Biyorafineriler kullanılarak yenilenebilir gıda dışı biyokütleden kimyasalların ve malzemelerin sürdürülebilir üretimi, son zamanlarda dünyanın dört bir yanındaki ülkeler tarafından taahhüt edilen 'net sıfır karbon' vizyonuna yönelik bir çabada giderek daha önemli hale geldi. Sistem metabolik mühendisliği, bazıları endüstriyel ölçekli üretime çevrilmiş olan, artan sayıda kimyasal ve malzemeyi aşırı üreten mikrobiyal suşların verimli bir şekilde geliştirilmesine izin verdi. Fermantasyon, biyoproseslerin genel ekonomisini belirleyen kilit süreçlerden biridir, ancak son zamanlarda daha az araştırma ilgisini çekmektedir.