Η κοσκίνιση των τρισεκατομμυρίων μορίων εκεί έξω που μπορεί να έχουν ισχυρά φαρμακευτικά αποτελέσματα είναι μια αποθαρρυντική εργασία, αλλά η λύση που βρήκε η βιοτεχνολογία είναι να δουλέψει πιο έξυπνα, όχι πιο δύσκολη. Θεραπευτική Γένεση έχει μια νέα προσέγγιση προσομοίωσης και διεπιστημονική ομάδα που έχει κάνει σαφώς την εντύπωση: η εταιρεία μόλις συγκέντρωσε έναν γύρο 52 εκατομμυρίων δολαρίων.
Ο Genesis αγωνίστηκε στο Startup Battlefield στο Disrupt πέρυσι, εντυπωσιάζοντας τους κριτές με τις δυνατότητές του, και προφανώς άλλοι το είδαν επίσης - ιδίως το Rock Springs Capital, το οποίο ηγήθηκε του γύρου.
Τα τελευταία χρόνια έχουν δημιουργηθεί πολλές εταιρείες στον χώρο ανακάλυψης ναρκωτικών, που τροφοδοτείται από αυξημένη δύναμη υπολογισμού και προσομοίωσης που τους επιτρέπει να προσδιορίσουν τις δυνατότητες των μορίων στη θεραπεία ορισμένων ασθενειών. Τουλάχιστον αυτή είναι η θεωρία. Η πραγματικότητα είναι λίγο πιο ασταθής, και ενώ αυτές οι εταιρείες μπορούν να περιορίσουν την αναζήτηση, δεν μπορούν απλά να πουν «εδώ, μια θεραπεία για το Πάρκινσον».
Ο ιδρυτής Evan Feinberg μπήκε στο πεδίο όταν μια ασθένεια που κληρονόμησε έκανε την παραδοσιακή εργαστηριακή εργασία, ως ασκούμενος σε μια μεγάλη φαρμακευτική εταιρεία, δύσκολη για αυτόν. Η υπολογιστική πλευρά του γηπέδου, ωστόσο, ήταν πιο προσιτή και κατέληξε να τον απορροφά εντελώς.
Είχε πειραχτεί στην περιοχή πριν και έφτασε σε αυτό που αισθάνεται είναι μια σημαντική ανακάλυψη στον τρόπο με τον οποίο τα μόρια αντιπροσωπεύονται ψηφιακά. Η μηχανική μάθηση, φυσικά, έχει επιταχύνει τη δουλειά σε πολλούς τομείς, μεταξύ των οποίων η βιοχημεία, αλλά ένιωσε ότι οι δυνατότητες της τεχνολογίας δεν είχαν αξιοποιηθεί.
«Νομίζω ότι αρχικά οι προσπάθειες ήταν να κόψουμε και να επικολλήσουμε τεχνικές βαθιάς μάθησης και να αντιπροσωπεύσουμε τα μόρια σαν τις εικόνες και να τα ταξινομήσουμε - όπως θα λέγατε ότι αυτή είναι μια εικόνα γάτας ή αυτή δεν είναι εικόνα γάτας» εξήγησε σε μια συνέντευξη. «Αντιπροσωπεύουμε τα μόρια πιο φυσικά: ως γραφήματα. Ένα σύνολο κόμβων ή κορυφών, αυτά είναι άτομα και πράγματα που τα συνδέουν, είναι δεσμοί. Αλλά τους εκπροσωπούμε όχι μόνο πήδημα or χωρίς δεσμό, αλλά με πολλαπλούς τύπους επαφής μεταξύ ατόμων, χωρικών αποστάσεων, πιο περίπλοκα χαρακτηριστικά. "
Η προκύπτουσα αναπαράσταση είναι πιο πλούσια και πιο περίπλοκη, μια πιο ολοκληρωμένη εικόνα ενός μορίου από ό, τι θα μπορούσατε να πάρετε από τον χημικό τύπο του ή ένα διάγραμμα ραβδιών που δείχνει τις διαφορετικές δομές και δεσμούς. Επειδή στον κόσμο της βιοχημείας, τίποτα δεν είναι τόσο απλό όσο ένα διάγραμμα. Κάθε μόριο υπάρχει ως ένα περίπλοκο, μεταβαλλόμενο σχήμα 3D ή διαμόρφωση όπου σημαντικές πτυχές όπως η απόσταση μεταξύ δύο σχηματισμών άνθρακα ή θέσεων συγκόλλησης υπόκεινται σε πολλούς παράγοντες. Ο Genesis προσπαθεί να μοντελοποιήσει όσο το δυνατόν περισσότερους από αυτούς τους παράγοντες.
«Το πρώτο βήμα είναι η αναπαράσταση», είπε, «αλλά το λογικό επόμενο βήμα είναι, πώς αξιοποιεί αυτή την αναπαράσταση για να μάθει μια συνάρτηση που λαμβάνει μια είσοδο και εξάγει έναν αριθμό, όπως η συγγένεια δέσμευσης ή η διαλυτότητα, ή ένα διάνυσμα που προβλέπει πολλαπλά ιδιότητες ταυτόχρονα; "
Αυτό είναι το έργο στο οποίο έχουν επικεντρωθεί ως εταιρεία - όχι μόνο δημιουργώντας ένα καλύτερο μοντέλο μορίου, αλλά είναι σε θέση να βάλει ένα θεωρητικό μόριο σε προσομοίωση και να πει, θα το κάνει αυτό, δεν θα το κάνει αυτό, έχει αυτή την ποιότητα αλλά όχι αυτό.
Μερικές από αυτές τις εργασίες μπορεί να γίνουν σε συνεργασίες, όπως αυτό που η Γένεσις έχει χτυπήσει με την Genentech, αλλά οι ομάδες θα μπορούσαν πολύ καλά να βρουν υποψήφιους για ναρκωτικά ανεξάρτητα από αυτούς, και για το λόγο αυτό η εταιρεία δημιουργεί επίσης μια διαδικασία εσωτερικής ανάπτυξης.
Η έγχυση 52 εκατομμυρίων δολαρίων θα έπρεπε να κάνει πολλά για να προωθήσει αυτό, έγραψε ο Feinberg σε ένα email:
«Αυτά τα κεφάλαια μας επιτρέπουν να εκτελέσουμε σε ορισμένους κρίσιμους στόχους, κυρίως, πρωτοπορώντας περαιτέρω τεχνολογίες τεχνητής νοημοσύνης για την ανάπτυξη ναρκωτικών και προωθώντας τον αγωγό θεραπείας μας. Θα προσλάβουμε περισσότερους κορυφαίους ερευνητές τεχνητής νοημοσύνης, μηχανικούς λογισμικού, φαρμακευτικούς χημικούς και ταλέντα βιοτεχνολογίας, καθώς και την κατασκευή δικών μας ερευνητικών εργαστηρίων. "
Άλλες εταιρείες κάνουν προσομοιώσεις επίσης και αποφλοιώνουν το ίδιο δέντρο, αλλά ο Feinberg λέει ότι ο Genesis έχει τουλάχιστον δύο πόδια πάνω τους, παρά τον ανταγωνισμό που αυξάνει εκατοντάδες εκατομμύρια και υπάρχουν εδώ και χρόνια.
«Είμαστε η μόνη εταιρεία στον χώρο που εργάζεται στη διασταύρωση σύγχρονων προσεγγίσεων βαθύ νευρωνικού δικτύου και βιοφυσικής προσομοίωσης - διαμορφωτική αλλαγή προσδεμάτων και πρωτεϊνών», είπε. «Και φέρνουμε αυτήν την σούπερ τεχνική πλατφόρμα σε ειδικούς που έχουν πάρει στην αγορά φάρμακα εγκεκριμένα από την FDA. Έχουμε δει απίστευτη δημιουργία αξίας από αυτό - οι χημικοί ενημερώνουν επίσης την AI. "
Η πρόσφατη ανακάλυψη του AlphaFold, η οποία εκτελεί το περίπλοκο καθήκον της προσομοίωσης πρωτεϊνών που διπλώνει πολύ πιο γρήγορα από οποιοδήποτε προηγούμενο σύστημα, είναι τόσο συναρπαστικό για τον Feinberg όσο και για όλους τους άλλους στον τομέα.
«Ως επιστήμονες, είμαστε απίστευτα ενθουσιασμένοι από την πρόσφατη πρόοδο στην πρόβλεψη δομής πρωτεϊνών. Πρόκειται για μια σημαντική βασική επιστημονική πρόοδο που τελικά θα έχει σημαντικά οφέλη για την ανάπτυξη νέων θεραπευτικών », έγραψε. «Δεδομένου ότι η τεχνολογία Dynamic PotentialNet είναι μοναδική στον τρόπο με τον οποίο αξιοποιεί τρισδιάστατες δομικές πληροφορίες πρωτεϊνών, η υπολογιστική αναδίπλωση πρωτεϊνών - παρόμοια με την πρόσφατη πρόοδο στο cryo-EM - είναι μια ωραία συμπληρωματική ουρά για την πλατφόρμα Genesis AI. Επικροτούμε όλες τις προσπάθειες για να κάνουμε τη δομή των πρωτεϊνών πιο προσβάσιμη έτσι ώστε η θεραπευτική να μπορεί να αναπτυχθεί ευκολότερα για ασθενείς όλων των καταστάσεων.
Συμμετείχαν επίσης στον γύρο χρηματοδότησης οι T. Rowe Price Associates, Andreessen Horowitz (ο οποίος ηγήθηκε του γύρου σπόρων), Menlo Ventures και Radical Ventures.
