Fredens, J. et al. Totale synthese van Escherichia coli met een gehercodeerd genoom. NATUUR 569, 514â € "518 (2019).
Gibson, DG et al. Volledige chemische synthese, assemblage en klonen van een Mycoplasma genitalium genoom. Wetenschap 319, 1215â € "1220 (2008).
Gibson, DG et al. Creatie van een bacteriële cel gecontroleerd door een chemisch gesynthetiseerd genoom. Wetenschap 329, 52â € "56 (2010).
Wang, KH et al. Het definiëren van synonieme codoncompressieschema's door genoomhercodering. NATUUR 539, 59â € "64 (2016).
Gibson, DG et al. Enzymatische assemblage van DNA-moleculen tot enkele honderden kilobasen. Nat. methoden 6, 343â € "345 (2009).
Kouprina, N. & Larionov, V. TAR-klonen: inzichten in genfunctie, haplotypes op lange afstand en genoomstructuur en -evolutie. Nat. Genet. 7, 805â € "812 (2006).
Wang, K., de la Torre, D., Robertson, WE & Chin, JW Geprogrammeerde chromosoomsplitsing en -fusie maken nauwkeurige grootschalige herschikking en assemblage van het genoom mogelijk. Wetenschap 365, 922â € "926 (2019).
Ma, NJ, Moonan, DW & Isaacs, FJ Nauwkeurige manipulatie van bacteriële chromosomen door conjugative assembly genoom engineering. Nat. Protoc. 9, 2285â € "2300 (2014).
Robertson, WE et al. Hertoewijzing van Sense-codons maakt virale resistentie en gecodeerde polymeersynthese mogelijk. Wetenschap 372, 1057â € "1062 (2021).
Zurcher, JF et al. Gerefactoreerde genetische codes maken bidirectionele genetische isolatie mogelijk. Wetenschap 378, 516â € "523 (2022).
Nyerges, A. et al. Een verwisselde genetische code voorkomt virale infecties en genoverdracht. NATUUR 615, 720â € "727 (2023).
Spinck, M. et al. Genetisch geprogrammeerde celgebaseerde synthese van niet-natuurlijke peptide- en depsipeptide-macrocycli. nat. Chem. 15, 61â € "69 (2023).
Richardson, SM et al. Ontwerp van een synthetisch gistgenoom. Wetenschap 355, 1040â € "1044 (2017).
Lajoie, MJ et al. Genomisch gehercodeerde organismen breiden biologische functies uit. Wetenschap 342, 357â € "360 (2013).
Ostrov, N. et al. Ontwerp, synthese en testen voor een genoom met 57 codons. Wetenschap 353, 819â € "822 (2016).
Lau, YH et al. Grootschalige hercodering van een bacterieel genoom door iteratieve recombinatie van synthetisch DNA. Nucleic Acids Res. 45, 6971â € "6980 (2017).
Hutchison, CA 3e et al. Ontwerp en synthese van een minimaal bacterieel genoom. Wetenschap 351, ad6253 (2016).
Shao, Y. et al. Het creëren van een functionele gist met één chromosoom. NATUUR 560, 331â € "335 (2018).
Giani, AM, Gallo, GR, Gianfranceschi, L. & Formenti, G. Lange wandeling naar genomics: geschiedenis en huidige benaderingen van genoomsequencing en -assemblage. Berekenen. structuur. Biotechnologie. J. 18, 9â € "19 (2020).
Lander, ES et al. Initiële sequencing en analyse van het menselijk genoom. NATUUR 409, 860â € "921 (2001).
Neil, DL et al. Structurele instabiliteit van menselijke tandem herhaalde DNA-sequenties gekloond in kunstmatige chromosoomvectoren van gist. Nucleic Acids Res. 18, 1421â € "1428 (1990).
Haubold, B. & Wiehe, T. Hoe repetitief zijn genomen? BMC Bio-inform. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-541 (2006).
Yoneji, T., Fujita, H., Mukai, T. & Su'etsugu, M. Grootschalige genoommanipulatie via chromosoomverwisseling in Escherichia coli geprogrammeerd door drie chromosomen van één megabase. Nucleic Acids Res. 49, 8407â € "8418 (2021).
Yu, D. et al. Een efficiënt recombinatiesysteem voor chromosoommanipulatie in Escherichia coli. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 97, 5978â € "5983 (2000).
Mejia, JE & Larin, Z. De assemblage van grote BAC's door in vivo recombinatie. Genomics 70, 165â € "170 (2000).
Mukai, T. et al. Het overwinnen van de uitdagingen van de constructie van plasmiden ter grootte van een megabase in Escherichia coli. ACS-synth. Biol. 9, 1315â € "1327 (2020).
Kotzamanis, G. & Huxley, C. Overlappende BAG's opnieuw combineren tot één grotere BAG. BMC Biotechnologie. 4, 1 (2004).
Sopher, BL & La Spada, AR Efficiënte op recombinatie gebaseerde methoden voor bacteriële kunstmatige chromosoomfusie en mutagenese. Gen 371, 136â € "143 (2006).
Lovett, ST in Bacteriële stressreacties 2e editie (eds Storz, G. & Hengge, R.) 205-228 (2011); https://doi.org/10.1128/9781555816841.ch13.
Anstey-Gilbert, CS et al. De structuur van Escherichia coli ExoIX-implicaties voor DNA-binding en katalyse in flap-endonucleasen. Nucleic Acids Res. 41, 8357â € "8367 (2013).
Liu, Y., Kao, HI & Bambara, RA Flap endonuclease 1: een centraal onderdeel van het DNA-metabolisme. Annu. Rev. Biochem. 73, 589â € "615 (2004).
Ellsworth, RE et al. Vergelijkende genomische sequentieanalyse van de transmembraan geleidingsregulatorgenen voor cystische fibrose bij mens en muis. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 97, 1172â € "1177 (2000).
Krzywinski, M. et al. Een set BAC-klonen die het menselijk genoom omspannen. Nucleic Acids Res. 32, 3651â € "3660 (2004).
Sherry, ST et al. dbSNP: de NCBI-database van genetische variatie. Nucleic Acids Res. 29, 308â € "311 (2001).
Zon, JX et al. Een directe karakterisering van menselijke mutatie op basis van microsatellieten. Nat. Genet. 44, 1161â € "1165 (2012).
Szklarczyk, D. et al. De STRING-database in 2021: aanpasbare eiwit-eiwitnetwerken en functionele karakterisering van door gebruikers geüploade genen-/meetsets. Nucleic Acids Res. 49, 10800â € "10800 (2021).
van der Oost, J. & Patinios, C. De genoombewerkingsrevolutie. Trends Biotechnologie. 41, 396â € "409 (2023).
Jiang, W., Bikard, D., Cox, D., Zhang, F. & Marraffini, LA RNA-geleide bewerking van bacteriële genomen met behulp van CRISPR-Cas-systemen. Nat. Biotechnologie. 31, 233â € "239 (2013).
Tong, Y., Jorgensen, TS, Whitford, CM, Weber, T. & Lee, SY Een veelzijdige toolkit voor genetische manipulatie E. coli gebaseerd op CRISPR-prime-bewerking. Nat. Commun. 12, 5206 (2021).
Datsenko, KA & Wanner, BL Inactivatie in één stap van chromosomale genen in Escherichia coli K-12 met behulp van PCR-producten. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 97, 6640â € "6645 (2000).
Waters, VL Conjugatie tussen bacteriële en zoogdiercellen. Nat. Genet. 29, 375â € "376 (2001).
Lee, EC et al. Volledige humanisering van de muis-immunoglobuline-loci maakt efficiënte ontdekking van therapeutische antilichamen mogelijk. Nat. Biotechnologie. 32, 356â € "363 (2014).
Macdonald, LE et al. Nauwkeurige en in situ genetische humanisatie van 6 Mb immunoglobuline-genen van muizen. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika 111, 5147â € "5152 (2014).
Pansegrau, W. et al. Volledige nucleotidesequentie van Birmingham IncPα-plasmiden - compilatie en vergelijkende analyse. J Mol. Biol. 239, 623â € "663 (1994).
Robertson, WE et al. Aangepaste synthetische genomen maken in Escherichia coli met REXER en GENESIS. Nat. Protoc. https://doi.org/10.1038/s41596-020-00464-3 (2021).
Li, H. Uitlijnen van sequentielezingen, kloonsequenties en contigs van assemblages met BWA-MEM. Voordruk op https://doi.org/10.48550/arXiv.1303.3997 (2013).
Danecek, P. et al. Twaalf jaar SAMtools en BCFtools. Gigawetenschap https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008 (2021).
Ramirez, F. et al. deepTools2: een webserver van de volgende generatie voor deep-sequencing data-analyse. Nucleic Acids Res. 44, W160-W165 (2016).
McKenna, A. et al. De Genome Analysis Toolkit: een MapReduce-framework voor het analyseren van DNA-sequencinggegevens van de volgende generatie. Genoom onderzoek. 20, 1297â € "1303 (2010).
Smolka, M. et al. Uitgebreide detectie van structurele varianten: van mozaïek tot populatieniveau. Voordruk op bioRxiv https://doi.org/10.1101/2022.04.04.487055 (2022).
Cer, RZ et al. Non-B DB v2.0: een database met voorspelde niet-B DNA-vormende motieven en de bijbehorende tools. Nucleic Acids Res. 41, D94-D100 (2013).
Schubert, MG et al. High-throughput functionele variantscreens via in vivo productie van enkelstrengs DNA. Proc. Natl Acad. Sci. Verenigde Staten van Amerika https://doi.org/10.1073/pnas.2018181118 (2021).
- Door SEO aangedreven content en PR-distributie. Word vandaag nog versterkt.
- PlatoData.Network Verticale generatieve AI. Versterk jezelf. Toegang hier.
- PlatoAiStream. Web3-intelligentie. Kennis versterkt. Toegang hier.
- PlatoESG. Automotive / EV's, carbon, CleanTech, Energie, Milieu, Zonne, Afvalbeheer. Toegang hier.
- BlockOffsets. Eigendom voor milieucompensatie moderniseren. Toegang hier.
- Bron: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06268-1
