Greenough, L. ve ark. Nükleik asit metabolik enzimlerinin karakterizasyonunu hızlandırmak için kılcal jel elektroforezinin hassas, yüksek verimli bir yöntem olarak uyarlanması. Nükleik Asitler Arş. 44, e15 (2016).
Farag, N. ve diğerleri. DNA onarım enzimlerinin aktivitesini izlemek için onarım üzerine katlanan DNA nanoanahtarları. Ange. Kimya 133, 7359 – 7365 (2021).
Luo, X. ve Hsing, I.-M. Hareketsizleştirme gerektirmeyen elektrokimyasal DNA polimeraz tahlili. Elektroanaliz 23, 923 – 926 (2011).
Boehr, DD, Nussinov, R. & Wright, PE Dinamik konformasyonel toplulukların biyomoleküler tanımadaki rolü. Nat. Chem. Biol. 5, 789 – 796 (2009).
Henzler-Wildman, K. & Kern, D. Proteinlerin dinamik kişilikleri. Tabiat 450, 964 – 972 (2007).
Leveson-Gower, RB, Mayer, C. ve Roelfes, G. Enzim tasarımı ve evrimi için katalitik karışıklığın önemi. Nat. Rev. Kimya 3, 687 – 705 (2019).
Rotman, B. Tekli β- moleküllerinin aktivitesinin ölçümüd-galaktosidaz. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 47, 1981 – 1991 (1961).
Vogelstein, B. & Kinzler, KW Dijital PCR. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 96, 9236 – 9241 (1999).
Rondelez, Y. ve ark. Mikrofabrik femtolitre hazne dizileri tek moleküllü enzimolojiye izin verir. Nat. Biyoteknoloji. 23, 361 – 365 (2005).
Ono, T., Ichiki, T. ve Noji, H. Attolitre damlacık dizisi kullanılarak dijital enzim deneyi. Analist 143, 4923 – 4929 (2018).
Guan, Z. ve diğerleri. Dijital enzim tespiti için tek molekül sayımına olanak tanıyan oldukça paralel bir mikroakışkan damlacık yöntemi. Biyomikroakışkanlar 8, 014110 (2014).
Rojek, MJ & Walt, DR Tek enzim moleküllerinin ısıtma üzerine aktivite durumları arasında birbirine dönüştüğünü gözlemlemek. PLoS One 9, e86224 (2014).
Rissin, DM & Walt, DR Femtolitre dizileri ve Poisson istatistikleri kullanılarak tek enzim moleküllerinin dijital konsantrasyon okuması. Nano Let. 6, 520 – 523 (2006).
Liebherr, RB ve ark. Femtolitre dizilerinde tek molekül tespitine dayalı üçü bir arada enzim tahlili. Anal. Biyoanal. Kimya 407, 7443 – 7452 (2015).
Obayashi, Y., Iino, R. ve Noji, H. Kumarin bazlı florojenik bir substrat ile alkalin fosfataz kullanan tek moleküllü bir dijital enzim deneyi. Analist 140, 5065 – 5073 (2015).
Gorris, HH, Rissin, DM & Walt, DR Stokastik inhibitör salınımı ve tek enzim moleküllerinden bağlanma. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 104, 17680 – 17685 (2007).
İngilizce, BP ve ark. Sürekli dalgalanan tek enzim molekülleri: Michaelis-Menten denklemi yeniden gözden geçirildi. Nat. Chem. Biol. 2, 87 – 94 (2006).
Hsin, T.-M. & Yeung, ES Lipozomlarda tek molekül reaksiyonları. Ange. Kimya Int. Ed. 46, 8032 – 8035 (2007).
Ueno, H., Kato, M., Minagawa, Y., Hirose, Y. & Noji, H. Kantitatif dijital biyoanaliz için düşük ve yüksek aktif alkalin fosfataz molekülü popülasyonlarının aydınlatılması ve kontrolü. Protein Bilimi. 30, 1628 – 1639 (2021).
Jiang, Y., Li, X. ve Walt, DR Tek moleküllü analiz, serumdaki insan alkalin fosfataz izozimlerini belirler. Ange. Kimya Int. Ed. 59, 18010 – 18015 (2020).
Craig, DB, Arriaga, EA, Wong, JCY, Lu, H. & Dovichi, NJ Tek alkalin fosfataz molekülleri üzerine çalışmalar: tek bir molekül tarafından katalize edilen bir reaksiyonun reaksiyon hızı ve aktivasyon enerjisi ve termal denatürasyonun etkisi - ölümü bir enzim. J. Am. Chem. Soc. 118, 5245 – 5253 (1996).
Sakuma, M. ve diğerleri. Genetik bozulma, alkalin fosfatazdaki fonksiyonel alt durumları değiştirir. J. Am. Chem. Soc. 145, 2806 – 2814 (2023).
Gorris, HH & Walt, DR Yabanturpu peroksidazının mekanik yönleri, tek moleküllü çalışmalarla aydınlatıldı. J. Am. Chem. Soc. 131, 6277 – 6282 (2009).
Ehrl, BN, Liebherr, RB & Gorris, HH Femtolitre büyüklüğündeki erimiş silika odalarının geniş dizilerinde açığa çıkan yaban turpu peroksidazının tek molekül kinetiği. Analist 138, 4260 – 4265 (2013).
Comellas-Aragonès, M. ve diğerleri. Virüs bazlı tek enzimli bir nanoreaktör. Nat. Nanoteknoloji. 2, 635 – 639 (2007).
Liebherr, RB, Renner, M. & Gorris, HH İn vitro gelişen β-glukuronidazın fonksiyonel çeşitliliğine tek molekül perspektifi. J. Am. Chem. Soc. 136, 5949 – 5955 (2014).
Jiang, Y. ve ark. Enzim histerezisinin tek moleküllü mekanistik çalışması. ACS Cent. bilim 5, 1691 – 1698 (2019).
Watanabe, R., Sakuragi, T., Noji, H. ve Nagata, S. TMEM16F ile fosfolipid karıştırmanın tek moleküllü analizi. Biophys. J. 114, 558a (2018).
Tan, W. & Yeung, ES Tek enzim moleküllerinin ve tek metal iyonlarının reaksiyonlarının izlenmesi. Anal. Kimya 69, 4242 – 4248 (1997).
Sakakihara, S., Araki, S., Iino, R. ve Noji, H. Doğrudan erişilebilen bir femtolitre damlacık dizisinde tek moleküllü bir enzimatik analiz. Laboratuar Çipi 10, 3355 – 3362 (2010).
Watanabe, R. ve diğerleri. Düzenlenmiş çift katmanlı lipit odaları, membran taşıyıcı aktivitesinin tek moleküllü analizine olanak tanır. Nat. Commun. 5, 4519 (2014).
Ueno, H., Sano, M., Hara, M. & Noji, H. Bir femtolitre reaktör dizisi cihazı kullanılarak ADP veya ATP üreten enzimler için dijital kademeli analizler. ACS Sens. 8, 3400 – 3407 (2023).
Noji, H., Minagawa, Y. & Ueno, H. Enzim bazlı dijital biyoanaliz teknolojisi - temel stratejiler ve geleceğe yönelik perspektifler. Laboratuar Çipi 22, 3092 – 3109 (2022).
Cox, KJ, Subramanian, HKK, Samaniego, CC, Franco, E. & Choudhary, A. CRISPR ile ilişkili nükleazların hassas ve hücresiz tespiti için evrensel bir yöntem. Kimya bilim 10, 2653 – 2662 (2019).
Sternberg, SH, Redding, S., Jinek, M., Greene, EC & Doudna, JA CRISPR RNA kılavuzlu endonükleaz Cas9 ile DNA sorgulaması. Tabiat 507, 62 – 67 (2014).
Montagne, K., Gines, G., Fujii, T. ve Rondelez, Y. Özel devre dışı bırakma ile sentetik DNA devrelerinin işlevselliğinin artırılması. Nat. Commun. 7, 13474 (2016).
Gines, G. ve ark. Arka planda olmayan moleküler devre kullanılarak mikroRNA'nın izotermal dijital tespiti. Sci. Gelişmiş. 6, eaay5952 (2020).
Shenshin, VA, Lescanne, C., Gines, G. & Rondelez, Y. Moleküler programlar için küçük moleküllü bir kimyasal arayüz. Nükleik Asitler Arş. 49, 7765 – 7774 (2021).
Okumura, S. ve ark. Enzimatik sinir ağları ile doğrusal olmayan karar verme. Tabiat 610, 496 – 501 (2022).
Li, Y. ve ark. G açısından zengin sekansın kendinden emişli, firkete ile kullanılan amplifikasyonuna dayalı SARS-CoV-2'nin ultra duyarlı izotermal tespiti. Anal. Kimya 94, 17448 – 17455 (2022).
Richardson, CD, Ray, GJ, DeWitt, MA, Curie, GL & Corn, JE Asimetrik donör DNA'sı kullanılarak katalitik olarak aktif ve aktif olmayan CRISPR-Cas9 ile homolojiye yönelik genom düzenlemenin geliştirilmesi. Nat. Biyoteknoloji. 34, 339 – 344 (2016).
Raper, AT, Stephenson, AA & Suo, Z. CRISPR/Cas9'un kinetik mekanizmasının ortaya çıkardığı işlevsel bilgiler. J. Am. Chem. Soc. 140, 2971 – 2984 (2018).
Phaneuf, CR ve ark. Taşınabilir bir santrifüjlü mikroakışkan platform tarafından CRISPR-Cas9'un ultra duyarlı çoklu tür tespiti Anal. Yöntemler 11, 559 – 565 (2019).
Zhang, X.-P. ve Heyer, W.-D. içinde DNA Rekombinasyonu: Yöntemler ve Protokoller (ed. Tsuboochi, H.) 329–343 (Humana Press, 2011); https://doi.org/10.1007/978-1-61779-129-1_19
Tanford, C. in Protein Kimyasındaki Gelişmeler cilt 23 (ed. Anfinsen, CB ve diğerleri) 121–282 (Academic Press, 1968).
Berlett, BS & Stadtman, Yaşlanma, hastalık ve oksidatif streste ER Protein oksidasyonu. J. Biol. Chem. 272, 20313 – 20316 (1997).
Liu, G., Lin, Q., Jin, S. & Gao, C. CRISPR-Cas araç kutusu ve gen düzenleme teknolojileri. Mol. Hücre 82, 333 – 347 (2022).
Phan, QA, Truong, LB, Medina-Cruz, D., Dincer, C. & Mostafavi, E. Teşhis için CRISPR/Cas destekli nanobiyosensörler. Biyosens. Biyoelektron. 197, 113732 (2022).
Abate, AR, Hung, T., Mary, P., Agresti, JJ & Weitz, DA Pikoenjektörler kullanan mikroakışkanlarla yüksek verimli enjeksiyon. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 107, 19163 – 19166 (2010).
Mazutis, L. & Griffiths, AD Mikroakışkan sistemler kullanılarak seçici damlacık birleşimi. Laboratuar Çipi 12, 1800 – 1806 (2012).
Mattox, AK ve diğerleri. Kanserde sıvı biyopsi uygulamaları. Sci. Çeviri Med. 11, eaay1984 (2019).
Heitzer, E., Haque, IS, Roberts, CES & Speicher, MR Genomik odaklı onkolojide sıvı biyopsilerin mevcut ve gelecekteki perspektifleri. Nat. Rahip Genet. 20, 71 – 88 (2019).
Abbotts, R. & Madhusudan, S. İnsan AP endonükleaz 1 (APE1): mekanik içgörülerden kanserde ilaçlanabilir hedefe. Kanser Tedavisi. Rev. 36, 425 – 435 (2010).
Collins, AR ve Gaivão, I. Moleküler epidemiyoloji çalışmalarında bir biyobelirteç olarak DNA bazlı eksizyon onarımı. Mol. Asp. Med. 28, 307 – 322 (2007).
Zaher, DM ve ark. Alkalen fosfataz izoenzimleri ve inhibitörleriyle ilgili son gelişmeler. Arch. Eczane. 353, e2000011 (2020).
Sachsenhauser, V. & Bardwell, JC İn vivo protein katlanmasını iyileştirmek için evrimi yönlendirdi. Kör. Görüş. Yapı. Biol. 48, 117 – 123 (2018).
Dramé-Maigné, A. ve diğerleri. In vitro Moleküler programlar kullanılarak enzimin kendi kendine seçimi. ACS Sentezi. Biol. https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00385 (2024).
Xue, Q. & Yeung, ES Bir enzimin bireysel moleküllerinin kimyasal reaktivitesindeki farklılıklar. Tabiat 373, 681 – 683 (1995).
Craig, DB ve diğerleri. Ortalama tek molekül aktivitelerindeki farklılıklar E. coli β-galaktosidaz: kaynağın etkisi, enzim molekülü yaşı ve indüksiyon sıcaklığı. J. Protein Kimyası. 22, 555 – 561 (2003).
Tawfik, DS Messy biyolojisi ve evrimsel yeniliklerin kökenleri. Nat. Chem. Biol. 6, 692 – 696 (2010).
Willensdorfer, M., Bürger, R. & Nowak, MA Fenotipik mutasyon oranları ve mayadaki anormal proteinlerin bolluğu. PLoS Hesaplama. Biol. 3, e203 (2007).
Yamagata, A., Masui, R., Kakuta, Y., Kuramitsu, S. & Fukuyama, K. RecJ proteininin aşırı ekspresyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu termofilus HB8 ve çekirdek alanı. Nükleik Asitler Arş. 29, 4617 – 4624 (2001).
Menezes, R., Dramé-Maigné, A., Taly, V., Rondelez, Y. & Gines, G. 3D baskılı numune değiştiriciyle kolaylaştırılmış dijital biyoanalizler. Analist 145, 572 – 581 (2019).
Lobato-Dauzier, N. ve diğerleri. Mikroakışkan damlacıkların gelişmiş inkübasyonu ve görüntülenmesi için silikon odalar. Laboratuar Çipi 23, 2854 – 2865 (2023).
Pekin, D. ve ark. Damlacık bazlı mikroakışkanlar kullanılarak nadir görülen mutasyonların niceliksel ve hassas tespiti. Laboratuar Çipi 11, 2156 – 2166 (2011).
- SEO Destekli İçerik ve Halkla İlişkiler Dağıtımı. Bugün Gücünüzü Artırın.
- PlatoData.Network Dikey Üretken Yapay Zeka. Kendine güç ver. Buradan Erişin.
- PlatoAiStream. Web3 Zekası. Bilgi Genişletildi. Buradan Erişin.
- PlatoESG. karbon, temiz teknoloji, Enerji, Çevre, Güneş, Atık Yönetimi. Buradan Erişin.
- PlatoSağlık. Biyoteknoloji ve Klinik Araştırmalar Zekası. Buradan Erişin.
- Kaynak: https://www.nature.com/articles/s41565-024-01617-1
