Aebersold, R. ve diğerleri. Kaç tane insan proteoformu var? Nat. Chem. Biol. 14, 206 – 214 (2018).
Kim, HK, Pham, MHC, Ko, KS, Rhee, BD & Han, J. Sağlık ve hastalıkta alternatif ekleme izoformları. PfluGers Arch. 470, 995 – 1016 (2018).
Paronetto, MP, Passacantilli, I. & Sette, C. Alternatif birleştirme ve hücre sağkalımı: doku homeostazisinden hastalığa. Hücre Ölüm Farkı. 23, 1919 – 1929 (2016).
Lin, H. & Caroll, KS Giriş: translasyon sonrası protein modifikasyonu. Kimya Rev. 118, 887 – 888 (2018).
Carbonara, K., Andonovski, M. & Coorssen, JR Proteomlar proteoformlardır: karmaşıklığı kucaklar. Proteomlar 9, 38 (2021).
Benson, MD, Ngo, D., Ganz, P. & Gerszten, RE Yüksek verimli proteomik için ortaya çıkan afinite reaktifleri: güvenin, ancak doğrulayın. Dolaşım 140, 1610 – 1612 (2019).
Yang, Y. ve ark. Glikoprotein analizinde hibrit kütle spektrometresi yaklaşımları ve biyobenzerliğin puanlanmasında kullanımı. Nat. Commun. 7, 13397 (2016).
Čaval, T., Tian, W., Yang, Z., Clausen, H. & Heck, AJR Gliko-mühendislik ürünü eritropoietin varyantlarının doğrudan kalite kontrolü. Nat. Commun. 9, 3342 (2018).
Siuti, N. & Kelleher, NL Yukarıdan aşağıya kütle spektrometresi kullanılarak protein modifikasyonlarının kodunun çözülmesi. Nat. Yöntemler 410, 817 – 821 (2007).
Wang, Y., Zhao, Y., Bollas, A., Wang, Y. & Au, KF Nanopore sıralama teknolojisi, biyoinformatik ve uygulamalar. Nat. Biyoteknoloji. 39, 1348 – 1365 (2021).
Ardui, S., Ameur, A., Vermeesch, JR & Hestand, MS Tek molekül gerçek zamanlı (SMRT) dizilimi rüştünü kanıtlıyor: tıbbi teşhis için uygulamalar ve yardımcı programlar. Nükleik Asitler Arş. 46, 2159 – 2168 (2018).
Restrepo-Pérez, L., Joo, C. ve Dekker, C. Tek moleküllü protein dizilimine giden yolu döşemek. Nat. Nanoteknoloji. 13, 786 – 796 (2018).
Alfaro, JA ve diğerleri. Tek moleküllü protein dizileme teknolojilerinin ortaya çıkan manzarası. Nat. Yöntemler 18, 604 – 617 (2021).
Floyd, BM & Marcotte, EM Protein dizilimi, her seferinde bir molekül. Annu. Rev. Biyofiz. 51, 181 – 200 (2022).
Timp, W. & Timp, G. Kütle spektrometrisinin ötesinde, proteomikte bir sonraki adım. Sci. Gelişmiş. 6, eaax8978 (2020).
Swaminathan, J., Boulgakov, AA & Marcotte, EM Tek moleküllü peptit dizilimi için teorik bir gerekçe. PLoS Hesaplama. Biol. 11, e1004080 (2015).
Rodriques, SG, Marblestone, AH & Boyden, ES Zayıf bağlanma spektrumları aracılığıyla tek moleküllü protein diziliminin teorik bir analizi. PLoS ONE 14, e0212868 (2019).
Yao, Y., Docter, M., Van Ginkel, J., De Ridder, D. & Joo, C. Parmak izi yoluyla tek moleküllü protein dizilimi: hesaplamalı değerlendirme. Fizik Biol. 12, 10 – 16 (2015).
de Lannoy, CV ve ark. Tek moleküllü protein parmak izi için FRET X'in değerlendirilmesi. iBilim 24, 103239 (2021).
Yu, L. ve ark. Tam uzunluktaki proteinlerin bir nanogözenek yoluyla tek yönlü tek dosya taşınması. Nat. biyoteknoloji. 41, 1130 – 1139 (2023).
van Ginkel, J. ve diğerleri. Tek moleküllü peptid parmak izi. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 115, 3338 – 3343 (2018).
Swaminathan, J. ve diğerleri. Zeptomole ölçekli karışımlardaki proteinlerin oldukça paralel tek moleküllü tanımlanması. Nat. Biyoteknoloji. 36, 1076 – 1082 (2018).
Shrestha, P. ve diğerleri. DNA nanoanahtar kaliperleri ile tek moleküllü mekanik parmak izi alma. Nat. Nanoteknol. 16, 1362 – 1370 (2021).
Filius, M., Kim, SH, Severins, I. ve Joo, C. DNA değişimi (FRET X) yoluyla yüksek çözünürlüklü tek moleküllü FRET. Nano Let. 21, 3295 – 3301 (2021).
Filius, M., van Wee, R. & Joo, C. in Tek Molekül Analizi: Yöntemler ve Protokoller (editörler Heller, I. ve diğerleri) 203–213 (Springer, 2024).
Van Wee, R., Filius, M. & Joo, C. Tuvali tamamlamak: DNA-PAINT süper çözünürlüklü görüntülemeye yönelik gelişmeler ve zorluklar. Trendler Biyokimya. bilim 11, 918 – 930 (2021).
Schnitzbauer, J., Strauss, MT, Schlichthaerle, T., Schueder, F. & Jungmann, R. DNA-PAINT ile süper çözünürlüklü mikroskopi. Nat. Protoc. 12, 1198 – 1228 (2017).
Shi, X. ve ark. Tek moleküllü görüntüleme için aldehit etiketli proteinlerin kantitatif floresans etiketlemesi. Nat. Yöntemler 9, 499 – 503 (2012).
Schuler, B. & Hofmann, H. Protein katlama dinamiklerinin tek moleküllü spektroskopisi - kapsamı ve zaman ölçeklerini genişletme. Kör. Görüş. Yapı. Biol. 23, 36 – 47 (2013).
Yang, X. ve Qian, K. Protein O-GlcNAcylation: ortaya çıkan mekanizmalar ve işlevler. Nat. Rev. Mol. Hücre Biol. 18, 452 – 465 (2017).
Vellosillo, P. ve Minguez, P. Protein posttranslasyonel modifikasyon türleri ile insan genetik hastalıkları arasındaki ilişkilerin küresel haritası. iBilim 24, 102917 (2021).
Mauri, T. ve ark. O-GlcNAsilasyon tahmini: ulaşılamayan bir hedef. Av. Başvuru Biyoinform. Kimya 14, 87 – 102 (2021).
Shi, J., Ruijtenbeek, R. & Pieters, RJ Demystifying O-GlcNAcylation: peptid substratlarından ipuçları. Glikobiyoloji 28, 814 – 824 (2018).
Shen, DL ve diğerleri. Katalitik karışıklık O-GlcNAc transferaz, 2-azido-2-deoksi-glikoz ile sitoplazmik proteinlerin beklenmedik metabolik mühendisliğini mümkün kılar. ACS Kimya. Biol. 12, 206 – 213 (2017).
Mayer, A., Gloster, TM, Chou, WK, Vocadlo, DJ & Tanner, ME 6'-Azido-6'-deoksi-UDP-Nbir glikosiltransferaz substratı olarak -asetilglukozamin. Bioorg. Med. Kimya Lett. 21, 1199 – 1201 (2011).
Macdonald, JI, Munch, HK, Moore, T. & Francis, MB Yerli proteinlerin 2-piridinkarboksaldehitlerle tek adımlı sahaya özgü modifikasyonu. Nat. Chem. Biol. 11, 326 – 331 (2015).
Wang, S. ve ark. Enflamasyonda S100A8/A9. Ön. Immunol. 9, 1298 (2018).
Vijayan, AL ve diğerleri. Prokalsitonin: sepsis ve antibiyotik tedavisi için umut verici bir tanısal belirteç. J. Yoğun Bakım 5, 51 (2017).
Kıdemli, AW ve ark. Derin öğrenmenin potansiyellerini kullanarak geliştirilmiş protein yapısı tahmini. Tabiat 577, 706 – 710 (2020).
Jumper, J. ve ark. AlphaFold ile son derece doğru protein yapısı tahmini. Tabiat 596, 583 – 589 (2021).
Jungmann, R. ve diğerleri. DNA-PAINT ve Exchange-PAINT ile çoklu 3D hücresel süper çözünürlüklü görüntüleme. Nat. Yöntemler 11, 313 – 318 (2014).
Erickson, HP Sedimantasyon, jel filtrasyonu ve elektron mikroskobu ile belirlenen nanometre düzeyinde protein moleküllerinin boyutu ve şekli. Biol. Prosedür. İnternet üzerinden 11, 32 – 51 (2009).
Ree, R., Varland, S. ve Arnesen, T. Protein N-terminal asetilasyonuna bakış. Tecrübe. Mol. Med. 50, 1 – 13 (2018).
Bloom, S. ve ark. Yerli proteinlerin oksidasyon potansiyelleri yoluyla saha seçici biyokonjugasyonu için dekarboksilatif alkilasyon. Nat. Kimya 10, 205 – 211 (2018).
Ramirez, DH ve diğerleri. Yakınlığa yönelik bir mühendislik OSeçici protein için -GlcNAc transferaz OHücrelerde -GlcNAsilasyon. ACS Kimya. Biol. 15, 1059 – 1066 (2020).
Yang, Y.-Y., Ascano, JM & Hang, HC Protein asetilasyonunu izlemek için biyoortogonal kimyasal raportörler. J. Am. Chem. Soc. 132, 3640 – 3641 (2010).
Westcott, NP, Fernandez, JP, Molina, H. & Hang, HC Kimyasal proteomik, oksidatif stres sırasında küçük GTPazların ADP-ribozilasyonunu ortaya koymaktadır. Nat. Chem. Biol. 13, 302 – 308 (2017).
Rabuka, D., Hubbard, SC, Laughlin, ST, Argade, SP & Bertozzi, CR Glikoprotein fukosilasyonunu araştırmaya yönelik bir kimyasal raportör stratejisi. J. Am. Chem. Soc. 128, 12078 – 12079 (2006).
Boeggeman, E. ve diğerleri. İndirgeyici olmayan GIcNAc kalıntılarının doğrudan tanımlanması Nyeni bir kemoenzimatik yöntem kullanılarak glikoproteinlerin -glikanları. Biyokonjugat Kimya. 18, 806 – 814 (2007).
van Geel, R. ve diğerleri. Toksik yüklerin küresel olarak korunanlara kemoenzimatik konjugasyonu NDoğal mAb'lerin -glikanı, homojen ve oldukça etkili antikor-ilaç konjugatları sağlar. Biyokonjugat Kimya. 26, 2233 – 2242 (2015).
Tate, EW, Kalesh, KA, Lanyon-Hogg, T., Storck, EM & Thinon, E. Kimyasal proteomik teknolojiler kullanılarak protein lipidasyonunun küresel profili. Kör. Görüş. Kimya Biol. 24, 48 – 57 (2015).
Anderson, NL & Anderson, NG İnsan plazma proteomu: tarih, karakter ve tanısal beklentiler. Mol. Hücre. Proteom. 1, 845 – 867 (2002).
Han, X., Aslanian, A. & Yates, JR Proteomik için kütle spektrometrisi. Kör. Görüş. Kimya Biol. 12, 483 – 490 (2008).
Filius, M. ve ark. Protein destekli DNA-PAINT kullanarak yüksek hızlı süper çözünürlüklü görüntüleme. Nano Let. 20, 2264 – 2270 (2020).
Kim, SH, Kim, H., Jeong, H. & Yoon, TY Tek moleküllü FRET ile DNA barkodlarında birden fazla sanal sinyalin kodlanması. Nano Let. 21, 1694 – 1701 (2021).
McCann, JJ, Choi, UB, Zheng, L., Weninger, K. & Bowen, ME Hareketsizleştirilmiş tek moleküllerden mutlak FRET verimliliğini geri kazanmak için yöntemlerin optimize edilmesi. Biophys. J. 99, 961 – 970 (2010).
Cristianini, N. ve Shawe-Taylor, J. Destek Vektör Makinelerine ve Diğer Çekirdek Tabanlı Öğrenme Yöntemlerine Giriş (Cambridge University Press, 2000).
Pedregosa, F. vd. Scikit-learn: Python'da makine öğrenimi. J. Mach. Öğrenin. Res. 12, 2825 – 2830 (2011).
Pabst, M. ve ark. Prokaryotik protein glikosilasyonunu keşfetmeye yönelik genel bir yaklaşım, bir anammox bakterisinin benzersiz yüzey katmanı modülasyonunu ortaya çıkarır. ISME J. 16, 346 – 357 (2022).
Chuh, KN, Zaro, BW, Piller, F., Piller, V. & Pratt, MR Metabolik kimyasal raportör yapısındaki değişiklikler, seçici bir araştırma sağlar. O-GlcNAc modifikasyonu. J. Am. Chem. Soc. 136, 12283 – 12295 (2014).
- SEO Destekli İçerik ve Halkla İlişkiler Dağıtımı. Bugün Gücünüzü Artırın.
- PlatoData.Network Dikey Üretken Yapay Zeka. Kendine güç ver. Buradan Erişin.
- PlatoAiStream. Web3 Zekası. Bilgi Genişletildi. Buradan Erişin.
- PlatoESG. karbon, temiz teknoloji, Enerji, Çevre, Güneş, Atık Yönetimi. Buradan Erişin.
- PlatoSağlık. Biyoteknoloji ve Klinik Araştırmalar Zekası. Buradan Erişin.
- Kaynak: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01598-7
