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전체 길이의 단일 분자 단백질 지문 채취 – Nature Nanotechnology

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  • Aebersold, R.et al. 인간 단백질체는 몇 개나 있나요? Nat. 화학 Biol. 14, 206-214 (2018).

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  • Kim, HK, Pham, MHC, Ko, KS, Rhee, BD & Han, J. 건강과 질병의 대체 접합 이소형. 플뤼게르 아치. 470, 995-1016 (2018).

  • Paronetto, MP, Passacantilli, I. & Sette, C. 대체 접합 및 세포 생존: 조직 항상성에서 질병까지. 세포 사망 차이. 23, 1919-1929 (2016).

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  • Lin, H. & Caroll, KS 소개: 번역 후 단백질 변형. 화학 신부님. 118, 887-888 (2018).

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  • Carbonara, K., Andonovski, M. & Coorssen, JR 프로테옴은 복잡성을 수용하는 원형체입니다. 단백질체 9, 38 (2021).

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  • Benson, MD, Ngo, D., Ganz, P. & Gerszten, RE 높은 처리량의 단백질체학을 위한 새로운 친화성 시약: 신뢰하되 검증하십시오. 순환 140, 1610-1612 (2019).

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  • Yang, Y. et al. 당단백질 분석의 하이브리드 질량분석법 접근법과 생물학적 유사성을 평가하는 데 사용됩니다. Nat. 코뮌. 7, 13397 (2016).

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  • Çaval, T., Tian, ​​W., Yang, Z., Clausen, H. & Heck, AJR 글리코엔지니어링된 에리스로포이에틴 변종의 직접적인 품질 관리. Nat. 코뮌. 9, 3342 (2018).

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  • Siuti, N. & Kelleher, NL 하향식 질량 분석법을 사용하여 단백질 변형을 디코딩합니다. Nat. 행동 양식 410, 817-821 (2007).

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  • Wang, Y., Zhao, Y., Bollas, A., Wang, Y. & Au, KF Nanopore 시퀀싱 기술, 생물정보학 및 응용. Nat. 바이오 테크 놀. 39, 1348-1365 (2021).

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  • Ardui, S., Ameur, A., Vermeesch, JR & Hestand, MS 단일 분자 실시간(SMRT) 시퀀싱의 시대가 왔습니다: 의료 진단을 위한 애플리케이션 및 유틸리티. Nucleic Acids Res. 46, 2159-2168 (2018).

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  • Restrepo-Pérez, L., Joo, C. & Dekker, C. 단일 분자 단백질 서열분석의 길을 열다. Nat. 나노 테크 놀. 13, 786-796 (2018).

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  • 알파로, JA 외. 단일 분자 단백질 서열 분석 기술의 새로운 환경. Nat. 행동 양식 18, 604-617 (2021).

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  • Floyd, BM & Marcotte, EM 단백질 서열 분석, 한 번에 하나의 분자. 안누. Biophys 목사. 51, 181-200 (2022).

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  • Timp, W. & Timp, G. 단백질체학의 다음 단계인 질량 분석법을 뛰어넘습니다. 공상 과학 Adv. 6, eaax8978(2020).

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  • Swaminathan, J., Boulgakov, AA & Marcotte, EM 단일 분자 펩타이드 서열 분석에 대한 이론적 정당성. 플로스컴퓨팅. 바이올. 11, e1004080 (2015).

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  • Rodriques, SG, Marblestone, AH & Boyden, ES 약한 결합 스펙트럼을 통한 단일 분자 단백질 서열 분석의 이론적 분석. PLoS ONE 14, e0212868 (2019).

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  • Yao, Y., Docter, M., Van Ginkel, J., De Ridder, D. & Joo, C. 지문 채취를 통한 단일 분자 단백질 서열 분석: 전산 평가. 물리. Biol. 12, 10-16 (2015).

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  • de Lannoy, CV 외. 단일 분자 단백질 지문 채취를 위한 FRET X 평가. 아이사이언스 24, 103239 (2021).

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  • Yu, L. et al. 나노기공을 통한 전장 단백질의 단방향 단일 파일 수송. Nat. 생명공학. 41, 1130-1139 (2023).

  • 반 Ginkel, J. 외. 단일 분자 펩타이드 지문 채취. Proc. Natl Acad. Sci. 미국 115, 3338-3343 (2018).

  • Swaminathan, J.et al. 젭토몰 규모 혼합물에서 단백질의 고도로 병렬적인 단일 분자 식별. Nat. 바이오 테크 놀. 36, 1076-1082 (2018).

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  • Shrestha, P.et al. DNA 나노스위치 캘리퍼스를 이용한 단일 분자 기계적 지문 채취. Nat. 나노 테크 놀. 16, 1362-1370 (2021).

  • Filius, M., Kim, SH, Severins, I. & Joo, C. DNA 교환을 통한 고해상도 단일 분자 FRET(FRET X). 나노 렛트. 21, 3295-3301 (2021).

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  • Filius, M., van Wee, R. & Joo, C. in 단일 분자 분석: 방법 및 프로토콜 (Heller, I. et al. 편집) 203–213 (Springer, 2024).

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  • Schnitzbauer, J., Strauss, MT, Schlichthaerle, T., Schueder, F. & Jungmann, R. DNA-PAINT를 사용한 초고해상도 현미경. Nat. 프로토 타입 12, 1198-1228 (2017).

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  • Shi, X. et al. 단일 분자 이미징을 위한 알데히드 태그 단백질의 정량적 형광 라벨링. Nat. 행동 양식 9, 499-503 (2012).

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  • Schuler, B. & Hofmann, H. 단백질 접힘 역학의 단일 분자 분광학 - 범위 및 기간 확장. 현재 의견. 구조체 비올. 23, 36-47 (2013).

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  • Yang, X. & Qian, K. 단백질 O-GlcNAc화: 새로운 메커니즘과 기능. Nat. Mol. Cell Biol. 18, 452-465 (2017).

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  • Vellosillo, P. & Minguez, P. 단백질 번역 후 변형 유형과 인간 유전 질환 간의 연관성에 대한 글로벌 지도. 아이사이언스 24, 102917 (2021).

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  • Mauri, T.et al. O-GlcNAc화 예측: 달성되지 않은 목표. 고급 신청 생물정보. 화학. 14, 87-102 (2021).

  • Shi, J., Ruijtenbeek, R. & Pieters, RJ Demystifying O-GlcNAc화: 펩타이드 기질의 힌트. 당생물학 28, 814-824 (2018).

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  • Shen, DL et al. 촉매적 난잡함 O-GlcNAc 전이효소는 2-azido-2-deoxy-glucose를 사용하여 세포질 단백질의 예상치 못한 대사 공학을 가능하게 합니다. ACS 화학. Biol. 12, 206-213 (2017).

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  • Mayer, A., Gloster, TM, Chou, WK, Vocadlo, DJ & Tanner, ME 6'-Azido-6'-deoxy-UDP-N- 글리코실트랜스퍼라제 기질인 아세틸글루코사민. 생물 조직. 메드 화학 레트 사람. 21, 1199-1201 (2011).

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  • Macdonald, JI, Munch, HK, Moore, T. & Francis, MB 2-피리딘카르복시알데히드를 사용한 천연 단백질의 XNUMX단계 부위별 변형. Nat. 화학 Biol. 11, 326-331 (2015).

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  • Wang, S. et al. 염증이 있는 S100A8/A9. 앞. 면역. 9, 1298 (2018).

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  • 비자얀(Vijayan), AL 외. 프로칼시토닌: 패혈증 및 항생제 치료에 대한 유망한 진단 지표입니다. J. 집중치료 5, 51 (2017).

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  • 수석, AW 외. 딥러닝의 잠재력을 활용하여 단백질 구조 예측이 향상되었습니다. 자연 577, 706-710 (2020).

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  • 점퍼, J.et al. AlphaFold를 이용한 매우 정확한 단백질 구조 예측. 자연 596, 583-589 (2021).

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  • Jungmann, R.et al. DNA-PAINT 및 Exchange-PAINT를 사용한 다중화 3D 세포 초해상도 이미징. Nat. 행동 양식 11, 313-318 (2014).

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  • Erickson, HP 침강, 겔 여과 및 전자 현미경을 통해 결정되는 나노미터 수준의 단백질 분자 크기 및 모양. Biol. 진행하세요. 온라인 11, 32-51 (2009).

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  • Ree, R., Varland, S. & Arnesen, T. 단백질 N-말단 아세틸화에 대한 스포트라이트. 특급 몰. 메드. 50, 1-13 (2018).

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  • Bloom, S. et al. 산화 전위를 통한 천연 단백질의 부위 선택적 생체접합을 위한 탈카르복실성 알킬화. Nat. 화학 10, 205-211 (2018).

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  • 라미레즈, DH 외. 근접 지향 엔지니어링 O-선택적 단백질을 위한 GlcNAc 전이효소 O- 세포 내 GlcNAc화. ACS 화학. Biol. 15, 1059-1066 (2020).

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  • van Geel, R.et al. 전 세계적으로 보존된 독성 페이로드의 화학효소적 접합 N- 천연 mAb의 글리칸은 균질하고 매우 효과적인 항체-약물 접합체를 제공합니다. 바이오컨쥬게이트 Chem. 26, 2233-2242 (2015).

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  • Tate, EW, Kalesh, KA, Lanyon-Hogg, T., Storck, EM & Thinon, E. 화학적 단백질체학 기술을 사용한 단백질 지질화의 글로벌 프로파일링. 커 의견. 화학 바이올. 24, 48-57 (2015).

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  • Anderson, NL & Anderson, NG 인간 혈장 프로테옴: 역사, 특성 및 진단 전망. 몰. 셀. 프로테옴. 1, 845-867 (2002).

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  • Kim, SH, Kim, H., Jeong, H. & 윤, TY 단일 분자 FRET를 사용하여 DNA 바코드에 여러 가상 신호를 인코딩합니다. 나노 렛트. 21, 1694-1701 (2021).

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  • McCann, JJ, Choi, UB, Zheng, L., Weninger, K. & Bowen, ME 고정화된 단일 분자에서 절대 FRET 효율을 복구하는 방법을 최적화합니다. 생물 물리학. 제이 99, 961-970 (2010).

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  • 크리스티아니니, N. & 쇼-테일러, J. 지원 벡터 머신 및 기타 커널 기반 학습 방법 소개 (2000 년 캠브리지 대학교 출판부).

  • Pedregosa, F. et al. Scikit-learn: Python의 기계 학습. J. 마하 배우다. 입술 12, 2825-2830 (2011).

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  • Pabst, M.et al. 원핵생물의 단백질 글리코실화를 탐구하는 일반적인 접근법은 아나목스 박테리아의 독특한 표면층 조절을 드러냅니다. ISME J. 16, 346-357 (2022).

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  • Chuh, KN, Zaro, BW, Piller, F., Piller, V. & Pratt, MR 대사 화학 리포터 구조의 변화로 인해 O-GlcNAc 변형. J. Am. Chem. Soc. 136, 12283-12295 (2014).

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