen 14, 3 (2021).
Brady, JR et al. Identificatie van verbeterde sites voor heterologe genintegratie met behulp van ATAC-seq. ACS-synth. Biol. 9, 2515â € "2524 (2020).
Lee, ME, DeLoache, WC, Cervantes, B. & Dueber, JE Een sterk gekarakteriseerde gisttoolkit voor modulaire, meerdelige assemblage. ACS-synth. Biol. 4, 975â € "986 (2015).
Nguyen, N., Quail, MMF & Hernday, AD Een efficiënt, snel en recyclebaar systeem voor scherpere genoombewerking in Candida albicans. mSphere 2, e00149-17 (2017).
Gowers, G.-OF et al. Verbeterde biosynthese van betulinezuur met behulp van synthetische gistchromosoomrecombinatie en semi-automatische snelle LC-MS-screening. Nat. Commun. 11, 868 (2020).
Zhang, Y. et al. Een gRNA-tRNA-array voor op CRISPR-Cas9 gebaseerde snelle gemultiplexte genoombewerking in Saccharomyces cerevisiae. Nat. Commun. 10, 1053 (2019).
Li, XT et al. tCRISPRi: afstembare en omkeerbare controle in één stap van genexpressie. Sci. Rep. 6, 39076 (2016).
McCleary, WR Toepassing van promotor-uitwisselingstechnieken om de expressie van chromosomale genen te beheersen. Toepassing Microbiol Biotechnol. 84, 641â € "648 (2009).
Rajkumar, AS, Varela, JA, Juergens, H., Daran, J.-MG & Morrissey, JP Biologische onderdelen voor Kluyveromyces marxianus Synthetische biologie. Voor Bioeng. Biotechnologie. 7, 97 (2019).
Weninger, A. et al. Uitbreiding van de CRISPR/Cas9-toolkit voor Pichia pastoris met efficiënte donorintegratie en alternatieve resistentiemarkers. J. Celbiochem 119, 3183â € "3198 (2018).
Storici, F., Durham, CL, Gordenin, DA & Resnick, MA Chromosomale plaatsspecifieke dubbelstrengige breuken zijn efficiënt gericht op reparatie door oligonucleotiden in gist. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 100, 14994â € "14999 (2003).
Park, YK & Ledesma-Amaro, R. Wat maakt Yarrowia lipolytica goed geschikt voor de industrie? Trends Biotechnologie. 41, 242â € "254 (2023).
Larroude, M., Trabelsi, H., Nicaud, J.-M. & Rossignol, T. Een set van Yarrowia lipolytica CRISPR/Cas9-vectoren voor het benutten van wildtype-stamdiversiteit. Biotechnologie. Let. 42, 773â € "785 (2020).
Baisya, D., Ramesh, A., Schwartz, C., Lonardi, S. & Wheeldon, I. Genoombrede functionele schermen maken de voorspelling mogelijk van hoogactieve CRISPR-Cas9- en -Cas12a-gidsen in Yarrowia lipolytica. Nat. Commun. 13, 922 (2022).
Schwartz, C. & Wheeldon, I. CRISPR-Cas9-gemedieerde genoombewerking en transcriptionele controle in Yarrowia lipolytica. Methoden Mol. Biol. 1772, 327â € "345 (2018).
Celińska, E. et al. Golden Gate Assembly-systeem gewijd aan complexe padmanipulatie in Yarrowia lipolytica. Micro. Biotechnologie. 10, 450â € "455 (2017).
Larroude, M. et al. Een modulaire Golden Gate-toolkit voor Yarrowia lipolytica Synthetische biologie. Micro. Biotechnologie. 12, 1249â € "1259 (2019).
Li, YW et al. YALIcloneNHEJ: een efficiënte modulaire toolkit voor klonen voor NHEJ-integratie van multigenroute en terpenoïdeproductie in Yarrowia lipolytica. Voor Bioeng. Biotechnologie. 9, 816980 (2021).
Egermeier, M., Sauer, M. & Marx, H. Golden Gate-gebaseerde metabolische engineeringstrategie voor wildtype stammen van Yarrowia lipolytica. FEMS Microbiol Lett. 366, fnz022 (2019).
Bredeweg, EL et al. Een moleculair genetische toolbox voor Yarrowia lipolytica. Biotechnol. Biobrandstoffen 10, 2 (2017).
Wong, L., Engel, J., Jin, E., Holdridge, B. & Xu, P. YaliBricks, een veelzijdige genetische toolkit voor gestroomlijnde en snelle pathway-engineering in Yarrowia lipolytica. Metab. Ing. gemeenschappelijk 5, 68â € "77 (2017).
He, Q., Szczepańska, P., Yuzbashev, TV, Lazar, Z. & Ledesma-Amaro, R. De novo productie van resveratrol uit glycerol door verschillende metabolische routes in Yarrowia lipolytica. Metab. Ing. gemeenschappelijk 11, e00146 (2020).
Juretzek, T. et al. Vectoren voor genexpressie en amplificatie in de gist Yarrowia lipolytica. Gist 18, 97â € "113 (2001).
Albert, H., Dale, EC, Lee, E. & Ow, DW Plaatsspecifieke integratie van DNA in wildtype en mutante lox-plaatsen geplaatst in het plantengenoom. Plant J. 7, 649â € "659 (1995).
Martínez, LM, Martinez, A. & Gosset, G. Productie van melanines met recombinante micro-organismen. Voor Bioeng. Biotechnologie. 7, 285 (2019).
Shen, B. et al. Fermentatieve productie van vitamine E-tocotriënolen in Saccharomyces cerevisiae onder koude-shock-getriggerde temperatuurregeling. Nat. Commun. 11, 5155 (2020).
Ben Tahar, I., Kus-Liśkiewicz, M., Lara, Y., Javaux, E. & Fickers, P. Karakterisering van een niet-toxisch pyomelaninepigment geproduceerd door de gist Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. prog. 36, e2912 (2020).
Luttik, MAH et al. Vermindering van feedbackremming in Saccharomyces cerevisiae biosynthese van aromatische aminozuren: kwantificering van metabole impact. Metab. Ing. 10, 141â € "153 (2008).
Lütke-Eversloh, T. & Stephanopoulos, G. L-tyrosineproductie door gedereguleerde stammen van Escherichia coli. Toepasselijk microbiologisch. Biotechnologie. 75, 103â € "110 (2007).
Chao, YP, Lai, ZJ, Chen, P. & Chern, JT Verbeterde omzettingssnelheid van L-fenylalanine door koppelingsreacties van aminotransferasen en fosfoenolpyruvaatcarboxykinase in Escherichia coli K-12. Biotechnologie. prog. 15, 453â € "458 (1999).
Romagnoli, G. et al. Schrapping van de Saccharomyces cerevisiae ARO8 gen, dat codeert voor een aromatisch aminozuurtransaminase, verhoogt de productie van fenylethanol uit glucose. Gist 32, 29â € "45 (2015).
Liu, Q. et al. Herbedrading van het koolstofmetabolisme in gist voor de productie van aromatische chemicaliën op hoog niveau. Nat. Commun. 10, 4976 (2019).
Gu, Y., Ma, J., Zhu, Y., Ding, X. & Xu, P. Techniek Yarrowia lipolytica als een chassis voor de novo-synthese van vijf van aromaten afgeleide natuurlijke producten en chemicaliën. ACS-synth. Biol. 9, 2096â € "2106 (2020).
Larroude, M., Onésime, D., Rué, O., Nicaud, JM & Rossignol, T.A Yarrowia lipolytica stam ontwikkeld voor de productie van pyomelanine. Micro-organismen 9, 838 (2021).
Schmaler-Ripcke, J. et al. Productie van pyomelanine, een tweede type melanine, via de tyrosine-afbraakroute in Aspergillus fumigatus. App Omgeving. Microbiol 75, 493â € "503 (2009).
Fernández-Cañón, JM & Peñalva, MA Karakterisering van een maleylacetoacetaat-isomerase-gen van een schimmel en identificatie van zijn menselijke homoloog. J. Biol. Chem. 273, 329â € "337 (1998).
Bassel, J., Hambright, P., Mortimer, R. & Bearden, AJ Mutant van de gist Saccharomycopsis lipolytica die protorfyrine IX accumuleert en uitscheidt. J. Bacteriol. 123, 118â € "122 (1975).
Barth, G. & Weber, H. Genetische studies over de gist Saccharomycopsis lipolytica. Inactivering en mutagenese. Z. Allg. Microbiol. 23, 147â € "157 (1983).
Tai, M. & Stephanopoulos, G. Engineering van het duwen en trekken van de biosynthese van lipiden in olieachtige gist Yarrowia lipolytica voor de productie van biobrandstoffen. Metab. Ing. 15, 1â € "9 (2013).
Larroude, M., Rossignol, T., Nicaud, JM & Ledesma-Amaro, R. Hulpmiddelen voor synthetische biologie voor engineering Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. Adv. 36, 2150â € "2164 (2018).
Xiong, X. & Chen, S. Uitbreidende toolbox voor genexpressie van Yarrowia lipolytica om nieuwe induceerbare, onderdrukbare en hybride promoters op te nemen. ACS-synth. Biol. 9, 2208â € "2213 (2020).
Zhao, Y. et al. Hybride promoter engineering strategieën in Yarrowia lipolytica: isoamylalcoholproductie als teststudie. Biotechnol. Biobrandstoffen 14, 149 (2021).
Fernández-Cañón, JM et al. Maleylacetoacetaat-isomerase (MAAI/GSTZ)-deficiënte muizen onthullen een glutathion-afhankelijke niet-enzymatische bypass in tyrosinekatabolisme. mol. Cel biol. 22, 4943â € "4951 (2002).
Yuzbasheva, EY et al. De mitochondriale citraatdrager in Yarrowia lipolytica: De identificatie, karakterisering en functionele betekenis voor de productie van citroenzuur. Metab. Ing. 54, 264â € "274 (2019).
Sambrook, J., Fritsch, EF & Maniatis, T. Moleculair klonen: een laboratoriumhandleiding. (Cold Spring Harbor-laboratorium, 1989). https://books.google.co.uk/books/about/Molecular_Cloning.html?id=8WViPwAACAAJ&redir_esc=y. Toegang tot maart 23, 2023.
Gibson, DG et al. Enzymatische assemblage van DNA-moleculen tot enkele honderden kilobasen. Nat. methoden 6, 343â € "345 (2009).
Weber, E., Engler, C., Gruetzner, R., Werner, S. & Marillonnet, S. Een modulair kloonsysteem voor gestandaardiseerde assemblage van multigene constructen. PLoS One 6, e16765 (2011).
Yu, D. et al. Een efficiënt recombinatiesysteem voor chromosoommanipulatie in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 97, 5978â € "5983 (2000).
Datsenko, KA & Wanner, BL Inactivatie in één stap van chromosomale genen in Escherichia coli K-12 met behulp van PCR-producten. Proc. Natl. Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 97, 6640â € "6645 (2000).
Russell, CB & Dahlquist, FW Uitwisseling van chromosomale en plasmide-allelen in Escherichia coli door selectie op verlies van een dominante antibioticumgevoeligheidsmarker. J. Bacteriol. 171, 2614â € "2618 (1989).
Shabbir Hussain, M., Gambill, L., Smith, S. & Blenner, MA Engineering-promotorarchitectuur in oliegist Yarrowia lipolytica. ACS-synth. Biol. 5, 213â € "223 (2016).
Borsenberger, V. et al. Meerdere parameters bepalen de efficiëntie van CRISPR/Cas9-geïnduceerde genmodificaties in Yarrowia lipolytica. J Mol. Biol. 430, 4293â € "4306 (2018).
Blazeck, J., Liu, L., Redden, H. & Alper, H. Afstemmen van genexpressie in Yarrowia lipolytica door een hybride promoterbenadering. Appl. Omgeving. Microbiol 77, 7905â € "7914 (2011).
- Door SEO aangedreven content en PR-distributie. Word vandaag nog versterkt.
- PlatoData.Network Verticale generatieve AI. Versterk jezelf. Toegang hier.
- PlatoAiStream. Web3-intelligentie. Kennis versterkt. Toegang hier.
- PlatoESG. Automotive / EV's, carbon, CleanTech, Energie, Milieu, Zonne, Afvalbeheer. Toegang hier.
- Plato Gezondheid. Intelligentie op het gebied van biotech en klinische proeven. Toegang hier.
- ChartPrime. Verhoog uw handelsspel met ChartPrime. Toegang hier.
- BlockOffsets. Eigendom voor milieucompensatie moderniseren. Toegang hier.
- Bron: https://www.nature.com/articles/s42003-023-05202-5
