إيبرسولد، R. وآخرون. كم عدد الأشكال البروتينية البشرية الموجودة؟ نات. علم. بيول. 14، 206 – 214 (2018).
Kim، HK، Pham، MHC، Ko، KS، Rhee، BD & Han، J. الأشكال الإسوية للربط البديل في الصحة والمرض. بفلوقوس جيرس. 470، 995 – 1016 (2018).
Paronetto، MP، Passacantilli، I. & Sette، C. الربط البديل وبقاء الخلية: من توازن الأنسجة إلى المرض. يختلف موت الخلية. 23، 1919 – 1929 (2016).
Lin، H. & Carol، KS مقدمة: تعديل البروتين بعد الترجمة. كيم. القس 118، 887 – 888 (2018).
Carbonara، K.، Andonovski، M. & Coorssen، JR البروتينات هي من الأشكال البروتينية: تحتضن التعقيد. البروتينات 9، 38 (2021).
Benson، MD، Ngo، D.، Ganz، P. & Gerszten، RE كواشف التقارب الناشئة للبروتينات عالية الإنتاجية: الثقة، ولكن تحقق. تداول 140، 1610 – 1612 (2019).
يانغ، Y. وآخرون. أساليب قياس الطيف الكتلي الهجين في تحليل البروتين السكري واستخدامها في تسجيل التشابه الحيوي. نات. COMMUN. 7، 13397 (2016).
Čaval، T.، Tian، W.، Yang، Z.، Clausen، H. & Heck، AJR التحكم المباشر في الجودة لمتغيرات الإريثروبويتين المهندسة سكريًا. نات. COMMUN. 9، 3342 (2018).
Siuti، N. & Kelleher، NL فك تعديلات البروتين باستخدام قياس الطيف الكتلي من أعلى إلى أسفل. نات. أساليب 410، 817 – 821 (2007).
Wang، Y.، Zhao، Y.، Bollas، A.، Wang، Y. & Au، KF Nanopore تكنولوجيا التسلسل والمعلوماتية الحيوية والتطبيقات. نات. البيوتكنول. 39، 1348 – 1365 (2021).
Ardui، S.، Ameur، A.، Vermeesch، JR & Hestand، MS التسلسل في الوقت الحقيقي لجزيء واحد (SMRT) يأتي في سن الرشد: التطبيقات والمرافق للتشخيص الطبي. الأحماض النووية الدقة. 46، 2159 – 2168 (2018).
Restrepo-Pérez، L.، Joo، C. & Dekker، C. يمهد الطريق لتسلسل البروتين أحادي الجزيء. نات. تقنية النانو. 13، 786 – 796 (2018).
ألفارو، جا وآخرون. المشهد الناشئ لتقنيات تسلسل البروتين أحادي الجزيء. نات. أساليب 18، 604 – 617 (2021).
فلويد، بي إم وماركوت، تسلسل البروتين EM، جزيء واحد في كل مرة. Annu. القس بيوفيس. 51، 181 – 200 (2022).
Timp، W. & Timp، G. ما وراء قياس الطيف الكتلي، الخطوة التالية في علم البروتينات. علوم. حال. 6، eaax8978 (2020).
Swaminathan، J.، Boulgakov، AA & Marcotte، EM مبرر نظري لتسلسل الببتيد لجزيء واحد. PLoS Comput. بيول. 11و e1004080 (2015).
Rodriques، SG، Marblestone، AH & Boyden، ES تحليل نظري لتسلسل بروتين جزيء واحد عبر أطياف الارتباط الضعيفة. بلوس ONE 14و e0212868 (2019).
Yao، Y.، Docter، M.، Van Ginkel، J.، De Ridder، D. & Joo، C. تسلسل البروتين أحادي الجزيء من خلال البصمات: التقييم الحسابي. فيز. بيول. 12، 10 – 16 (2015).
دي لانوي، السيرة الذاتية وآخرون. تقييم FRET X لبصمات البروتين أحادي الجزيء. iScience 24، 103239 (2021).
يو، L. وآخرون. نقل ملف واحد أحادي الاتجاه للبروتينات كاملة الطول من خلال ثقب النانو. نات. التكنولوجيا الحيوية. 41، 1130 – 1139 (2023).
فان جينكل، J. وآخرون. بصمة الببتيد أحادية الجزيء. بروك. ناتل أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية 115، 3338 – 3343 (2018).
سواميناثان، J. وآخرون. تحديد جزيء واحد متوازي للغاية للبروتينات في مخاليط مقياس الزيبتومول. نات. البيوتكنول. 36، 1076 – 1082 (2018).
شريستا، P. وآخرون. البصمات الميكانيكية لجزيء واحد مع الفرجار DNA nanoswitch. نات. تقنية النانو. 16، 1362 – 1370 (2021).
Filius، M.، Kim، SH، Severins، I. & Joo، C. جزيء واحد عالي الدقة FRET عبر تبادل الحمض النووي (FRET X). نانو ليت. 21، 3295 – 3301 (2021).
فيليوس، إم، فان وي، آر. & جو، سي. إن تحليل جزيء واحد: الطرق والبروتوكولات (محرران هيلر، آي وآخرون) 203-213 (سبرينغر، 2024).
Van Wee، R.، Filius، M. & Joo، C. إكمال اللوحة القماشية: التطورات والتحديات التي تواجه التصوير فائق الدقة DNA-PAINT. اتجاهات Biochem. علوم. 11، 918 – 930 (2021).
Schnitzbauer، J.، Strauss، MT، Schlichthaerle، T.، Schueder، F. & Jungmann، R. Super-Resolution Microscopy with DNA-PAINT. نات. Protoc. 12، 1198 – 1228 (2017).
شي، X. وآخرون. وضع العلامات مضان الكمي للبروتينات الموسومة بالألدهيد لتصوير جزيء واحد. نات. أساليب 9، 499 – 503 (2012).
Schuler، B. & Hofmann، H. التحليل الطيفي لجزيء واحد لديناميات طي البروتين - توسيع النطاق والجداول الزمنية. Curr. الرأي. الهيكل. بيول. 23، 36 – 47 (2013).
يانغ، إكس. وتشيان، ك. بروتين O-GlcNAcylation: الآليات والوظائف الناشئة. نات. القس مول. خلية بيول. 18، 452 – 465 (2017).
Vellosillo، P. & Minguez، P. خريطة عالمية للارتباطات بين أنواع تعديلات ما بعد الترجمة البروتينية والأمراض الوراثية البشرية. iScience 24، 102917 (2021).
موري، T. وآخرون. O- التنبؤ بـ GlcNAcylation: هدف لم يتحقق. حال. تطبيق. المعلومات الحيوية. الكيمياء. 14، 87 – 102 (2021).
شي، جيه، رويجتنبيك، آر وبيترز، آر جيه إزالة الغموض O-GlcNAcylation: تلميحات من ركائز الببتيد. بيولوجيا السكر 28، 814 – 824 (2018).
شين، دل وآخرون. الاختلاط التحفيزي ل O- يُمكّن ترانسفيراز GlcNAc من إجراء هندسة استقلابية غير متوقعة للبروتينات السيتوبلازمية مع 2-أزيدو-2-ديوكسي جلوكوز. ACS Chem. بيول. 12، 206 – 213 (2017).
ماير، أ.، جلوستر، تي إم، تشو، دبليو كيه، فوكادلو، دي جي آند تانر، إم إي 6′-أزيدو-6′-ديوكسي-UDP-N- أسيتيل الجلوكوزامين كركيزة ناقلة الجليكوزيل. Bioorg. ميد. كيم. بادئة رسالة. 21، 1199 – 1201 (2011).
Macdonald، JI، Munch، HK، Moore، T. & Francis، MB تعديل خاص بالموقع بخطوة واحدة للبروتينات الأصلية مع 2-بيريدين كربوكسي ألدهيد. نات. علم. بيول. 11، 326 – 331 (2015).
وانغ، S. وآخرون. S100A8/A9 في الالتهاب. أمامي. Immunol. 9، 1298 (2018).
فيجايان، آل وآخرون. البروكالسيتونين: علامة تشخيصية واعدة للإنتان والعلاج بالمضادات الحيوية. ي. العناية المركزة 5، 51 (2017).
كبار، AW وآخرون. تحسين التنبؤ ببنية البروتين باستخدام إمكانات التعلم العميق. الطبيعة 577، 706 – 710 (2020).
الطائر، J. وآخرون. تنبؤ دقيق للغاية ببنية البروتين باستخدام AlphaFold. الطبيعة 596، 583 – 589 (2021).
جونغمان، R. وآخرون. تصوير خلوي ثلاثي الأبعاد فائق الدقة مع DNA-PAINT وExchange-PAINT. نات. أساليب 11، 313 – 318 (2014).
Erickson، HP حجم وشكل جزيئات البروتين على مستوى النانومتر المحدد بواسطة الترسيب ، والترشيح الهلامي ، والفحص المجهري الإلكتروني. بيول. إجراء. متصل 11، 32 – 51 (2009).
Ree، R.، Varland، S. & Arnesen، T. تسليط الضوء على أستلة البروتين N- الطرفي. إكسب. مول. ميد. 50، 1 – 13 (2018).
بلوم، S. وآخرون. الألكلة النازعة للكربوكسيل من أجل الاقتران الحيوي الانتقائي للموقع للبروتينات الأصلية عبر إمكانات الأكسدة. نات. كيم. 10، 205 – 211 (2018).
راميريز، DH وآخرون. هندسة القرب الموجه O-GlcNAc ترانسفيراز للبروتين الانتقائي O-GlcNAcylation في الخلايا. ACS Chem. بيول. 15، 1059 – 1066 (2020).
Yang، Y.-Y.، Ascano، JM & Hang، HC مراسلو المواد الكيميائية الحيوية المتعامدة لرصد أستلة البروتين. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 132، 3640 – 3641 (2010).
Westcott، NP، Fernandez، JP، Molina، H. & Hang، HC تكشف البروتينات الكيميائية عن ADP-ribosylation لـ GTPases الصغيرة أثناء الإجهاد التأكسدي. نات. علم. بيول. 13، 302 – 308 (2017).
Rabuka، D.، Hubbard، SC، Laughlin، ST، Argade، SP & Bertozzi، CR استراتيجية مراسل كيميائي لاستكشاف ارتباط البروتين السكري بالفوكوز. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 128، 12078 – 12079 (2006).
بوجيمان، E. وآخرون. التعرف المباشر على بقايا GlcNAc غير المخفضة N-جليكانات البروتينات السكرية باستخدام طريقة إنزيمية كيميائية جديدة. علم الاقتران الحيوي. 18، 806 – 814 (2007).
فان جيل، R. وآخرون. الاقتران الكيميائي الأنزيمي للحمولات السامة إلى المحفوظة عالميًا N- يوفر الجليكان الموجود في mAbs الأصلي اتحادات متجانسة وفعالة للغاية بين الأجسام المضادة والأدوية. علم الاقتران الحيوي. 26، 2233 – 2242 (2015).
Tate، EW، Kalesh، KA، Lanyon-Hogg، T.، Storck، EM & Thinon، E. التنميط العالمي للدهون البروتينية باستخدام التقنيات البروتينية الكيميائية. بالعملة. رأي. تشيم. بيول. 24، 48 – 57 (2015).
Anderson، NL & Anderson، NG بروتين البلازما البشرية: التاريخ والشخصية وآفاق التشخيص. مول. خلية. بروتيوم. 1، 845 – 867 (2002).
Han، X.، Aslanian، A. & Yates، JR قياس الطيف الكتلي للبروتينات. بالعملة. رأي. تشيم. بيول. 12، 483 – 490 (2008).
فيليوس، M. وآخرون. تصوير فائق الدقة عالي السرعة باستخدام DNA-PAINT بمساعدة البروتين. نانو ليت. 20، 2264 – 2270 (2020).
Kim، SH، Kim، H.، Jeong، H. & Yoon، TY تشفير الإشارات الافتراضية المتعددة في باركود الحمض النووي باستخدام جزيء واحد FRET. نانو ليت. 21، 1694 – 1701 (2021).
McCann، JJ، Choi، UB، Zheng، L.، Weninger، K. & Bowen، ME تحسين الطرق لاستعادة كفاءة FRET المطلقة من الجزيئات المفردة المجمدة. Biophys. J. 99، 961 – 970 (2010).
كريستيانيني، ن. وشاو تايلور، ج. مقدمة لدعم الأجهزة المتجهة وطرق التعلم الأخرى المعتمدة على Kernel (مطبعة جامعة كامبريدج ، 2000).
Pedregosa، F. et al. Scikit-Learn: التعلم الآلي في Python. J. ماخ. يتعلم. الدقة. 12، 2825 – 2830 (2011).
بابست، M. وآخرون. يكشف النهج العام لاستكشاف غليكوزيل البروتين بدائيات النواة عن تعديل الطبقة السطحية الفريد لبكتيريا أناموكس. إيسمي ج. 16، 346 – 357 (2022).
Chuh، KN، Zaro، BW، Piller، F.، Piller، V. & Pratt، MR التغييرات في بنية المراسل الكيميائي الأيضي تؤدي إلى تحقيق انتقائي لـ O-تعديل GlcNAc. جيه ام علم. شركة نفط الجنوب. 136، 12283 – 12295 (2014).
- محتوى مدعوم من تحسين محركات البحث وتوزيع العلاقات العامة. تضخيم اليوم.
- PlatoData.Network Vertical Generative Ai. تمكين نفسك. الوصول هنا.
- أفلاطونايستريم. ذكاء Web3. تضخيم المعرفة. الوصول هنا.
- أفلاطون كربون، كلينتك ، الطاقة، بيئة، شمسي، إدارة المخلفات. الوصول هنا.
- أفلاطون هيلث. التكنولوجيا الحيوية وذكاء التجارب السريرية. الوصول هنا.
- المصدر https://www.nature.com/articles/s41565-023-01598-7
