كامرير، سي وآخرون. الآلات الجزيئية الأحادية المحاكاة الحيوية والتقنية. تشيم. بادئة رسالة. 48، 299 – 308 (2019).
فيرينجا، بي إل فن البناء الصغير: من المفاتيح الجزيئية إلى المحركات الجزيئية. J. Org. علم. 72، 6635 – 6652 (2007).
Bath ، J. & Turberfield ، AJ DNA nanomachines. نات. تقنية النانو. 2، 275 – 284 (2007).
Erbas-Cakmak, S., Leigh, DA, McTernan, CT & Nussbaumer, AL الآلات الجزيئية الاصطناعية. كيم. القس 115، 10081 – 10206 (2015).
فنغ، Y. وآخرون. المضخات الجزيئية والمحركات. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 143، 5569 – 5591 (2021).
von Delius، M. & Leigh، DA جزيئات المشي. كيم. Soc. القس 40، 3656 – 3676 (2011).
Chakraborty، K.، Veetil، AT، Jaffrey، SR & Krishnan، Y. الأجهزة النانوية القائمة على الحمض النووي في التصوير البيولوجي. أنو. القس Biochem. 85، 349 – 373 (2016).
كوي، C. وآخرون. يستهدف جهاز الحمض النووي النانوي الذي يستهدف الليزوزوم الخلايا البلعمية بشكل انتقائي لتخفيف الأورام. نات. تقنية النانو. 16، 1394 – 1402 (2021).
ستومر، P. وآخرون. نظام نقل جزيئي أنبوبي اصطناعي. نات. COMMUN. 12، 4393 (2021).
لي، Y. وآخرون. النقل غير المتسرب من طرف إلى طرف للجزيئات الصغيرة من خلال قنوات الحمض النووي النانوية بطول ميكرون. علوم. حال. 8، eabq4834 (2022).
Kamiya، Y. & Asanuma، H. آلة نانوية للحمض النووي تعمل بالضوء مع محرك جزيئي مستجيب للضوء. حسب كيم. الدقة. 47، 1663 – 1672 (2014).
Marras، AE، Zhou، L.، Su، HJ & Castro، CE حركة قابلة للبرمجة لآليات اوريغامي الحمض النووي. بروك. ناتل أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية 112، 713 – 718 (2015).
كودرناك، T. وآخرون. حركة اتجاهية مدفوعة كهربائيًا لجزيء رباعي العجلات على سطح معدني. الطبيعة 479، 208 – 211 (2011).
Ragazzon ، G. ، Baroncini ، M. ، Silvi ، S. ، Venturi ، M. & Credi ، A. حركة جزيئية ذاتية واتجاهية تعمل بالطاقة الضوئية لنظام تجميع ذاتي مشتت. نات. تقنية النانو. 10، 70 – 75 (2015).
إرباس كاكماك، س. وآخرون. المحركات الجزيئية الدوارة والخطية مدفوعة بنبضات الوقود الكيميائي. علوم 358، 340 – 343 (2017).
Amano، S.، Fielden، SDP & Leigh، DA A مضخة جزيئية اصطناعية مدفوعة بالحفز. الطبيعة 594، 529 – 534 (2021).
بوم، حزب العدالة والتنمية وآخرون. محرك سقاطة دوار من نوع DNA اوريغامي. الطبيعة 607، 492 – 498 (2022).
شي، X. وآخرون. دوران مستمر أحادي الاتجاه لدوار الحمض النووي المنظم ذاتيًا على ثقب النانو. نات. فيز. 18، 1105 (2022).
ويلسون، مر وآخرون. محرك جزيء صغير مستقل يعمل بالوقود الكيميائي. الطبيعة 534، 235 – 240 (2016).
بارونسيني، M. وآخرون. صنع وتشغيل الآلات الجزيئية: تحدٍ متعدد التخصصات. الكيمياء: Open 7، 169 – 179 (2018).
Valero، J.، Pal، N.، Dhakal، S.، Walter، NG & Famulok، M. A bio-hybrid DNA rotor-stator nanoengine الذي يتحرك على طول مسارات محددة مسبقًا. نات. تقنية النانو. 13، 496 – 503 (2018).
Poppleton، E.، Mallya، A.، Dey، S.، Joseph، J. & Sulc، P. Nanobase.org: مستودع للهياكل النانوية DNA و RNA. الأحماض النووية الدقة. 50، D246 – D252 (2022).
Zhou، L.، Marras، AE، Su، HJ & Castro، CE DNA origami هياكل نانوية متوافقة مع خصائص ميكانيكية قابلة للضبط. أكس نانو 8، 27 – 34 (2014).
Shi، Z.، Castro، CE & Arya، G. الديناميكيات المطابقة لهياكل الحمض النووي النانوية المتوافقة ميكانيكيًا من محاكاة الديناميكيات الجزيئية الخشنة الحبيبات. أكس نانو 11، 4617 – 4630 (2017).
لوس، جي في وآخرون. HaloTag: تقنية جديدة لوضع العلامات على البروتين لتصوير الخلايا وتحليل البروتين. ACS Chem. بيول. 3، 373 – 382 (2008).
Valero، J. & Famulok، M. تجديد الجسور المحترقة على جهاز المشي DNA DNA. انجيو. تشيم. كثافة العمليات إد. إنجل. 59، 16366 – 16370 (2020).
يو، Z. وآخرون. مشغل خطي للحمض النووي روتاكسان ذاتي التنظيم مدفوع بالطاقة الكيميائية. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 143، 13292 – 13298 (2021).
Scheres، SH RELION: تنفيذ نهج بايزي لتحديد هيكل البرد EM. J. الهيكل. بيول. 180، 519 – 530 (2012).
بيريرا، MJ وآخرون. تكشف جزيئات الريبوزيم VS المفردة عن طي ديناميكي وهرمي نحو الحفز. ج. مول. بيول. 382، 496 – 509 (2008).
Sabanayagam، CR، Eid، JS & Meller، A. استخدام نقل طاقة الرنين الفلوري لقياس المسافات على طول جزيئات الحمض النووي الفردية: التصحيحات الناجمة عن النقل غير المثالي. جيه. كيم. فيز. 122، 061103 (2005).
تشير تأثيرات تركيز Guajardo، R.، Lopez، P.، Dreyfus، M. & Sousa، R. NTP على النسخ الأولي بواسطة T7 RNAP إلى أن الإزاحة تحدث من خلال الانزلاق السلبي وتكشف أن المروجين المتباينين لديهم متطلبات تركيز NTP مميزة للبدء الإنتاجي. ج. مول. بيول. 281، 777 – 792 (1998).
كوه، الموارد البشرية وآخرون. ربط بدء النسخ والتغييرات المطابقة بواسطة بوليميريز RNA أحادي الوحدة مع دقة قريبة من الزوج الأساسي. مول. خلية 70، 695-706 e695 (2018).
Tang، GQ، Roy، R.، Bandwar، RP، Ha، T. & Patel، SS المراقبة في الوقت الحقيقي للانتقال من بدء النسخ إلى استطالة بوليميريز الحمض النووي الريبي (RNA). بروك. ناتل أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية 106، 22175 – 22180 (2009).
Kim، JH & Larson، RG تحليل جزيء واحد للانتشار 1D واستطالة النسخ لبوليميراز T7 RNA على طول جزيئات الحمض النووي الفردية الممتدة. الأحماض النووية الدقة. 35، 3848 – 3858 (2007).
Martin، CT، Muller، DK & Coleman، JE المعالجة في المراحل المبكرة من النسخ بواسطة بوليميريز T7 RNA. كيمياء حيوية 27، 3966 – 3974 (1988).
Lee، S.، Nguyen، HM & Kang، C. تمارس نصوص البدء الفاشلة الصغيرة نشاطًا مضادًا للإنهاء على فاصل جوهري يعتمد على دبوس الشعر RNA. الأحماض النووية الدقة. 38، 6045 – 6053 (2010).
هندرسون، كوالالمبور وآخرون. بوليميريز الحمض النووي الريبي: حركية خطوة بخطوة وآلية بدء النسخ. كيمياء حيوية 58، 2339 – 2352 (2019).
Revyakin، A.، Liu، C.، Ebright، RH & Strick، TR البدء المجهض والبدء الإنتاجي بواسطة بوليميريز الحمض النووي الريبي (RNA) يتضمن طحن الحمض النووي. علوم 314، 1139 – 1143 (2006).
Shen، H. & Kang، C. اتصال موقعي لنصوص ممدودة إلى بوليميريز T7 RNA في مناطق الطرف C. J. بيول. الكيميائي. 276، 4080 – 4084 (2001).
Ouldridge، TE، Louis، AA & Doye، JPK الخصائص الهيكلية والميكانيكية والديناميكية الحرارية لنموذج الحمض النووي الخشن الحبيبات. جيه. كيم. فيز. 134، 085101 (2011).
Rovigatti، L.، Sulc، P.، Reguly، IZ & Romano، F. مقارنة بين طرق التوازي في محاكاة الديناميكيات الجزيئية على وحدات معالجة الرسومات. J. كومبوت. تشيم. 36، 1 – 8 (2015).
سنودين، بي وآخرون. إدخال الخصائص الهيكلية المحسنة والاعتماد على الملح في نموذج الحبيبات الخشنة للحمض النووي. جيه. كيم. فيز. 142، 234901 (2015).
سولك، P. وآخرون. الديناميكا الحرارية المعتمدة على التسلسل لنموذج الحمض النووي الخشن الحبيبات. جيه. كيم. فيز. https://doi.org/10.1063/1.4754132 (2012).
ثومين، P. وآخرون. تمت دراسة بوليميريز T7 RNA بواسطة قياسات القوة التي تختلف في تركيز العامل المساعد. Biophys. J. 95، 2423 – 2433 (2008).
Durniak، KJ، Bailey، S. & Steitz، TA هيكل بوليميريز T7 RNA أثناء الانتقال من البدء إلى الاستطالة. علوم 322، 553 (2008).
Ramezani، H. & Dietz، H. بناء آلات باستخدام جزيئات الحمض النووي. نات. القس جينيت. 21، 5 – 26 (2020).
Yoon، J.، Eyster، TW، Misra، AC & Lahann، J. يحركها عضلة القلب في الأسطوانات الدقيقة الهجينة الحيوية. حال. الأم. 27، 4509 – 4515 (2015).
ساجارا، Y. وآخرون. الروتاكسان كمحولات قوة الفلورسنت الميكانيكية في البوليمرات. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 140، 1584 – 1587 (2018).
تشن، S. وآخرون. تعمل المكوكات الجزيئية الاصطناعية في طبقات ثنائية من الدهون لنقل الأيونات. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 140، 17992 – 17998 (2018).
DeLuca, M., Shi, Z., Castro, CE & Arya, G. تكنولوجيا النانو الديناميكية للحمض النووي: نحو الأجهزة الوظيفية النانوية. نانو مقياس الأفق. 5، 182 – 201 (2020).
Gerling، T.، Wagenbauer، KF، Neuner، AM & Dietz، H. أجهزة وتجميعات DNA الديناميكية المكونة من مكونات ثلاثية الأبعاد مكملة للشكل وغير متزاوجة. علوم 347، 1446 – 1452 (2015).
سكوجور، M. وآخرون. مشاية الحمض النووي غير المستقلة ذاتيًا والتي يتم التحكم فيها ضوئيًا. انجيو. تشيم. كثافة العمليات إد. إنجل. 58، 6948 – 6951 (2019).
وانغ، S. وآخرون. إعادة التشكيل العكسي الناجم عن الضوء للشبكات الديناميكية الدستورية القائمة على الحمض النووي: التطبيق على الحفز القابل للتحويل. انجيو. تشيم. كثافة العمليات إد. إنجل. 57، 8105 – 8109 (2018).
Asanuma، H.، Ito، T.، Yoshida، T.، Liang، X. & Komiyama، M. Photoregulation of theformation and dissociation of DNA duplex باستخدام رابطة الدول المستقلة-عبر ايزومرة الآزوبنزين. انجيو. تشيم. كثافة العمليات إد. إنجل. 38، 2393 – 2395 (1999).
Liu، M.، Asanuma، H. & Komiyama، M. Azobenzene-tethered T7 مروج للتنظيم الضوئي الفعال للنسخ. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 128، 1009 – 1015 (2006).
Roy، R.، Hohng، S. & Ha، T. دليل عملي لجزيء واحد FRET. نات. أساليب 5، 507 – 516 (2008).
تشاندرادوس، SD وآخرون. التخميل السطحي لدراسات البروتين أحادي الجزيء. ياء فيس. إكسب. https://doi.org/10.3791/50549 (2014).
Ouldridge، TE، Sulc، P.، Romano، F.، Doye، JPK & Louis، AA حركية تهجين الحمض النووي: السحاب والنزوح الداخلي والاعتماد على التسلسل. الأحماض النووية الدقة. 41، 8886 – 8895 (2013).
سنودين، بيك وآخرون. محاكاة مباشرة للتجميع الذاتي لأوريغامي الحمض النووي الصغير. Acs نانو 10، 1724 – 1737 (2016).
دوغلاس ، إس إم وآخرون. النماذج الأولية السريعة لأشكال DNA-Origami ثلاثية الأبعاد باستخدام caDNAno. الأحماض النووية الدقة. 37، 5001 – 5006 (2009).
سوما، A. وآخرون. TacoxDNA: خادم ويب سهل الاستخدام لمحاكاة هياكل الحمض النووي المعقدة، بدءًا من الخيوط الفردية وحتى الأوريجامي. J. كومبوت. تشيم. 40، 2586 – 2595 (2019).
بوهلين، J. وآخرون. تصميم ومحاكاة البنى النانوية للحمض النووي والبروتين الهجين مع oxView. نات. Protoc. 17، 1762 – 1788 (2022).
بوبلتون، E. وآخرون. تصميم وتحسين وتحليل الهياكل النانوية الكبيرة للحمض النووي الريبي (DNA) والحمض النووي الريبي (RNA) من خلال التصور التفاعلي والتحرير والمحاكاة الجزيئية. نوكل. الدقة الأحماض. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa417 2020
دوي، جبك وآخرون. نموذج الحبيبات الخشنة oxDNA كأداة لمحاكاة اوريغامي الحمض النووي. طرق مول. بيول. 2639، 93 – 112 (2023).
Skinner، GM، Kalafut، BS & Visscher، K. ينظم توتر DNA المصب استقرار مجمع بدء بوليميريز T7 RNA. Biophys. J. 100، 1034 – 1041 (2011).
Kimanius، D.، Dong، L.، Sharov، G.، Nakane، T. & Scheres، SHW أدوات جديدة لتحليل الجسيمات الفردية الآلي لـ cryo-EM في RELION-4.0. بيوتشيم. ج. 478، 4169 – 4185 (2021).
Kremer، JR، Mastronarde، DN & McIntosh، JR تصور الكمبيوتر لبيانات الصورة ثلاثية الأبعاد باستخدام IMOD. J. الهيكل. بيول. 116، 71 – 76 (1996).
Mindell، JA & Grigorieff، N. تحديد دقيق لإزالة التركيز المحلي وإمالة العينة في المجهر الإلكتروني. J. الهيكل. بيول. 142، 334 – 347 (2003).
Rohou، A. & Grigorieff، N. CTFFIND4: تقدير سريع ودقيق لإزالة التركيز من الصور المجهرية الإلكترونية. J. الهيكل. بيول. 192، 216 – 221 (2015).
Schindelin، J. et al. فيجي: منصة مفتوحة المصدر لتحليل الصور البيولوجية. نات. أساليب 9، 676 – 682 (2012).
Vester، B. & Wengel، J. LNA (الحمض النووي المقفل): استهداف عالي التقارب للحمض النووي الريبي (RNA) والحمض النووي (DNA) التكميلي. كيمياء حيوية 43، 13233 – 13241 (2004).
- محتوى مدعوم من تحسين محركات البحث وتوزيع العلاقات العامة. تضخيم اليوم.
- PlatoData.Network Vertical Generative Ai. تمكين نفسك. الوصول هنا.
- أفلاطونايستريم. ذكاء Web3. تضخيم المعرفة. الوصول هنا.
- أفلاطون كربون، كلينتك ، الطاقة، بيئة، شمسي، إدارة المخلفات. الوصول هنا.
- أفلاطون هيلث. التكنولوجيا الحيوية وذكاء التجارب السريرية. الوصول هنا.
- المصدر https://www.nature.com/articles/s41565-023-01516-x
