Atanasov, AG ve ark. Farmakolojik olarak aktif bitki kaynaklı doğal ürünlerin keşfi ve yeniden tedariği: Bir inceleme. Biotechnol. Gelişmiş. 33, 1582 – 1614 (2015).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Swamy, MK ve ark. Kamptotesin üretiminin biyoteknolojisi Nothapodytes nimmoniana, Ophiorrhiza sp. Ve Camptotheca acuminata. Uygulama Mikrobiyol. Biyoteknoloji. 105, 9089 – 9102 (2021).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Mohinudeen, IAHK, Pandey, S., Kanniyappan, H., Muthuvijayan, V. & Srivastava, S. Kamptotesin üreten endofitlerin taranması ve seçilmesi Nothapodytes nimmoniana. Sci. Cum. 11, 11205 (2021).

makale  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Almeida, A., Fernandes, E., Sarmento, B. ve Lúcio, M. Kamptotesin biyolojik dağılımının biyofiziksel bir anlayışı: Farmakokinetik konularının moleküler anlaşılmasına doğru. eczacılık 13, 869 (2021).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Nguyen, T.-AM ve ark. Antikanser kamptotesin analoglarının kemoenzimatik sentezi ve çeşitlendirilmesi için oksidatif enzimlerin keşfedilmesi ve kullanılması. Komün. Kimya 4, 1 – 7 (2021).

makale  Google Scholar 

Shrivastava, V., Sharma, N., Shrivastava, V. & Sharma, A. Kamptotesin üreten şifalı bitki hakkında inceleme: Nothapodytes nimmoniana. Biyomed. Farmakol. J. 14, 1799 – 1813 (2021).

makale  CAS  Google Scholar 

Venugopalan, A. & Srivastava, S. Endophytes, yüksek değerli bitki sekonder metabolitlerinin in vitro üretim platformları olarak. Biotechnol. Gelişmiş. 33, 873 – 887 (2015).

makale  PubMed  Google Scholar 

Narayani, M., Chadha, A. ve Srivastava, S. Hint şifalı bitki viola odorata'dan (Banafsha) Cyclotides: Tanımlama ve karakterizasyon. J. Nat. Üretim 80, 1972 – 1980 (2017).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Kharissova, OV, Kharisov, BI, Oliva González, CM, Méndez, YP & López, I. Kimyasal bileşiklerin ve malzemelerin daha yeşil sentezi. R. Soc. Sci açın. 6, 191378 (2019).

makale  ADS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Li, S., Li, Y. ve Smolke, CD Yüksek değerli fitokimyasalların mikrobiyal sentezi için stratejiler. Nat. Kimya 10, 395 – 404 (2018).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Mohinudeen, IAHK ve ark. Alternaria sp.'den sürdürülebilir kamptotesin üretimi. izole edilmiş Nothapodytes nimmoniana. Sci. Cum. 11, 1478 (2021).

makale  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Ludwig-Müller, J. Bitkiler ve endofitler: İkincil metabolit üretiminde eşit ortaklar?. Biyoteknoloji. Lett. 37, 1325 – 1334 (2015).

makale  PubMed  Google Scholar 

Kusari, S., Košuth, J., Čellárová, E. & Spiteller, M. Endofitik Fusarium solani'nin yerli kamptotesin biyosentezine karşı hayatta kalma stratejileri. Mantar Ekol. 4, 219 – 223 (2011).

makale  Google Scholar 

Bielecka, M., Pencakowski, B. ve Nicoletti, R. Bitki biyoaktif metabolitlerinin sentezinde endofitik mantarlardaki genetik yolları keşfetmek için yeni nesil sıralama teknolojisinin kullanılması. Tarım 12, 187 (2022).

makale  CAS  Google Scholar 

Kusari, S., Zühlke, S. & Spiteller, M. Endofitik bir mantar Camptotheca acuminata kamptotesin ve analogları üretir. J. Nat. Üretim 72, 2 – 7 (2009).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Xiang, P. ve ark. Kamptotesin üreten endofitik mantar Trichoderma atroviride LY357: Kamptotesin üretimi için izolasyon, tanımlama ve fermantasyon koşullarının optimizasyonu. Uygulama Mikrobiyol. Biyoteknoloji. 97, 9365 – 9375 (2013).

makale  Google Scholar 

Degambada, KD, Kumara, PAASP, Salim, N., Abeysekera, AM & Chandrika, UG Diaporthe sp F18; kamptotesin üreten endofitik mantarların yeni bir kaynağı Nothapodytes nimmoniana Sri Lanka'da büyüyor. Nat. Üretim Res. 0, 1 – 6 (2021).

Google Scholar 

Feng, J. ve ark. Mantar misellerinden genomik DNA'nın çıkarılması için ucuz bir yöntem. Olabilmek. J. Bitki Patol. 32, 396 – 401 (2010).

makale  CAS  Google Scholar 

Babraham Bioinformatics: FastQC Yüksek Verimli Dizi Verileri için bir Kalite Kontrol aracı. https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/.

Bolger, AM, Lohse, M. & Usadel, B. Trimmomatic: Illumina sekans verileri için esnek bir düzeltici. Biyoinforma. Oxf. İngilizce 30, 2114 – 2120 (2014).

makale  CAS  Google Scholar 

Prjibelski, A., Antipov, D., Meleshko, D., Lapidus, A. & Korobeynikov, A. SPAdes de novo assembler'ı kullanma. Curr. Protokol. Biyoinforma. 70, e102 (2020).

makale  CAS  Google Scholar 

Gurevich, A., Saveliev, V., Vyahhi, N. & Tesler, G. QUAST: Genom derlemeleri için kalite değerlendirme aracı. Biyoinforma. Oxf. İngilizce 29, 1072 – 1075 (2013).

makale  CAS  Google Scholar 

Pucker, B. ve ark. Arabidopsis thaliana katılımı niederzenz-1'in de novo genom dizisi düzeneği, varlık/yokluk varyasyonunu ve güçlü sentezi gösterir. PLoS ONE 11, e0164321 (2016).

makale  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Dang, H., Pryor, B., Peever, T. & Lawrence, C. Alternaria genom veri tabanı: Saprofitlerden, bitki patojenlerinden ve alerjenik türlerden oluşan bir mantar cinsi için kapsamlı bir kaynak. BMC Genomik 16, 1 – 9 (2015).

makale  CAS  Google Scholar 

Mesny, F. ve ark. Arabidopsis kökü mikobiyomunda endofitizmin genetik belirleyicileri. Nat. Commun. 12, 7227 (2021).

makale  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Zeiner, CA ve ark. Manganez (II) oksitleyici ascomycete mantarlarının sekretome profillerinin karşılaştırmalı analizi. PLoS ONE 11, e0157844 (2016).

makale  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Brůna, T., Hoff, KJ, Lomsadze, A., Stanke, M. & Borodovsky, M. BRAKER2: bir protein veritabanı tarafından desteklenen GeneMark-EP+ ve AUGUSTUS ile otomatik ökaryotik genom açıklaması. NAR Genomik Biyoinform. 3, lqaa108 (2021).

makale  Google Scholar 

Gabriel, L., Hoff, KJ, Brůna, T., Borodovsky, M. & Stanke, M. TSEBRA: BRAKER için transkript seçici. BMC Biyoinform. 22, 566 (2021).

makale  CAS  Google Scholar 

Manni, M., Berkeley, MR, Seppey, M., Simão, FA & Zdobnov, EM BUSCO güncellemesi: Ökaryotik, prokaryotik ve viral genomların puanlanması için daha geniş ve daha derin filogenetik kapsamın yanı sıra yeni ve kolaylaştırılmış iş akışları. Mol. Biol. Evrim. 38, 4647 – 4654 (2021).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Jones, P. ve ark. InterProScan 5: Genom ölçeğinde protein fonksiyon sınıflandırması. Biyoinforma. Oxf. İngilizce 30, 1236 – 1240 (2014).

makale  CAS  Google Scholar 

Göz kırpmak. ve ark. AntiSMASH 6.0: Küme algılama ve karşılaştırma yeteneklerinin iyileştirilmesi. Nükleik Asitler Arş. 49, W29–W35 (2021).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Zhao, D. ve ark. Kanser karşıtı bileşik kamptotesinin doğal bir kaynağı olan Camptotheca acuminata'nın de novo genom topluluğu. GigaBilim 6, gix065 (2017).

makale  Google Scholar 

Daha doğrusu GA ve ark. De novo transkriptom analizleri, Nothapodytes nimmoniana (Graham) Mabb'da kamptotesinin biyosentezi ve düzenlenmesinde yer alan varsayılan yol genlerini ortaya koymaktadır. Bitki Mol. Biol. 96, 197 – 215 (2018).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Rai, A. ve ark. Kromozom düzeyinde genom birleşimi Ophiorrhiza pumila Kamptotesin biyosentezinin evrimini ortaya koyuyor. Nat. Commun. 12, 405 (2021).

makale  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Kellner, F. ve ark. Bitkisel doğal ürün biyosentezinin genom rehberliğinde araştırılması. Bitki J. Hücre Mol. Biyol. 82, 680 – 692 (2015).

makale  CAS  Google Scholar 

Emms, D. ve Kelly, S. OrthoFinder2: Gen Dizilerinden Hızlı ve Doğru Filogenomik Ortoloji Analizi. (2018). https://doi.org/10.1101/466201

Lallemand, T., Leduc, M., Landès, C., Rizzon, C. & Lerat, E. Kopyalanmış gen tespit yöntemlerine genel bakış: Seçimlerinde kopyalama mekanizmasının neden hesaba katılması gerekiyor. Genler 11, 1046 (2020).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Tang, H. ve ark. tanghaibao/jcvi: JCVI v0.7.5. (2017) https://doi.org/10.5281/zenodo.846919

Katoh, K. & Standley, DM MAFFT çoklu dizi hizalama yazılımı sürüm 7: Performans ve kullanılabilirlikteki iyileştirmeler. Mol. Biol. Evrim. 30, 772 – 780 (2013).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Sadr, R. ve ark. Alkaloid biyosentezinde metabolit çeşitliliği: Kamptotesin sentezi için çok şeritli (Diastereomer) bir otoyol Camptotheca acuminata. Bitki hücresi 28, 1926 – 1944 (2016).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Kusari, S., Hertweck, C. ve Spiteller, M. Endofitik mantarların kimyasal ekolojisi: İkincil metabolitlerin kökenleri. Kimya Biol. 19, 792 – 798 (2012).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Pu, X. ve ark. Kamptotesin üreten bitkilerdeki metabolitlerden kamptotesin biyosentezi için olası ipuçları. Fitoterapi 134, 113 – 128 (2019).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Yang, M. ve ark. Farklı kamptotesin biyosentetik yolu Ophiorrhiza pumila. BMC Biol. 19, 1 – 16 (2021).

makale  CAS  Google Scholar 

Ding, X., Liu, K., Zhang, Y. ve Liu, FD novo transkriptom düzeneği ve 10-hidroksikamptotesin üreten Xylaria sp.'nin karakterizasyonu. Salisilik asit muamelesinden sonra M71. J. Mikrobiyol. 55, 871 – 876 (2017).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Sirikantaramas, S., Yamazaki, M. ve Saito, K. Bitkilerde antikanser alkaloid kamptotesinin üretimi ile birlikte gelişen bir kendi kendine direnç mekanizması olarak topoizomeraz I'deki mutasyonlar. Proc. Natl. Acad. Sci. 105, 6782 – 6786 (2008).

makale  ADS  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Bahisçi, BL ve ark. İnsan topoizomeraz I-DNA kovalent kompleksine bağlı üç sınıf antikanser ajanının yapıları. J. Med. Kimya 48, 2336 – 2345 (2005).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Fujimori, A., Harker, WG, Kohlhagen, G., Hoki, Y. & Pommier, Y. Kamptotesine dirençli bir insan lösemi hücre dizisi olan CEM/C2'de topoizomeraz I'in katalitik bölgesindeki mutasyon. Kanser Res. 55, 1339 – 1346 (1995).

CAS  PubMed  Google Scholar 

Collemare, J. ve Lebrun, M.-H. Mantar ikincil metabolitleri: Bitki-mikrop etkileşimlerinde eski toksinler ve yeni efektörler. içinde Bitki-Mikrop Etkileşimlerinde Efektörler 377–400 (John Wiley & Sons, Ltd, 2011). https://doi.org/10.1002/9781119949138.ch15.

Manjunatha, BL ve ark. Nothapodytes nimmoniana (Graham) Mabb'ın kök ağacının transkriptom analizi. anti-kanserojen bir molekül olan kamptotesinin biyosenteziyle ilişkili genleri tanımlar. J. Biosci. 41, 119 – 131 (2016).

makale  CAS  PubMed  Google Scholar 

Heinig, U., Scholz, S. ve Jennewein, S. Mantarlarla Taxol biyosentezinin temeline inmek. Mantar Dalgıçları. 60, 161 – 170 (2013).

makale  Google Scholar 

Yang, Y. ve ark. Paklitaksel üreten endofitik mantarın genom dizilimi ve analizi Penicillium aurantiogriseum 62431. BMC Genomik 15, 69 (2014).

makale  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Xu, Z. ve ark. Tandem gen kopyaları, bitkilerde kafein ve krosin biyosentetik yollarının farklı evrimine neden olur. BMC Biol. 18, 63 (2020).

makale  CAS  PubMed  PubMed Central  Google Scholar 

Shweta, S. ve ark. Konakçı bitki tarafından üretilen kamptotesin tarafından mantar endofitlerinin inhibisyonu, Nothapodytes nimmoniana (Graham) Mabb. (Icacinaceae). Curr. bilim 107, 994 – 1000 (2014).

CAS  Google Scholar