Levental, I. ve Lyman, E. Membran protein yapısının ve fonksiyonunun lipit nano ortamına göre düzenlenmesi. Nat. Rev. Mol. Hücre Biol. 24, 107 – 122 (2023).
Sezgin, E., Levental, İ., Mayor, S. & Eggeling, C. Membran organizasyonunun gizemi: lipid salların bileşimi, düzenlenmesi ve rolleri. Nat. Rev. Mol. Hücre Biol. 18, 361 – 374 (2017).
Liu, S., Hoess, P. & Ries, J. Yapısal hücre biyolojisi için süper çözünürlüklü mikroskopi. Annu. Rev. Biyofiz. 51, 301 – 326 (2022).
Baddeley, D. & Bewersdorf, J. Süper çözünürlüklü mikroskopiden biyolojik içgörü: yerelleştirmeye dayalı görüntülerden neler öğrenebiliriz. Annu. Rev. Biochem. 87, 965 – 989 (2018).
Jain, A. ve diğerleri. Tek moleküllü aşağı çekmeyi kullanarak hücresel protein komplekslerini araştırmak. Tabiat 473, 484 – 488 (2011).
Chung, JK ve ark. K-Ras4B, çok çeşitli yüzey yoğunlukları ve lipit bileşimleri boyunca membranlarda monomerik kalır. Biophys. J. 114, 137 – 145 (2018).
Kaliszewski, MJ ve ark. Floresan çapraz korelasyon spektroskopisi ile membran proteini oligomerizasyonunun ölçülmesi. Yöntemler 140-141, 40 – 51 (2018).
Huang, Y. ve ark. Epidermal büyüme faktörü reseptörünün aktivasyonunda multimerizasyonun moleküler temeli. elife 5, e14107 (2016).
Ulbrich, MH & Isacoff, EY Zara bağlı proteinlerde sayılan alt birim. Nat. Yöntemler 4, 319 – 321 (2007).
Low-Nam, ST ve ark. ErbB1 dimerizasyonu, alanın birlikte hapsedilmesiyle desteklenir ve ligand bağlanmasıyla stabilize edilir. Nat. Yapı. Mol. Biol. 18, 1244 – 1249 (2011).
Kusumi, A., Tsunoyama, TA, Hirosawa, KM, Kasai, RS & Fujiwara, TK Canlı hücrelerde çalışan tek moleküllerin izlenmesi. Nat. Chem. Biol. 10, 524 – 532 (2014).
Lelek, M. ve ark. Tek moleküllü lokalizasyon mikroskobu. Nat. Rev. Yöntemler Primerler 1, 39 (2021).
Huang, B., Bates, M. ve Zhuang, X. Süper çözünürlüklü floresan mikroskobu. Annu. Rev. Biochem. 78, 993 – 1016 (2009).
Balzarotti, F. ve diğerleri. Minimum foton akısı ile floresan moleküllerin nanometre çözünürlükte görüntülenmesi ve izlenmesi. Bilim 355, 606 – 612 (2017).
Deguchi, T. ve diğerleri. MINFLUX kullanılarak canlı hücrelerde motor protein adımlamasının doğrudan gözlemlenmesi. Bilim 379, 1010 – 1015 (2023).
Panda, A. ve ark. İntegral membran proteinlerinin ve lipitlerin, özelleştirilebilir sağlam çift katmandan oligomerik organizasyonunun doğrudan belirlenmesi. Nat. Yöntemler 20, 891 – 897 (2023).
Sydor, AM, Czymmek, KJ, Puchner, EM & Mennella, V. Süper çözünürlüklü mikroskopi: tek moleküllerden moleküller üstü düzeneklere. Trendler Hücre Biol. 25, 730 – 748 (2015).
Duncan, AL ve diğerleri. Protein kalabalığı ve lipit karmaşıklığı, hücre zarlarındaki iyon kanallarının nano ölçekli dinamik organizasyonunu etkiler. Sci. Cum. 7, 16647 (2017).
Kiessling, V., Yang, S.-T. & Tamm, LK Membran alanlarının incelenmesi için model olarak desteklenen lipit çift katmanları. Curr. Tepe. Üye 75, 1 – 23 (2015).
Sako, Y., Minoghchi, S. ve Yanagida, T. Canlı hücrelerin yüzeyinde EGFR sinyalinin tek moleküllü görüntülenmesi. Nat. Celi Biol. 2, 168 – 172 (2000).
Coffman, VC ve Wu, J.-Q. Kantitatif floresan mikroskobu kullanılarak protein moleküllerinin sayılması. Trendler Biyokimya. bilim 37, 499 – 506 (2012).
Huang, EJ ve Reichardt, LF Trk reseptörleri: nöronal sinyal iletimindeki roller. Annu. Rev. Biochem. 72, 609 – 642 (2003).
Lemmon, MA ve Schlessinger, J. Reseptör tirozin kinazlarla hücre sinyali. Hücre 141, 1117 – 1134 (2010).
Waters, AM & Der, CJ KRAS: pankreas kanseri için kritik sürücü ve terapötik hedef. Soğuk Bahar Harb. Perspektif. Med. 8, a031435 (2018).
Hobbs, GA, Der, CJ & Rossman, KL RAS bir bakışta kanserde izoformlar ve mutasyonlar. J. Celi Sci. 129, 1287 – 1292 (2016).
Simanshu, DK, Nissley, DV & McCormick, F. RAS proteinleri ve bunların insan hastalıklarındaki düzenleyicileri. Hücre 170, 17 – 33 (2017).
Wang, JY & Doudna, JA CRISPR teknolojisi: on yıllık genom düzenlemesi yalnızca başlangıçtır. Bilim 379, eadd8643 (2023).
Cho, NH ve ark. OpenCell: İnsan hücresel organizasyonunun haritacılığı için endojen etiketleme. Bilim 375, eabi6983 (2022).
Smith, AAA ve ark. Sıralı kopolimerler aracılığıyla lipit nanodiskler. Chem 6, 2782 – 2795 (2020).
Esmaili, M. & Overduin, M. Stiren maleik asit polimerlerinin oluşturduğu nanometre boyutlu disklerde görselleştirilen membran biyolojisi. Biochim. Biophys. Açta Biomembr. 1860, 257 – 263 (2018).
Knowles, TJ ve ark. Membran proteinleri, stiren maleik asit kopolimeri ile bağlanan lipit içeren nanopartiküller içinde bozulmadan çözünmüştür. J. Am. Chem. Soc. 131, 7484 – 7485 (2009).
Zacharias, DA, Violin, JD, Newton, AC & Tsien, RY Lipitle modifiye edilmiş monomerik GFP'lerin canlı hücrelerin membran mikro alanlarına bölünmesi. Bilim 296, 913 – 916 (2002).
Swiecicki, J.-M., Santana, JT & Imperiali, B. Doğal benzeri bir ortamda membran proteinlerinin floresans görüntülenmesi için stratejik bir yaklaşım. Hücre Kimyası. Biol. 27, 245-251.e3 (2020).
Goehring, A. ve ark. Yapısal çalışmalar için memeli hücrelerinde membran proteinlerinin taranması ve büyük ölçekli ekspresyonu. Nat. Protoc. 9, 2574 – 2585 (2014).
Sniegowski, JA, Phail, ME & Wachter, RM Yeşil floresan proteinin Arg96, Glu222 ve Gly67 varyantlarının olgunlaşma verimliliği, trypsin duyarlılığı ve optik özellikleri. Biochem. Bıophys. Res. Commun. 332, 657 – 663 (2005).
Xu, Y. ve ark. TATLI taşıyıcıların bakteriyel homologlarının iki farklı konformasyondaki yapıları. Tabiat 515, 448 – 452 (2014).
Khademi, S. ve diğerleri. Amt/MEP/Rh ile amonyak taşınmasının mekanizması: 1.35 A'da AmtB'nin yapısı. Bilim 305, 1587 – 1594 (2004).
Kim, DM ve Nimigean, CM Voltaj kapılı potasyum kanalları: seçicilik ve kapılamanın yapısal bir incelemesi. Soğuk Bahar Harb. Perspet. Biol. 8, a029231 (2016).
Gupta, K. ve ark. Membran protein oligomerlerinin stabilize edilmesinde arayüzey lipitlerinin rolü. Tabiat 541, 421 – 424 (2017).
Nemoto, Y. & De Camilli, P. Bir mitokondriyal dış zar proteininin PDZ alanı ile etkileşime girerek alternatif olarak eklenmiş bir synaptojanin 2 formunun mitokondriye alınması. EMBO J. 18, 2991 – 3006 (1999).
Chen, WW, Freinkman, E., Wang, T., Birsoy, K. & Sabatini, DM Matris metabolitlerinin mutlak ölçümü, mitokondriyal metabolizmanın dinamiklerini ortaya çıkarır. Hücre 166, 1324-1337.e11 (2016).
Yamashita, A., Singh, SK, Kawate, T., Jin, Y. ve Gouaux, E. Na + / Cl'ye bağımlı nörotransmiter taşıyıcılarının bakteriyel homologunun kristal yapısı. Tabiat 437, 215 – 223 (2005).
Zhang, F. ve diğerleri. Epidermal büyüme faktörü reseptörü ekspresyon seviyesinin ve hücre yüzeylerindeki bağlanma kinetiğinin yüzey plazmon rezonans görüntüleme ile ölçülmesi. Anal. Kimya 87, 9960 – 9965 (2015).
Hood, FE, Sahraoui, YM, Jenkins, RE & Prior, IA Ras protein bolluğu, kanserdeki Ras izoform mutasyon modelleri ile ilişkilidir. Onkogen 42, 1224 – 1232 (2023).
Byrne, PO, Hristova, K. & Leahy, DJ EGFR, aktif durumdan farklı, ligandtan bağımsız oligomerler oluşturur. J. Biol. Chem. 295, 13353 – 13362 (2020).
Shen, J. & Maruyama, IN Sinir büyüme faktörü reseptörü TrkA, canlı hücrelerde önceden oluşturulmuş ancak aktif olmayan bir dimer olarak bulunur. FEBS Lett. 585, 295 – 299 (2011).
Ahmed, F. ve Hristova, K. Plazma zarındaki Trk reseptörlerinin dimerizasyonu: bunların aynı kökenli ligandlarının etkileri. Biyokimya. J. 475, 3669 – 3685 (2018).
Franco, ML ve ark. Nörotrofin reseptörleri p75 ve TrkA'nın transmembran alanları arasındaki etkileşim, bunların karşılıklı aktivasyonuna aracılık eder. J. Biol. Chem. 297, 100926 (2021).
Van, QN ve diğerleri. RAS nanokümeleri: terapötik müdahaleye uygun dinamik sinyal platformları. Biyomoleküller 11, 377 (2021).
Abankwa, D., Gorfe, AA & Hancock, JF Ras nanokümeleri: moleküler yapı ve düzenek. Semin. Hücre Geliştirme Biol. 18, 599 – 607 (2007).
Nan, X. ve ark. Ras-GTP dimerleri, mitojenle aktifleşen protein kinaz (MAPK) yolunu aktive eder. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 112, 7996 – 8001 (2015).
Ambrogio, C. ve ark. KRAS dimerizasyonu, MEK inhibitör duyarlılığını ve mutant KRAS'ın onkogenik aktivitesini etkiler. Hücre 172, 857-868.e15 (2018).
Kessler, D. ve ark. KRAS'ın dokunulmaz bir cebini uyuşturmak. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 116, 15823 – 15829 (2019).
Tran, TH ve ark. Küçük molekül BI-2852, KRAS'ın işlevsel olmayan bir dimerini indükler. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 117, 3363 – 3364 (2020).
Sarkar-Banerjee, S. ve ark. K-Ras plazma zarı Etkileşimlerinin uzay-zamansal analizi, çok sayıda yüksek dereceli homo-oligomerik kompleksi ortaya çıkarır. J. Am. Chem. Soc. 139, 13466 – 13475 (2017).
Buscail, L., Bournet, B. & Cordelier, P. Pankreas kanserinin tanı, prognoz ve tedavisinde onkogenik KRAS'ın rolü. Nat. Rahip Gastroenterol. Hepatol. 17, 153 – 168 (2020).
Muzumdar, MD ve ark. KRAS fonksiyonu olmayan pankreas kanseri hücrelerinin hayatta kalması. Nat. Commun. 8, 1090 (2017).
Sligar, SG & Denisov, IG Nanodiscs: membran protein bilimi için bir araç seti. Protein Bilimi. 30, 297 – 315 (2021).
Boldog, T., Grimme, S., Li, M., Sligar, SG & Hazelbauer, GL Nanodiskler kemoreseptör oligomerik durumlarını ayırır ve bunların sinyal özelliklerini ortaya çıkarır. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 103, 11509 – 11514 (2006).
Du, Z. & Lovly, CM Kanserde reseptör tirozin kinaz aktivasyonunun mekanizmaları. Mol. Kanser 17, 58 (2018).
Lindhoud, S., Carvalho, V., Pronk, JW ve Aubin-Tam, M.-E. SMA-SH: lipid nanodisklerin işlevselleştirilmesi için değiştirilmiş stiren-maleik asit kopolimeri. Biyomoleküller 17, 1516 – 1522 (2016).
Wood, ER ve ark. Güçlü TrkA kinaz inhibitörlerinin keşfi ve in vitro değerlendirilmesi: oksindol ve aza-oksindoller. Bioorg. Med. Kimya Lett. 14, 953 – 957 (2004).
Tinevez, J.-Y. ve ark. TrackMate: Tek parçacık takibi için açık ve genişletilebilir bir platform. Yöntemler 115, 80 – 90 (2017).
Jaqaman, K. ve diğerleri. Canlı hücre hızlandırılmış dizilerinde sağlam tek parçacık takibi. Nat. Yöntemler 5, 695 – 702 (2008).
Schindelin, J. ve ark. Fiji: biyolojik görüntü analizi için açık kaynaklı bir platform. Nat. Yöntemler 9, 676 – 682 (2012).
Karandur, D. ve ark. Oligomerik CaMKII merkezinin kinazın düzenleyici bölümü tarafından kırılması. elife 9, e57784 (2020).
Mi, L.-Z. ve ark. Epidermal büyüme faktörü reseptörünün hücre dışı ve sitoplazmik alanlarının eş zamanlı görselleştirilmesi. Nat. Yapı. Mol. Biol. 18, 984 – 989 (2011).
Bhattacharyya, M. ve diğerleri. Native-nanoBleach için MATLAB Kodları (1.0.1) (Zenodo, 2023); https://doi.org/10.5281/zenodo.8429321
- SEO Destekli İçerik ve Halkla İlişkiler Dağıtımı. Bugün Gücünüzü Artırın.
- PlatoData.Network Dikey Üretken Yapay Zeka. Kendine güç ver. Buradan Erişin.
- PlatoAiStream. Web3 Zekası. Bilgi Genişletildi. Buradan Erişin.
- PlatoESG. karbon, temiz teknoloji, Enerji, Çevre, Güneş, Atık Yönetimi. Buradan Erişin.
- PlatoSağlık. Biyoteknoloji ve Klinik Araştırmalar Zekası. Buradan Erişin.
- Kaynak: https://www.nature.com/articles/s41565-023-01547-4
